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產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

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單細(xì)胞鏈特異RNA-Seq分析SMART-Seq Stranded Kit
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量 價(jià)格（元） 說(shuō)明書(shū) 數(shù)量
Clontech 634442 SMART-Seq® Stranded Kit 12 Rxns ￥13,136
Clontech 634443 SMART-Seq® Stranded Kit 48 Rxns ￥43,617
Clontech 634444 SMART-Seq® Stranded Kit 96 Rxns ￥57,771
SMART-Seq® Stranded Kit
SMART-Seq® Stranded Kit：以單細(xì)胞起始，構(gòu)建高質(zhì)量的鏈特異性RNA-seq文庫(kù)
· 操作簡(jiǎn)便：以1–1,000個(gè)細(xì)胞 或10 pg-10 ng的總RNA起始，僅需7h即可完成文庫(kù)制備；
· 高靈敏度：可以單細(xì)胞起始，保留鏈特異性，最終獲得全長(zhǎng)總RNA序列信息；
· 高再現(xiàn)性：準(zhǔn)確檢測(cè)包含編碼和非編碼RNA在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組；
· 用途廣泛：適用于降解的樣本；
· 適用對(duì)象：人、小鼠、大鼠。
 
SMART-Seq® Stranded Kit能夠直接從1-1,000個(gè)完整細(xì)胞（或10 pg-10 ng總RNA）起始，制備鏈特異性Illumina測(cè)序文庫(kù)。本試劑采用隨機(jī)引物法可以制備完整的轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)，并適用于部分降解及低品質(zhì)的RNA。此外，本試劑采用專(zhuān)有的ZapR技術(shù)，在文庫(kù)制備過(guò)程中去除核糖體cDNA。
 
如果是以oligo-dT引物起始對(duì)微量高品質(zhì)的RNA進(jìn)行cDNA合成時(shí)，推薦使用 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing 或SMART-Seq HT Kit試劑盒。
 
圖1. SMART-Seq Stranded Kit的技術(shù)流程
 
圖2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制備文庫(kù)的結(jié)構(gòu)特征
 
接頭序列包含：通過(guò)PCR 1反應(yīng)添加的可以與Illumina流動(dòng)池結(jié)合生成簇的P7、P5序列（P7以淡藍(lán)色表示，P5以紅色表示），用于區(qū)分單個(gè)lane上多個(gè)樣本的Index序列（Index 1 [i 7] 序列連接在P7端，Index 2 [i 5]連接在P5端）。并且還包括識(shí)別測(cè)序引物區(qū)域的Read 2（紫色）和 Read 1（綠色）。通過(guò)Read 1起始得到的原始RNA的反義鏈序列，Read 2起始獲得的是原始RNA的正義鏈序列。其中，通過(guò)Read 2起始時(shí)，前3個(gè)堿基（XXX）是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在雙端測(cè)序時(shí)，需要在mapping前去掉這3個(gè)堿基。
 
表1.不同樣本起始量的分析結(jié)果
 
以人腦總RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制備RNA-Seq文庫(kù)。該表中所顯示的數(shù)據(jù)是三次重復(fù)的平均值，且重復(fù)之間相關(guān)性系數(shù)非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量為10 pg時(shí)，也具有非常高的重現(xiàn)性。
 
圖3. 在低起始量時(shí)，SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比較
 
Panel A.以人腦總RNA (50 pg-10 ng)起始，分別使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制備RNA-Seq文庫(kù)（均做三次重復(fù)）。從測(cè)序數(shù)據(jù)隨機(jī)抽取250萬(wàn)paired-end reads進(jìn)行生物學(xué)信息分析。
 
Panel B.比較這兩個(gè)試劑盒在總RNA以 50 pg起始制備文庫(kù)的轉(zhuǎn)錄表達(dá)水平 (見(jiàn)Panel A)， SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再現(xiàn)性高于Pico v2 (pearson =0.92)。
 
 
圖4. 不同起始量樣本的高重現(xiàn)性
 
利用FACS分離出A375細(xì)胞，分別以1-1,000個(gè)細(xì)胞起始使用SMART-Seq Stranded Kit制備測(cè)序文庫(kù)。其中，以5-1,000個(gè)細(xì)胞起始時(shí)，均做兩個(gè)重復(fù)；以單個(gè)細(xì)胞起始時(shí)，做12個(gè)重復(fù)。為了作比較，同時(shí)使用從兩種1,000個(gè)細(xì)胞中純化的總RNA制備文庫(kù)。
 
Panel A.：1-1,000個(gè)細(xì)胞起始的分析結(jié)果；
 
Panel B.：通過(guò)聚類(lèi)熱圖展示了Panel A.中所示的所有樣本的Euclidea距離，以及Pearson相關(guān)系數(shù)（范圍為0.85至0.99）。其中單細(xì)胞樣本標(biāo)記為Cell1-Cell12，其他樣本分別標(biāo)記為a-b。
 
Technote：
 
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頁(yè)面更新：2024-02-01 08:21:07

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