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TaKaRa LA Taq™ |
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GC rich片段的擴(kuò)增例 |
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模板DNA為GC Rich序列時(shí),使用以往的Taq DNA Polymerase通常難以進(jìn)行PCR擴(kuò)增。TaKaRa LA Taq和TaKaRa Ex Taq同以往的Taq DNA Polymerase相比,擴(kuò)增效率高,可對(duì)一般難以擴(kuò)增的DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增。 |
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下面是GC含量為70%的DNA片段大小為3kbp的擴(kuò)增例。 |
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圖1對(duì)使用普通Taq DNA Polymerase和TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2的PCR擴(kuò)增進(jìn)行了比較。結(jié)果顯示普通Taq酶不能擴(kuò)增的GC Rich DNA片段使用TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2可進(jìn)行良好的PCR擴(kuò)增。 |
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GC Rich DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),以7-deaza-dGTP替代dGTP有時(shí)可獲得良好的擴(kuò)增結(jié)果。如果想提高擴(kuò)增效率,將dGTP和7-deaza-dGTP(或dTTP)混合后再使用可獲得更好的擴(kuò)增結(jié)果(圖2)。
根據(jù)擴(kuò)增片段的種類可優(yōu)化dGTP和7-deaza-dGTP(或dTTP)的混合比例,建議進(jìn)行各種條件的研討決定最佳混合比例。 |
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* Primer序列 |
M3-30 (將M3 Primer延長(zhǎng)的DNA序列) |
5'-CAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT-3' |
RV-32 (將RV Primer延長(zhǎng)的DNA序列) |
5'-GATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGAC-3' |
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Template: |
VIII-5-pUC118 |
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(大小為3kbp的GC Rich DNA片段用Hindd III酶切后插入到pUC118中) |
擴(kuò)增片段大?。?/span> |
約 3 kbp |
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(大小為3kbp的GC Rich DNA片段用Hindd III酶切后插入到pUC118中) |
Template: |
VIII-5-pUC118 |
Primer: |
Custom long primer (30~32 mer) |
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(各10 pmol/50 μl PCR) |
dNTP Mixture: |
以GTP替代7-deaza-dGTP |
PCR條件: |
94℃、1 min |
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30 cycles |
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68℃、5 min |
(使用TaKaRa PCR Thermal Cycler 480) |
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1% Agarose gel |
8 μl電泳 |
Lane 1: |
Taq |
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進(jìn)行PCR擴(kuò)增 |
Lane 2: |
TaKaRa Ex Taq |
Lane 3: |
TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2 |
Lane M1: |
λ-Hind III digest |
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Lane M2: |
λ-EcoT14 I digest |
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圖1比較GC Rich DNA片段的PCR擴(kuò)增 |
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1% Agarose gel |
10 μl電泳 |
Lane 1: |
dGTP:dITP = 3:1 |
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使用TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2進(jìn)行PCR擴(kuò)增 |
Lane 2: |
dGTP:7-deaza-dGTP = 3:1 |
Lane 3: |
7-deaza-dGTP |
Lane 4: |
dGTP:dITP = 3:1 |
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使用TaKaRa Ex Taq 進(jìn)行PCR擴(kuò)增 |
Lane 5: |
dGTP:7-deaza-dGTP = 3:1 |
Lane 6: |
7-deaza-dGTP |
Lane M: |
pHY Marker |
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圖2 dGTP和7-deaza-dGTP、dITP的混合比例與GC rich DNA擴(kuò)增片段的比較 |
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