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文庫構(gòu)建 |
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預(yù)制文庫 |
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均一化的酵母雙雜交cDNA文庫——Normalized Mate & Plate |
■ 制品說明 |
Normalized Mate and Plate Libraries是高度復(fù)雜的cDNA文庫,文庫克隆到GAL4 AD載體上并轉(zhuǎn)化到酵母菌株Y187中。因為文庫擴增和酵母轉(zhuǎn)化操作已經(jīng)完成,所以使用這些文庫進行雙雜交篩選更加省時省力。均一化處理降低了文庫中高豐度的轉(zhuǎn)錄本,低豐度及稀少的cDNA得以富集,這樣的文庫更加具有基因代表性,也使篩選操作更加簡單,并大大降低了在篩選文庫時獲得假陽性的可能性。
· 操作僅需三步:
1. 用Matchmaker Gold Yeast Two-Hybrid System構(gòu)建表達目的蛋白質(zhì)的酵母菌株。
2. 將bait菌株與1 ml均一化文庫混合過夜培養(yǎng)。
3. 鋪板于篩選培養(yǎng)基上。
· 什么是均一化文庫?
均一化處理降低了cDNA文庫中高豐度轉(zhuǎn)錄本所占的比例,這意味著許多管家基因的拷貝數(shù)顯著降低,所以篩選的克隆數(shù)更少,并且可以確保篩選到包含中等豐富和低等豐度轉(zhuǎn)錄本的克隆。簡而言之,您可以花費較少的精力篩選到更多的獨立克隆,并有更大的機會檢測到重要的互作。
· 如何制備均一化文庫?
首先用SMART技術(shù)擴增獲得cDNA,之后用雙鏈特異性核酸酶(DSN)進行均一化處理(1,2)。簡單來說,cDNA經(jīng)變性及退火后,用特異切割雙鏈DNA的酶快速酶切,因為cDNAs豐度越高退火越快,越有可能被酶降解。最后,用Northern blot方法分析cDNA均一化效率,將均一化的cDNA文庫克隆到prey載體pGADT7-RecAB上。
· 通用型文庫提供通用型基因覆蓋范圍
人和小鼠通用型文庫提供了廣泛且完善的表達基因覆蓋范圍。這些均一化通用型文庫來自于不同的齊全組織,這些特異挑選的組織能夠代表廣闊范圍內(nèi)表達的基因(2)。結(jié)合“全面的”基因代表性及低拷貝cDNAs的富集度,Mate & Plate Universal (Normalized) Libraries為鑒定新的真實的互作提供了更大的可能。
· 為什么使用均一化通用型文庫?
事實上,許多有意義的互作發(fā)生在位置適宜但表達較弱的蛋白質(zhì)之間,這類互作用傳統(tǒng)的單一組織文庫不容易檢測到。通用型且均一化的文庫為這個問題提供了有效的解決方法,因為這些文庫代表了平衡的轉(zhuǎn)錄本,能夠更大范圍的覆蓋表達的基因。因此,篩選不再局限于僅能鑒定出單一組織中高水平表達的蛋白質(zhì)之間的互作。
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■ 制品特點 |
1. 為蛋白質(zhì)互作中的文庫篩選提供簡便方法。
2. 篩選更少的克隆,檢測更多的互作。
3. 通用型文庫——更高的基因代表性。
4. 篩選不再大海撈針。
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■ 制品用途 |
1. 酵母雙雜交文庫篩選。 |
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■ 文獻 |
1. Zhulidov, P. A. et al. (2004) Nucleic Acids Res. 32(3):e37.
2. Shagin, D. A. et al. (2002) Genome Res. 12(12):1953-1942. |
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