| 這些樣本的RNA-Seq，還能再“救”一下 |
| 在日?？茖W(xué)研究中，很多樣本由于蘊(yùn)藏巨大的科研價值，受到科研工作者重點關(guān)注，并用于RNA-Seq分析，揭示疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制。這些樣本既包括腫瘤學(xué)研究中的FFPE、游離核酸、細(xì)胞外囊泡等樣本，也包括近來比較受關(guān)注的病原微生物樣本。但對這些樣本進(jìn)行RNA-Seq時，科研人員往往會遇到很多難點，成功率偏低，阻礙了他們對疾病發(fā)生機(jī)制的探索。 |
| 面對這些珍貴但品質(zhì)不高的樣本，一個RNA-Seq建庫策略就能從容應(yīng)對——SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian （Pico v2） |
| ■ 產(chǎn)品特色 |
| · 微量RNA起始 250 pg-10 ng 人、大/小鼠 total RNA起始 · 無需擔(dān)心RNA降解 兼容不同品質(zhì)的RNA (RIN2-10或DV200>25%）LCM、FFPE來源的樣本以及cfRNA等 · 操作簡便時間短 不需要前處理rRNA, 6小時內(nèi)完成Illumina文庫構(gòu)建 · 非編碼與編碼同時分析 隨機(jī)引物起始，捕獲全轉(zhuǎn)錄組信息 · 信息可靠 保留鏈特異性信息，制備的文庫具有方向性 |
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| 由以上特點，當(dāng)科研人員面對之前無法成功進(jìn)行RNA-Seq分析的FFPE、游離核酸、病原RNA等樣本時，Pico v2提供了“還能再救一下”的可能↓ |
| 1. “拯救”腫瘤學(xué)研究的三大樣本 |
| · FFPE RNA降解嚴(yán)重？5-50 ng，DV200＞25%的RNA樣本都別輕言放棄！ |
| 福爾馬林固定石蠟包埋（Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE）樣本廣泛保存于各大醫(yī)院、高校、研究所的樣本庫。這類樣本的RNA-Seq分析，能為Biomarker篩查、回顧性研究、疾病機(jī)制探討提供可能。 然而，由于處理、保存等條件的限制，F(xiàn)FPE樣本中不易留存高品質(zhì)RNA。同時，提取RNA前不當(dāng)?shù)那疤幚矸桨福缓线m的擴(kuò)增方法也不易獲得足夠量的核酸用于NGS分析。 Pico v2專門優(yōu)化用于低品質(zhì)、微量的FFPE RNA-Seq文庫構(gòu)建！有一說一，真的好用↓ |
| ■ Takara實驗案例 |
| 取4個不同降解程度的FFPE-RNA樣本（DV200在28%-68%之間），使用本試劑盒制備文庫，然后進(jìn)行NGS分析。同一樣品，不同起始量檢測到的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量基本相同，具有很高的表達(dá)重復(fù)相關(guān)性，而且比對到rRNA的比率≤20%。 |
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| · 游離RNA，細(xì)胞外囊泡RNA-Seq難度大？Pico v2 助力攻克難題 |
| ■ 游離RNA-Seq（cell free RNA, cfRNA） |
| 游離RNA，是游離于體液中的RNA。隨著研究的不斷深入，科研人員對cfRNA的關(guān)注度逐漸增加。但cfRNA在外周血中含量低、結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定，文庫制備比較困難。 |
| 別怕，Pico v2能輕松應(yīng)對！我們用實例說話↓ |
| 實驗案例 |
| Takara科學(xué)家采用Pico v2與前一代產(chǎn)品Pico v1構(gòu)建150 pg、1 ng cfRNA樣本文庫，從實驗結(jié)果可以看出↓ |
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| 相較于Pico v1，Pico v2在更低的150 pg cfRNA起始條件下，所建文庫mapping率更高，核糖體和線粒體檢出比例更低，基因檢測數(shù)量更多，能進(jìn)行更高靈敏度的分析。 |
| 由此證明：Pico v2更適合cfRNA樣本的可靠分析！ |
| ■ 細(xì)胞外囊泡（Extracellular Vesicles, EV）RNA-Seq |
| 細(xì)胞外囊泡是存在于細(xì)胞培養(yǎng)上清以及血液、尿液等體液中的各種具有脂質(zhì)雙層膜結(jié)構(gòu)的囊泡總稱，主要由外泌體、微囊泡和凋亡小體組成，被認(rèn)為是潛在的Biomarker?？蒲腥藛T非常重視EV中RNA的分析，其中mRNA與lncRNA的分析由于存在一定難點，科研人員需要更好的技術(shù)去解決問題！ |
| Pico v2采用隨機(jī)引物起始，能夠一個樣本同時完成mRNA與lncRNA文庫的構(gòu)建，是EV RNA-Seq的理想選擇！ |
| 2. 突破病原樣本RNA-Seq瓶頸 |
| 宏轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是近幾年興起的采用NGS分析環(huán)境、臨床研究樣本中所有RNA病毒的技術(shù)，用于RNA病毒基因組序列的解析、溯源與變異追蹤，為后續(xù)實現(xiàn)對感染性疾病精準(zhǔn)診斷、治療及預(yù)防提供技術(shù)保障。 科研人員進(jìn)行病原微生物NGS分析時，往往會遇到病原核酸含量少、樣本背景復(fù)雜、宿主核酸干擾大、建庫過程PCR擴(kuò)增不均一等問題，給正確分析病毒基因組信息造成困難。 |
| Pico v2能夠應(yīng)對這一挑戰(zhàn)，已被大量用于RNA病原微生物的檢測分析?。?br /> |
| ■ 文獻(xiàn)案例 |
| 復(fù)旦大學(xué)張永振教授團(tuán)隊通過測序分析了新冠病毒基因組序列，該病毒樣本來自一名41歲的男性患者，相關(guān)成果發(fā)表在Nature雜志題為A new coronavirus associated with human respiratory disease in China的文章中。本研究確定了該病毒的基因組，同時進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析。作者使用了Pico v2制備宏轉(zhuǎn)錄組文庫，通過核心的ZapR v2、Rprobes v2技術(shù)在建庫過程中去除了人源rRNA! |
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頁面更新：2020-12-02 10:08:15
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