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高靈敏度的單細(xì)胞全長mRNA分析
SMART-Seq Single Cell Kit |
· 簡便的工作流程-可以FACS或其他方法分選的單細(xì)胞起始
· 靈敏度高、一致性好-非常適用于單細(xì)胞(尤其是RNA含量非常低的細(xì)胞和細(xì)胞核)RNA-Seq的研究,可檢測更多基因
· 可靠的全長cDNA制備Kit-優(yōu)于許多現(xiàn)有的單細(xì)胞全長cDNA合成方法,例如SMART-Seq2
· 高度靈活的工作流程-可與自動化設(shè)備兼容 |
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SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc)是一個具有高靈敏度和可再現(xiàn)的cDNA制備試劑盒,適用于單細(xì)胞和細(xì)胞核的RNA-Seq分析。該試劑盒可以從已知具有低RNA含量的單個細(xì)胞(例如,PBMC)直接生成高質(zhì)量的全長cDNA。該試劑盒基于SMART-Seq技術(shù)進(jìn)行優(yōu)化改良,具有更高的靈敏度和再現(xiàn)性。遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過許多現(xiàn)有的單細(xì)胞全長cDNA合成方法,例如SMART-Seq2和Takara Bio現(xiàn)有試劑盒(SMART-Seq V4)。
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圖1. 與Smart-seq2法的比較
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以淋巴母細(xì)胞系GM12878單細(xì)胞為樣本制備文庫,分別采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc,18個重復(fù))和Smart-seq2法(Smart-seq2,20個重復(fù))合成cDNA(均進(jìn)行19個PCR循環(huán)擴(kuò)增),然后制備RNA-Seq文庫并進(jìn)行測序分析(所有樣本都均一化至1.75M paired-end reads)。
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Panel A cDNA的制備方法不同,結(jié)果也不同。相比而言,Smart-seq2結(jié)果中比對到線粒體基因組的比率較高,而檢測到基因鑒別的reads數(shù)相對較少。 |
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Panel B SMART-Seq Single Cell Kit能檢測到比Smart-seq2更多的基因。 |
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圖2. 與SMART-Seq v4的比較
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Panel A 以淋巴母細(xì)胞系GM22601單細(xì)胞為樣本制備文庫,分別采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc)和SMART-Seq v4(SSv4)合成cDNA(均用19個PCR循環(huán)擴(kuò)增)。所有樣本都均一化至1.25M paired-end reads。使用SSsc建庫,能獲得更高的文庫產(chǎn)量。 |
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Panel B 從一位健康供體收集到約50個PMBC單細(xì)胞,分別采用SSv4 和 SSsc制備cDNA,然后制備RNA-Seq文庫并進(jìn)行測序分析。不論測序深度如何,SMART-Seq Single Cell Kit檢測的基因數(shù)均是SMART-Seq v4的1.6倍以上。 |
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