| 多國(guó)及時(shí)發(fā)現(xiàn)變異新冠病毒，基因測(cè)序功不可沒(méi)！ | ||
| 誰(shuí)也沒(méi)有預(yù)料到，2020年是如此不尋常的一年。突如其來(lái)的新冠疫情，打破了以往的生活。 好在我們有，醫(yī)護(hù)人員逆風(fēng)而上救死扶傷，科研人員爭(zhēng)分奪秒解析病毒、研發(fā)疫苗，各行各業(yè)乃至個(gè)人眾志成城、共同戰(zhàn)“疫”，我們相信，一切恢復(fù)正軌指日可待！ 但是現(xiàn)在，我們?nèi)匀徊荒芊潘删瑁?br /> |
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| 傳染性更強(qiáng)的變異新冠病毒出現(xiàn)！世衛(wèi)組織建議各國(guó)增加對(duì)新冠病毒的常規(guī)測(cè)序！ | ||
| 據(jù)央視新聞報(bào)道，當(dāng)?shù)貢r(shí)間12月22日，世衛(wèi)組織發(fā)布英國(guó)上報(bào)的有關(guān)變異新冠病毒的相關(guān)信息。12月14日，英國(guó)向世衛(wèi)組織報(bào)告，通過(guò)病毒基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)一種新的新冠病毒變體。初步分析表明，該變體更易在人與人之間傳播，估計(jì)傳染性增加40-70%，傳播指數(shù)增加0.4在1.5-1.7之間［1］。 | ||
| 世衛(wèi)組織建議各國(guó)在可能的情況下增加對(duì)新冠病毒的常規(guī)測(cè)序，并分享病毒基因序列數(shù)據(jù)，尤其要報(bào)告是否發(fā)現(xiàn)了相同的變異病毒。所有國(guó)家都要評(píng)估當(dāng)?shù)夭《緜鞑ニ?，并采取適當(dāng)?shù)念A(yù)防和控制措施［1］。 | ||
| 從最初的新冠肺炎確診標(biāo)準(zhǔn)之一，到目前成為疫情防控的必要手段，高通量測(cè)序技術(shù)（NGS）在新冠病毒檢測(cè)中可以發(fā)揮哪些作用呢？ | ||
| 帶著這個(gè)問(wèn)題，我們一起來(lái)深度了解一下，高通量測(cè)序在新冠病毒檢測(cè)中的應(yīng)用。 |
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| 依靠NGS技術(shù)獲得病毒的基因組序列，揭開(kāi)新冠病毒的真面目！ | ||
| 通過(guò)NGS技術(shù)可以直接獲得病毒的全基因組序列，進(jìn)而全面分析病毒基因，為突發(fā)疫情的防控、臨床治療和后續(xù)研究提供幫助。 | ||
| 2020年２月３日，復(fù)旦大學(xué)張永振教授，在Nature發(fā)表題為A new coronavirus associated with human respiratory disease in China的文章，較早地向世界公布了新冠病毒的RNA序列，這一舉措也為應(yīng)對(duì)COVID-19奠定了重要的基礎(chǔ)。該研究取一名41歲的男性患者的200 μL肺泡灌洗液（BALF）后提取總RNA，使用Illumina MiniSeq（PE 150）進(jìn)行深度宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，確定了該病毒的基因組。同時(shí)進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，發(fā)現(xiàn)與一組來(lái)自于中國(guó)蝙蝠SARS樣冠狀病毒基因組相似度達(dá)到89.1%。作者使用了SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian制備宏轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)，通過(guò)核心的ZapR v2、Rprobes v2技術(shù)在建庫(kù)過(guò)程中去除了人源rRNA！ |
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| 通過(guò)對(duì)新冠病毒進(jìn)化研究，了解新冠病毒的“作案特征”和“行動(dòng)路線” | ||
| 通過(guò)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)揭示其病原相關(guān)特性、分析病毒的進(jìn)化來(lái)源等，對(duì)于設(shè)計(jì)有效的疾病控制和預(yù)防策略相當(dāng)重要。在《新型冠狀病毒肺炎防控方案（第七版)》文件中指出，各地發(fā)生的首例和感染來(lái)源不明的病例以及環(huán)境監(jiān)測(cè)發(fā)現(xiàn)的陽(yáng)性標(biāo)本，應(yīng)當(dāng)開(kāi)展基因測(cè)序等溯源工作。 | ||
| 2020年4月16日，廣東省疾病預(yù)防控制中心柯昌文教授和牛津大學(xué)Oliver G Pybus共同通訊在Cell發(fā)表題為“Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China”的文章，該研究結(jié)合了宏基因組測(cè)序和平鋪擴(kuò)增子方法，從廣東省感染個(gè)體中產(chǎn)生了53個(gè)基因組，進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析，結(jié)合流行病學(xué)信息，分析新冠病毒的進(jìn)化來(lái)源等。該研究結(jié)果可能為在其他地區(qū)實(shí)施和解釋COVID-19基因組檢測(cè)提供有價(jià)值的信息。其中，同樣使用了SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian對(duì)鼻拭子、咽拭子和痰液等來(lái)源的樣本，制備宏轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)！ | ||
