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機(jī)構(gòu)用戶(hù)解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

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【戰(zhàn)疫情】Takara NGS解決方案助力戰(zhàn)勝新冠疫情!
 
2020年注定是難忘的一年,新年伊始,新型冠狀病毒引發(fā)的疾?。?strong>COVID-19)疫情就一直牽動(dòng)著千千萬(wàn)萬(wàn)人的心。
Takara作為分子生物學(xué)試劑行業(yè)內(nèi)的重要一員,愿以高品質(zhì)、高穩(wěn)定性、高性?xún)r(jià)比的產(chǎn)品和高效率的服務(wù),為戰(zhàn)勝疫情貢獻(xiàn)綿薄之力。
 
Takara助力新冠病毒的NGS檢測(cè)解決方案
相比現(xiàn)階段應(yīng)用廣泛的RT-PCR檢測(cè)方法,NGS技術(shù)不僅可以有效診斷病毒感染,還可以直接獲得病毒的全基因組序列,進(jìn)而全面分析病毒基因。對(duì)病毒的進(jìn)化來(lái)源、致病機(jī)理機(jī)制進(jìn)行研究,從而指導(dǎo)臨床應(yīng)用。而且隨著時(shí)間推移,病毒很有可能發(fā)生更多變異,NGS可以動(dòng)態(tài)跟蹤病毒變異,不僅可以進(jìn)行針對(duì)性預(yù)案,也可以為后期有效的治療提供基礎(chǔ)性研究依據(jù)。
 
Takara提供兩種RNA-Seq文庫(kù)構(gòu)建解決方案,希望它們快速、簡(jiǎn)便、高效的特點(diǎn),助力打贏疫情攻堅(jiān)戰(zhàn)!
 
方案一:SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian
(Code No. 634411-634414)
 
在使用鼻拭子、咽拭子、肺泡灌洗液等臨床樣本進(jìn)行病毒NGS分析時(shí),往往會(huì)遇到病毒含量少、樣本背景復(fù)雜、建庫(kù)過(guò)程PCR擴(kuò)增不均一等問(wèn)題,給正確分析病毒基因組信息造成困難。
 
Takara的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian(Pico v2),可以提供微量病原體樣本的宏轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)解決方案!
· 250 pg-10 ng 的total RNA起始量,樣本稀少也能高效建庫(kù)!
· 專(zhuān)為低質(zhì)量樣本設(shè)計(jì),無(wú)需進(jìn)行rRNA前處理操作
· 隨機(jī)引物起始,6小時(shí)內(nèi)即可制備高質(zhì)量文庫(kù)!
· 多篇涉及mNGS研究的文章中使用Pico v2進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建,見(jiàn)參考文獻(xiàn)1-4
 
【文獻(xiàn)案例】
瑞典烏普薩拉大學(xué)的John博士采用宏轉(zhuǎn)錄組技術(shù)研究中樞神經(jīng)系統(tǒng)綜合征患者腦脊液中的HBV病毒,結(jié)合系統(tǒng)發(fā)育學(xué)發(fā)現(xiàn)部分HBV病毒基因組屬于Genotype B和C,并與其它一些亞洲病毒基因組類(lèi)似。相關(guān)成果發(fā)表在《Diagnostic microbiology and infectious disease》雜志的Meta-transcriptomic identification of hepatitis B virus in cerebrospinal fluid in patients with central nervous system disease一文中。其中,SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian用于該宏轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建(所用的樣本為150 μl腦脊液,total RNA濃度為50-200 pg/μl)。
 
【參考文獻(xiàn)】
1. Pettersson JH, et al. Meta-transcriptomic identification of hepatitis B virus in cerebrospinal fluid in patients with central nervous system disease.[J]. Diagnostic microbiology and infectious disease, 2019,95(4).
2. Boujon CL, et al. Novel encephalomyelitis-associated astrovirus in a muskox (Ovibos moschatus): a surprise from the archives.[J]. Acta veterinaria Scandinavica,2019,61(1).
3. Temmam S, et al. Six Nearly Complete Genome Segments of a Novel Reovirus Identified in Laotian Batflies.[J]. Microbiology resource announcements,2019,8(46).
4. Temmam S, et al. A Novel Polycipiviridae Virus Identified in Pteropus lylei Stools.[J]. Microbiology resource announcements,2019,8(15).
 
方案二:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
(Code No. 634888-634894)
 
疫情爆發(fā)以來(lái),科學(xué)家們?cè)趩渭?xì)胞研究層面陸續(xù)發(fā)表了多篇新冠病毒的論文,旨在研究病毒潛在的感染途徑,宿主細(xì)胞-病毒之間的相互作用關(guān)系等。
 
Takara的SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing由于其卓越的單細(xì)胞RNA-Seq分析性能,廣泛受到研究者的青睞,可提供單細(xì)胞水平的新冠病毒的NGS研究解決方案!
· 1-1000個(gè)細(xì)胞10 pg-10 ng total RNA起始,進(jìn)行快速的全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增 的total RNA起始量,樣本稀少也能高效建庫(kù)!
· 操作簡(jiǎn)便,單管完成cDNA制備,避免稀少珍貴的病毒樣本損失!
· 基于SMART技術(shù),文庫(kù)具有出色的轉(zhuǎn)錄本覆蓋度、基因檢出數(shù)!
· 建議搭配ThruPLEX DNA-Seq Kit(Code No. R400674- R400677)完成NGS文庫(kù)構(gòu)建!
 
【參考文獻(xiàn)】
Justin, T, O'Neal, et al. West Nile Virus-Inclusive Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity in the Type I Interferon Response within Single Cells.[J]. Journal of virology, 2019;93(6):e01778-18.
 
相信“長(zhǎng)風(fēng)破浪會(huì)有時(shí),直掛云帆濟(jì)滄海”!
 
 

頁(yè)面更新:2020-04-26 13:06:27