可用于DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性內(nèi)切酶 |
|
|
|
當(dāng)DNA識別序列中的堿基被甲基化時,一些限制性內(nèi)切酶因甲基化堿基的類型和位置無法切斷DNA。
將這些甲基化敏感限制性內(nèi)切酶與基因工程方法(如PCR或qPCR)相結(jié)合,可以更容易地進行哺乳動物基因組的DNA甲基化分析,這是表觀遺傳分析的方法之一。
下表描述了可用于哺乳動物基因組DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性內(nèi)切酶,即受CpG methylase(5mCG)甲基化影響而不能進行DNA切斷的限制性內(nèi)切酶。 |
|
■ 受CpG methylase(5mCG)甲基化影響的限制性內(nèi)切酶 |
■ 因序列條件受CpG methylase(5mCG)甲基化影響的限制性內(nèi)切酶 |
|
此外,大腸桿菌來源的甲基化影響描述如下: |
◆ 受dam methylase甲基化影響的限制性內(nèi)切酶(G6mATC) |
◆ 受dcm methylase甲基化影響的限制性內(nèi)切酶(C5mCWGG) |
|
受CpG methylase影響的限制性內(nèi)切酶 |
|
限制酶 |
識別位點 |
無法切斷的序列*2 |
CpG |
dam |
dcm |
無法切斷的序列*2 |
Aat II |
GACGT/C
|
GA5mCGTC
GACGT5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Acc I |
GT/MKAC
|
GT5mCGAC
GTMKA5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Acc II |
CG/CG
|
5mCG5mCG
5mCGCG
|
■ |
|
|
|
Afa I |
GT/AC
|
GTA5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Aor13H I |
T/CCGGA
|
TC5mCGGA
|
■ |
|
|
|
Aor51H I |
AGC/GCT
|
AG5mCGCT |
■ |
|
|
|
Apa I |
GGGCC/C
|
GGGCC5mC(G)
|
■ |
|
◆
|
GGGCC5mC(WGG)
|
ApaL I |
G/TGCAC
|
GTGCA5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Bal I |
GCCN4/NGGC
|
GCCN5GG5mC(G) |
■ |
|
◆
|
GGNC5mC(WGG) |
BspT104 I |
TT/CGAA
|
TT5mCGAA
|
■ |
|
|
|
BssH II |
G/CGCGC
|
G5mCG5mCGC
G5mCGCGC
|
■ |
|
|
|
Cfr10 I |
R/CCGGY
|
RC5mCGGY
|
■ |
|
|
|
Cla I |
AT/CGAT
|
AT5mCGAT
|
■ |
◆ |
|
(G)6mATCGAT
ATCG6mAT(C)
|
Cpo I |
CG/GWCCG
|
5mCGGWC5mCG
|
■ |
|
|
|
Eae I |
Y/GGCCR
|
YGGC5mCG
|
■ |
|
◆
|
YGGC5mCA(GG)
|
Eco52 I |
C/GGCCG
|
5mCGGC5mCG
5mCGGCCG
CGGC5mCG
|
■ |
|
|
|
|
|
限制酶 |
識別位點 |
無法切斷的序列*2 |
CpG |
dam |
dcm |
無法切斷的序列*2 |
Hae II |
RGCGC/Y
|
RG5mCGCY
|
■ |
|
|
|
Hap II |
C/CGG
|
C5mCGG
|
■ |
|
|
|
Hha I |
GCG/C
|
G5mCGC
GCG5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Mlu I |
A/CGCGT
|
A5mCG5mCGT
|
■ |
|
|
|
Nae I |
GCC/GGC
|
GC5mCGGC
GCCGG5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Nhe I |
G/CTAGC
|
GCTAG5mC(G)
|
■ |
|
|
NT
|
Not I |
GC/GGCCGC
|
G5mCGGC5mCGC
|
■ |
|
|
|
Nru I |
TCG/CGA
|
T5mCG5mCGA
T5mCGCGA
|
■ |
◆ |
|
TCGCG6mA(TC)
|
PmaC I |
CAC/GTG
|
CA5mCGTG
|
■ |
|
|
|
Psp1406 I |
AA/CGTT
|
AA5mCGTT
|
■ |
|
|
|
Pvu I |
CGAT/CG
|
5mCGAT5mCG
|
■ |
|
|
|
Sac II |
CCGC/GG
|
C5mCG5mCGG
C5mCGCGG
|
■ |
|
|
|
Sal I |
G/TCGAC
|
GT5mCGAC
|
■ |
|
|
|
Sau3A I |
GATC
|
GAT5mC(G)
|
■ |
|
|
|
Sma I |
CCC/GGG
|
CC5mCGGG
|
■ |
|
|
|
SnaB I |
TAC/GTA
|
TA5mCGTA
|
■ |
|
|
|
VpaK11B I |
G/GWCC
|
GGWC5mC(G)
|
■ |
|
◆
|
GGWC5mC(WGG)
|
|
|
*1 Msp I是Hap II的同裂酶,不受CpG甲基化酶的影響。
*2()中的序列表示限制性內(nèi)切酶識別序列以外的序列。 |
|
M:A or C
N:A or C or G or T
R:A or G
Y:C or T
W:A or T
S:C or G
H:A or C or T
D:A or G or T
K:G or T
|
|
|
|
|