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產(chǎn)品選擇指南

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“酶”那么那么重要，NGS的PCR擴增酶該如何選擇？

NGS技術(shù)橫空出世以來，更高的通量，越來越低的成本，使其在生物醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域應(yīng)用越來越廣泛。
NGS測序流程主要分為樣本制備、文庫構(gòu)建、上機測序和數(shù)據(jù)分析四個流程。其中，構(gòu)建測序文庫，是NGS實驗流程非常關(guān)鍵的步驟，直接影響測序質(zhì)量。適合NGS文庫構(gòu)建的PCR酶，需要具有高保真、低擴增偏差、以及能夠無偏倚地擴增不同大小和GC含量的靶標等優(yōu)勢，因此需要謹慎選擇。
Takara作為PCR酶領(lǐng)域的翹楚，有非常多品質(zhì)高的高保真酶。今年推出的高保真DNA聚合酶PrimeSTAR^® Max DNA Polymerase Ver.2，具有高效、高保真和低偏好等特點，能夠應(yīng)對NGS文庫擴增的挑戰(zhàn)。

高的保真性

構(gòu)建文庫過程中的突變會給后續(xù)序列拼接造成困難，甚至可能會干擾某些需要低頻檢測的分析結(jié)果，因此高保真性的擴增是非常重要的。
Takara PrimeSTAR系列高保真酶憑借其錯配率低、保真性高、性能卓越等優(yōu)勢而暢銷，贏得了眾多科研人員的傾心與認可。PrimeSTAR^® Max DNA Polymerase（Ver.2）更是該系列中保真性最高、反應(yīng)（延伸）速度最快的高保真酶。
Takara Bio研究團隊以λ DNA（10 kb）為模板進行PCR反應(yīng)，通過分析PCR產(chǎn)物的堿基序列，評估各個PCR酶的保真性。PrimeSTAR^® Max DNA Polymerase Ver.2顯示出與同類型產(chǎn)品相比最高的保真性，大約是TaKaRa Taq^™ 的420倍。

高的文庫質(zhì)量

Takara Bio研究團隊比較了PrimeSTAR^® Max DNA Polymerase（Ver.2）與A公司和B公司的高保真PCR酶/PCR擴增混合物用于NGS的文庫擴增。分別以100 ng的200 bp和300 bp HL60 DNA fragments為模板，構(gòu)建測序文庫，其中分別使用上述三種不同的高保真PCR酶/PCR擴增混合物進行擴增步驟（均使用酶試劑制造商推薦的體系和程序進行PCR擴增）。之后使用Illumina NovaSeq X （PE150）測序，Downsampling 至60M reads進行數(shù)據(jù)分析。

·文庫產(chǎn)量評價
保證文庫產(chǎn)量，有利于足夠用于質(zhì)檢和后續(xù)上機測序。從以下結(jié)果可以看出，PrimeSTAR Max DNA（Ver.2）相較于其他兩種同類產(chǎn)品，有更高的文庫產(chǎn)量。

★ 200 bp Fragments

★ 300 bp Fragments

·文庫片段長度評價
上機文庫的質(zhì)量評價指標之一是文庫片段長度。過低的片段長度可能是引物二聚體，過高的片段長度(遠高于DNA片段加接頭的長度)則為大片段，大小片段的存在都會影響測序數(shù)據(jù)量的產(chǎn)出。從以下Agilgent 2100結(jié)果可以看出，不同酶擴增的文庫片段長度無明顯差異。

★ 200 bp Fragments