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| PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 |
· 單細(xì)胞（或＜15 pg DNA）起始，可獲得可重復(fù)的結(jié)果
· 卓越的等位基因再現(xiàn)性
· 易于使用和自動(dòng)化
· 應(yīng)用廣泛，可以用于微陣列，PCR等
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PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以從單細(xì)胞擴(kuò)增DNA，獲得高度可重復(fù)的文庫(kù)。細(xì)胞裂解和預(yù)擴(kuò)增后，進(jìn)行低背景的PCR擴(kuò)增，并在3小時(shí)內(nèi)獲得微克級(jí)產(chǎn)物。
除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進(jìn)行高度可重復(fù)的拷貝數(shù)變異（CNV）分析外，該試劑盒通過(guò)使用高保真酶，盡可能減少擴(kuò)增誤差，并能檢測(cè)單核苷酸變異（SNV）。 |
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| 圖1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技術(shù) |
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| 表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進(jìn)行高質(zhì)量單核苷酸變異（SNV）檢測(cè) |
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以單細(xì)胞 (1cell) 和5個(gè)細(xì)胞 (5 cells) 的GM12878細(xì)胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份)，分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒，以及bulk gDNA對(duì)照制備全基因組擴(kuò)增產(chǎn)物，進(jìn)行SNV檢測(cè)的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴(kuò)增產(chǎn)物，但只有5 cells樣本中一個(gè)包含足夠的擴(kuò)增子進(jìn)行測(cè)序，而其他樣本無(wú)可用數(shù)據(jù)進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數(shù)據(jù)庫(kù)的交叉分析，預(yù)計(jì)GM12879細(xì)胞系總共存在78個(gè)SNVs。由于擴(kuò)增子的設(shè)計(jì)，2×75 bp的讀取長(zhǎng)度很短，78個(gè)SNVs中的4個(gè)未能檢測(cè)到。因此，檢測(cè)的SNV總數(shù)減少到74個(gè)。使用VarDict軟件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20％為基準(zhǔn)從BAM文件分析SNV。與其他兩個(gè)公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。
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（數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc.）
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| 圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測(cè) |
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以來(lái)自不同細(xì)胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細(xì)胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴(kuò)增基因組。之后取1ng的擴(kuò)增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫(kù)，并在Illumina MiSeq（PE 75）進(jìn)行測(cè)序。對(duì)Fastq文件去除接頭序列信息后，與human genome assembly GRCh37進(jìn)行比對(duì)。只分析常染色體。對(duì)于這兩個(gè)panels，校準(zhǔn)歸一化至100萬(wàn)reads，使用bedtools 2.25.0計(jì)算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進(jìn)行染色體異倍性分析。
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| 圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高 |
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以GM12878的單細(xì)胞樣本起始（一式兩份），分別使用PicoPLEX WGA v3，A公司試劑盒和B公司試劑盒擴(kuò)增基因組。之后取1ng的擴(kuò)增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫(kù)，并在MiSeq（PE 75）進(jìn)行測(cè)序。然后與human genome assembly GRCh37進(jìn)行比對(duì)，歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0計(jì)算每個(gè)1 Mb的bin的reads數(shù)。對(duì)這兩個(gè)單細(xì)胞文庫(kù)的每個(gè)窗口的total read進(jìn)行繪制，計(jì)算Pearson和Spearman相關(guān)性并在每個(gè)圖中標(biāo)明。
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Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術(shù)存在不同的偏差，沒(méi)有排除相關(guān)點(diǎn)，所以圖表的比例不同。
Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。
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（數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc.）
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Technote： |
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