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單細(xì)胞測序遇到瓶頸？是時(shí)候解鎖單細(xì)胞核測序技術(shù)了！

眾所周知，群體測序可能會(huì)掩蓋稀有細(xì)胞類型等重要生物學(xué)現(xiàn)象，因此越來越多的研究人員轉(zhuǎn)向單細(xì)胞測序，以更好地了解單個(gè)細(xì)胞如何在整個(gè)復(fù)雜生物學(xué)系統(tǒng)中起作用。

其中單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-Seq），在生物及醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域有著非常廣泛的應(yīng)用。但隨著研究和應(yīng)用的深入，其技術(shù)局限性也逐漸凸顯?？偨Y(jié)下來有：scRNA-seq主要適用于新鮮組織樣本，而不能用于難解離的組織或凍存組織等；另外，不同類型細(xì)胞在解離效率上存在差異，細(xì)胞解離過程可能會(huì)導(dǎo)致無法有效獲取到組織中的所有細(xì)胞類型。

那么為了克服這些困難，一個(gè)不錯(cuò)的替代策略是使用單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序（single-nuclei RNA-Seq，snRNA-Seq）。

不同于常規(guī)的scRNA-Seq，snRNA-Seq是直接抽提細(xì)胞核，并對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行后續(xù)的轉(zhuǎn)錄組測序分析。由于不受解離條件的限制，snRNA-Seq的方法拓寬了凍存樣本的利用價(jià)值，也適合于一些難解離的樣本。同時(shí)更容易獲得更加全面的細(xì)胞類型，更好地反應(yīng)原始組織中的細(xì)胞組成和基因表達(dá)情況。

不過單細(xì)胞核的mRNA含量要低得多，想要獲得高品質(zhì)的測序結(jié)果，需要選擇合適的技術(shù)。Takara的SMART-Seq技術(shù)，輕松為您snRNA-Seq分析保駕護(hù)航！

■ SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing（SMART-Seq v4）

·靈敏度高的cDNA合成：非常適用于研究1-1000個(gè)細(xì)胞或10 pg-10 ng 總RNA，可檢測更多基因
·支持更深度的挖掘分析：保留全長基因信息，可用于差異表達(dá)、融合基因、點(diǎn)突變等的研究
·節(jié)約寶貴時(shí)間：單管操作流程，減少樣品損失與混淆，降低手動(dòng)操作誤差

更多snRNA-Seq應(yīng)用，請見以下文獻(xiàn)的實(shí)力測評(píng)

↓

★1-題目：A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex
·發(fā)表期刊：Nature
·發(fā)表時(shí)間：2021-10-16
·DOI：10.1038/s41586-021-03500-8
·總結(jié)重點(diǎn)：
本實(shí)驗(yàn)的研究人員對(duì)小鼠初級(jí)運(yùn)動(dòng)皮層中超過50萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和甲基化組測序，繪制出了超過56種神經(jīng)元類型。同時(shí)開發(fā)了計(jì)算和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法來整合多模塊數(shù)據(jù)，并對(duì)細(xì)胞類型的再現(xiàn)性進(jìn)行定量驗(yàn)證。

本研究共生成9個(gè)dataset，包括7個(gè)scRNA-seq和snRNA-seq dataset（使用微流控方法和SMART-Seq v4，n= 526,373個(gè)細(xì)胞），以及1個(gè)snmC-seq2 dataset (n= 9,872個(gè)細(xì)胞)和1個(gè)snATAC-seq dataset(n= 81,196個(gè)細(xì)胞)。

其中在進(jìn)行snRNA-Seq分析時(shí)，相較于微流控方法，使用SMART-Seq v4時(shí)可以捕獲更多unique molecular fragments (100萬- 210萬個(gè))。

★2-題目：Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy
·發(fā)表雜志：Nature Communications
·發(fā)表時(shí)間：2021-7-12
·DOI：10.1038/s41467-021-24543-5
·總結(jié)重點(diǎn)：
為了擴(kuò)展對(duì)細(xì)胞異質(zhì)性的了解，本實(shí)驗(yàn)的研究人員開發(fā)了一種改良的snRNA-seq2技術(shù)，可用于對(duì)冷凍保存的肝臟樣品進(jìn)行核轉(zhuǎn)錄組分析。使用這種新方法，作者描述了具有不同倍性水平的單個(gè)肝細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組。

其中本實(shí)驗(yàn)對(duì)來源于雄性幼鼠的肝臟組織快速冷凍后進(jìn)行單核解離，使用SMART-Seq v4進(jìn)行snRNA-Seq分析。實(shí)驗(yàn)表明，最終獲得的每個(gè)細(xì)胞核的reads超過550,000，平均每個(gè)細(xì)胞核檢測到轉(zhuǎn)錄本超過11,000個(gè)。

■ 拓展產(chǎn)品信息：SMART-Seq v4 PLUS Kit

·不只是一個(gè)Kit，更是完整的單細(xì)胞建庫體驗(yàn)：在包含SMART-Seq v4基礎(chǔ)上，整合包含片段化酶的建庫模塊！
·小投入，大產(chǎn)出，構(gòu)建更高品質(zhì)Illumina文庫：文庫產(chǎn)量和轉(zhuǎn)錄本檢測數(shù)雙雙飆升！
·高質(zhì)量的RNA-Seq數(shù)據(jù)：保留全長基因信息，低rRNA比率，高基因檢出數(shù)，有效擴(kuò)增GC-rich轉(zhuǎn)錄本！

■ 結(jié)語

snRNA-Seq的出現(xiàn)，能夠彌補(bǔ)scRNA-Seq的局限性，為研究者提供更多的選擇。

頁面更新：2022-08-30 15:51:22

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