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反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)中引物的選擇、RNA樣品的制備、操作注意事項(xiàng)

 
1. 關(guān)于反轉(zhuǎn)錄引物的選擇
  用于反轉(zhuǎn)錄的引物可視實(shí)驗(yàn)具體情況選擇Random 9 mers、Oligo dT-Adaptor Primer或特異性下游引物。對(duì)于不具有Hairpin構(gòu)造的短鏈mRNA,3種引物中的任何一種都可以使用,但一般應(yīng)按以下方法進(jìn)行選擇。
 
 Random 9 mers  適用于長(zhǎng)的或具有Hairpin構(gòu)造的RNA。包括rRNA、mRNA、tRNA等
 在內(nèi)的所有RNA的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)都可使用本引物。
 用Random 9 mers合成的cDNA進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí),
 使用任何一對(duì)特異性引物都能獲得良好的擴(kuò)增。
 Oligo dT Primer  適用于具有Poly(A)+ Tail的RNA。(注意:原核生物的RNA、
 真核生物的rRNA及tRNA以及某些種類的真核生物的mRNA
 不具有Poly(A)+Tail)。本Primer設(shè)計(jì)巧妙,反轉(zhuǎn)錄效率高。
 反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)后,可用M13 Primer M4進(jìn)行3’-RACE實(shí)驗(yàn)。
 特異性下游PCR Primer
(PCR時(shí)的下游引物)
 因其必須與模板序列互補(bǔ),所以只適用于Target序列已知的情況。
 
2. RNA樣品制備
本試劑盒是把RNA合成cDNA,然后再對(duì)此cDNA進(jìn)行擴(kuò)增的試劑盒。RNA的純度會(huì)影響cDNA的合成量,而制備RNA的關(guān)鍵是要抑制細(xì)胞中的RNA分解酶和防止所用器具及試劑中的RNA分解酶的污染。因此,在實(shí)驗(yàn)中必須采取以下措施:戴一次性干凈手套;使用RNA操作專用實(shí)驗(yàn)臺(tái);在操作過程中避免講話等等。通過以上辦法可以防止實(shí)驗(yàn)者的汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。
 
【使用器具】
盡量使用一次性塑料器具。若使用玻璃器具,應(yīng)在使用前按下列方法進(jìn)行處理。
(1) 用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下處理12小時(shí)。
(2) 然后在120℃下高壓滅菌30分鐘以除去殘留的DEPC。
RNA實(shí)驗(yàn)用的器具和儀器建議專門使用,不要用于其它實(shí)驗(yàn)。
 
【試劑配制】
用于RNA實(shí)驗(yàn)的試劑,包括蒸餾水,須使用干熱滅菌(180℃,60 min.)或用上述方法進(jìn)行DEPC水處理滅菌后的玻璃容器盛裝(也可使用RNA實(shí)驗(yàn)用的一次性塑料容器),使用的滅菌水須用0.1%的DEPC處理后進(jìn)行高溫高壓滅菌。
RNA實(shí)驗(yàn)用的試劑和滅菌水都應(yīng)專用,避免混用后交叉污染。
 
【制備方法】
使用簡(jiǎn)單的RNA純化方法即可獲得滿足于RT-PCR反應(yīng)的RNA(只需少量的RNA便可進(jìn)行RT-PCR反應(yīng))。但為了保證實(shí)驗(yàn)的成功率,建議使用GTC法(異硫氰酸胍法)制備的高純度RNA。
 
【RNA樣品量】
使用本試劑盒進(jìn)行RT-PCR反應(yīng)時(shí),每次反應(yīng)所需的最適Total RNA量約為500 ng。
 
3. 使用注意
以下為使用本試劑盒時(shí)的注意事項(xiàng),使用前一定認(rèn)真閱讀。
1). 當(dāng)同時(shí)需要進(jìn)行多個(gè)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)或PCR反應(yīng)時(shí),應(yīng)先配制各種試劑的混合液 (其中包括RNase Free dH2O、Buffer、dNTP Mixture、MgCl2等),然后再分裝到每個(gè)反應(yīng)管中。這樣,可使所取的試劑體積更準(zhǔn)確,減少試劑損失,避免重復(fù)分取同一試劑。同時(shí)也可以減少實(shí)驗(yàn)操作或?qū)嶒?yàn)之間產(chǎn)生的誤差。
2) 使用Reverse Transcriptase(AMV)、RNase Inhibitor、TaKaRa LA Taq酶等酶類時(shí),應(yīng)輕輕混勻,避免起泡。分取之前要小心地離心收集到反應(yīng)管底部。由于酶保存液中含有50%的甘油,粘度高,分取時(shí)應(yīng)慢慢吸取。
3) 酶制品應(yīng)在實(shí)驗(yàn)前才從-20℃中取出,使用后也應(yīng)立即放回-20℃中保存。
4) 分裝試劑時(shí)務(wù)必使用新的槍頭,以防止樣品間污染。
5) PCR反應(yīng)條件
最適的PCR條件因PCR擴(kuò)增儀的不同而不同,建議在進(jìn)行樣品實(shí)驗(yàn)前最好先試做一下Control實(shí)驗(yàn)。