| 這里允許小編地向大家介紹一下，頻獲眾多科研人員青睞的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒 |
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| SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian（Code: 634411） | ||
| 我們知道，在使用鼻拭子、咽拭子、肺泡灌洗液等臨床樣本進(jìn)行病原微生物NGS分析時(shí)，往往會(huì)遇到樣本含量少、樣本背景復(fù)雜、宿主核酸干擾大、建庫(kù)過(guò)程PCR擴(kuò)增不均一等問(wèn)題，給正確分析病毒基因組信息造成困難。 | ||
| 而SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian，這么受大家喜歡，就是因?yàn)樗芎芎玫膽?yīng)對(duì)這些問(wèn)題： |
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| 它專為低質(zhì)量樣本設(shè)計(jì)，無(wú)需進(jìn)行rRNA前處理操作，可直接以250 pg-10 ng 的total RNA起始，6小時(shí)內(nèi)即可制備高質(zhì)量的Illumina文庫(kù)，已被大量用于新冠病原微生物的檢測(cè)分析! | ||
| 參考文獻(xiàn)： | ||
| 1. Chen, Long, and Li Zhong. “Genomics functional analysis and drug screening ofSARS-CoV-2.” Genes & diseases, 10.1016 (2020). 2. Thair, Simone et al. “Transcriptomic Similarities and Differences in Host Response between SARS-CoV-2 and Other Viral Infections.” medRxiv (2020). 3. Pfefferle, Susanne et al. “Complete Genome Sequence of a SARS-CoV-2 Strain Isolated in Northern Germany.” Microbiology resource announcements vol. 9,23 (2020). |
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| 面對(duì)不斷變異的病毒，NGS技術(shù)在疫情防控工作中發(fā)揮重要作用！ | ||
| 病毒變異是病毒復(fù)制過(guò)程中發(fā)生的常見(jiàn)現(xiàn)象。新冠病毒作為RNA病毒，變異相對(duì)會(huì)更加頻繁。 | ||
| NGS可以動(dòng)態(tài)跟蹤病毒變異，不僅可以進(jìn)行針對(duì)性預(yù)案，也可以為后期有效的治療提供基礎(chǔ)性研究依據(jù)。 | ||
| 但是，對(duì)于需要如此高正確度檢測(cè)時(shí)，一旦出現(xiàn)測(cè)序錯(cuò)誤、或者PCR偏差，便會(huì)產(chǎn)生大量假陽(yáng)性結(jié)果，很可能就影響結(jié)果的正確性。面對(duì)這樣的情況，當(dāng)然不能放任不管，剛好這里有一個(gè)錦囊妙計(jì)，供您參考：通過(guò)添加特別的分子簽UMI來(lái)有效改善這一問(wèn)題。 | ||
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| 舉個(gè)例子 | ||
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| 如圖所示，使用未去重或者僅用坐標(biāo)法去重的文件分析，在預(yù)期的EGFR L858R突變附近觀察到大量的低頻及隨機(jī)等位基因頻率突變。而用UMI校正、過(guò)濾后的一致性序列reads，清除了假陽(yáng)性突變，得到了預(yù)期的突變分析結(jié)果！ | ||
| 有了妙計(jì)，還需要能上手的真家伙。這不，它來(lái)了… | ||
| Takara特別優(yōu)化推出了接頭上添加分子標(biāo)簽的全新產(chǎn)品：SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian（Code No. 634485）。 | ||
| 火眼金睛，發(fā)現(xiàn)“真”病毒變異 | ||
| 在文庫(kù)制備過(guò)程中，通過(guò)反轉(zhuǎn)錄步驟（在PCR擴(kuò)增之前）添加UMI，可以靈敏地識(shí)別PCR重復(fù)片段并校正PCR擴(kuò)增錯(cuò)誤，從而進(jìn)行正確的樣本數(shù)據(jù)回溯，提供更可靠的RNA-Seq分析！ | ||
| 致敬“前浪”，同樣無(wú)懼困難樣本 | ||
| 該產(chǎn)品保留了前一代產(chǎn)品能分析質(zhì)量較差樣本和無(wú)需核糖體RNA前處理的特點(diǎn)，支持皮克級(jí)總RNA起始，快速高效的構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)！ | ||
| 相信SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian依仗自身過(guò)硬的特點(diǎn)，可以為新冠病毒變異監(jiān)測(cè)貢獻(xiàn)一份力量！ | ||
| 參考信息來(lái)源： | ||
| 1. 央視新聞，2020年12月22日 | ||
| 最后溫馨提醒大家：進(jìn)入冬季以后，新冠病毒疫情不斷反復(fù)，又正值新年之際，因此注意佩戴好口罩，養(yǎng)成良好的衛(wèi)生習(xí)慣，愿大家都身體健康。 | ||
頁(yè)面更新：2020-12-31 07:59:22
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