1 Step RT-PCR標準操作流程 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
PrimeScript™ II High Fidelity RT-PCR Kit(Code No.R023A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
1. 按下列組成配制PCR反應液。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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*1 Positive Control RNA使用F-1 Primer。 *2 Positive Control RNA使用R-1 Primer。 *3 建議Total RNA的使用量范圍在10~1,000 ng之間,Positive Control RNA為模板時使用量為1 μl。 |
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2. 反應條件 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
【一般實驗的PCR反應條件】 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
45℃*4 30 min. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
94℃ 2 min | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
↓ |
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98℃ 10 sec. | 30 cycles | or | 98℃ 10 sec. | 30 cycles | ||||||||||||||||||||||||||||||
60 or 55℃*5 15 sec. | 68℃ 1 min./kb | |||||||||||||||||||||||||||||||||
68℃ 1 min./kb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
【Positive Control RNA的PCR反應條件】 Control反應可確認到462 bp的擴增片段。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
45℃ 30 min. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
94℃ 2 min | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
↓ |
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98℃ 10 sec. | 30 cycles | |||||||||||||||||||||||||||||||||
60℃ 15 sec. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
68℃ 1 min. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
*4 反轉(zhuǎn)錄反應溫度 使用PrimeScript II RTase(PrimeScript II RT Enzyme Mix中含有)可以提高反應特異性,使用特異性下游引物進行反轉(zhuǎn)錄反應時,可在45℃進行反轉(zhuǎn)錄反應,不會引起RNA的降解及酶的失活。 *5 退火溫度 引物的Tm值(按下述公式計算)在55℃以上時,設定為60℃;引物的Tm值在55℃以下時,設定為55℃。 Tm 值計算方法 Tm 值(℃)=[(A、T數(shù))× 2 ]+[(G、C數(shù))× 4 ]-5 |
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【PCR反應條件的選擇】 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ 請先嘗試使用3 Step PCR。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ 使用GC rich模板時推薦使用2 Step PCR法。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
上述反應條件下擴增效率不良時,請進行如下研討: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
<擴增產(chǎn)物出現(xiàn)Smear及非特異性擴增時> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
① 將退火溫度每次間隔2℃上升至63℃。 ② 使用2 Step PCR。 ③ 引物的Tm值在50℃以下時,退火溫度嘗試在50~55℃之間選擇。 |
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<無擴增產(chǎn)物或擴增產(chǎn)物少時> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
① 模板使用量根據(jù)推薦量來添加。 ② 增加PCR循環(huán)圈數(shù)至40~50 Cycles。 ③ 嘗試每次間隔2℃下降退火溫度。 |
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* 使用PrimeSTAR GXL進行RT-PCR反應時不能用dUTP替代dTTP(反應效果明顯下降)。此外,請盡量避免使用含有次黃嘌呤的引物。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||