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TaKaRa LA Taq

GC rich片段的擴(kuò)增例
 
 
    模板DNA為GC Rich序列時(shí),使用以往的Taq DNA Polymerase通常難以進(jìn)行PCR擴(kuò)增。TaKaRa LA TaqTaKaRa Ex Taq同以往的Taq DNA Polymerase相比,擴(kuò)增效率高,可對(duì)一般難以擴(kuò)增的DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增。
 
    下面是GC含量為70%的DNA片段大小為3kbp的擴(kuò)增例。
 
    圖1對(duì)使用普通Taq DNA Polymerase和TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2的PCR擴(kuò)增進(jìn)行了比較。結(jié)果顯示普通Taq酶不能擴(kuò)增的GC Rich DNA片段使用TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2可進(jìn)行良好的PCR擴(kuò)增。
 
    GC Rich DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),以7-deaza-dGTP替代dGTP有時(shí)可獲得良好的擴(kuò)增結(jié)果。如果想提高擴(kuò)增效率,將dGTP和7-deaza-dGTP(或dTTP)混合后再使用可獲得更好的擴(kuò)增結(jié)果(圖2)。 根據(jù)擴(kuò)增片段的種類可優(yōu)化dGTP和7-deaza-dGTP(或dTTP)的混合比例,建議進(jìn)行各種條件的研討決定最佳混合比例。
 
    * Primer序列
      M3-30 (將M3 Primer延長(zhǎng)的DNA序列)
         5'-CAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT-3'
      RV-32 (將RV Primer延長(zhǎng)的DNA序列)
         5'-GATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGAC-3'
 
Template: VIII-5-pUC118
  (大小為3kbp的GC Rich DNA片段用Hindd III酶切后插入到pUC118中)
擴(kuò)增片段大?。?/span> 約 3 kbp
  (大小為3kbp的GC Rich DNA片段用Hindd III酶切后插入到pUC118中)
Template: VIII-5-pUC118
Primer: Custom long primer (30~32 mer)
  (各10 pmol/50 μl PCR)
dNTP Mixture: 以GTP替代7-deaza-dGTP
PCR條件: 94℃、1 min 30 cycles  
  68℃、5 min
                   (使用TaKaRa PCR Thermal Cycler 480)
 
 
        1% Agarose gel
        8 μl電泳
Lane 1: Taq 進(jìn)行PCR擴(kuò)增
Lane 2: TaKaRa Ex Taq
Lane 3: TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2
Lane M1: λ-Hind III digest  
Lane M2: λ-EcoT14 I digest  
  圖1比較GC Rich DNA片段的PCR擴(kuò)增
 
 
        1% Agarose gel
        10 μl電泳
Lane 1: dGTP:dITP = 3:1 使用TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2進(jìn)行PCR擴(kuò)增
Lane 2: dGTP:7-deaza-dGTP = 3:1
Lane 3: 7-deaza-dGTP
Lane 4: dGTP:dITP = 3:1 使用TaKaRa Ex Taq 進(jìn)行PCR擴(kuò)增
Lane 5: dGTP:7-deaza-dGTP = 3:1
Lane 6: 7-deaza-dGTP
Lane M: pHY Marker  
  圖2 dGTP和7-deaza-dGTP、dITP的混合比例與GC rich DNA擴(kuò)增片段的比較