· 升級的SMART技術(shù)—帶有LNA修飾的SMART-Seq v4 oligo 加升級的配方帶來更好的性能
(靈敏度高,更好重復(fù)性,更多的GC-rich基因)
· 末端捕獲流程—大部分reads集中于3’端,同時(shí)維持出色的靈敏度,縮減了差異表達(dá)分析需要
的reads數(shù)
· 高達(dá)12個(gè)樣品pool—內(nèi)嵌的indexes作為細(xì)胞barcode,可以實(shí)現(xiàn)在每個(gè)測序lane中高達(dá)12個(gè)樣品
的pool,進(jìn)一步縮短時(shí)間,降低成本
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究對于研究細(xì)胞群內(nèi)不同單細(xì)胞表達(dá)情況非常重要。Takara Clontech 研發(fā)了單細(xì)胞mRNA轉(zhuǎn)錄本末端捕獲技術(shù),該技術(shù)側(cè)重于3’端的末端捕獲,使您可以用更少的測序reads獲得高品質(zhì)測序數(shù)據(jù)。本試劑同樣采用了領(lǐng)先的SMART-Seq v4 技術(shù),結(jié)合了SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) 技術(shù)和LNA (Locked Nucleic Acid) 技術(shù)。
本試劑除了側(cè)重于mRNA轉(zhuǎn)錄本3’端外,還包含了內(nèi)嵌的indexes作為Read2的細(xì)胞barcode,可以實(shí)現(xiàn)在每個(gè)測序lane中高達(dá)12個(gè)樣品的pool,進(jìn)一步縮減了時(shí)間和研究成本。本試劑可以1–10.5 μl體系起始,依賴于Illumina Nextera® XT DNA Library Preparation Kit。本試劑設(shè)計(jì)并經(jīng)驗(yàn)證可以用于以下測序平臺的cDNA文庫和測序文庫制備:HiSeq®,NextSeq®,MiSeq®和MiniSeq®。 |
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圖1. 末端捕獲方法簡介 |
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表1. K562單細(xì)胞pool文庫主要測序數(shù)據(jù) |
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圖2. 從K562單細(xì)胞中檢測到的基因數(shù) |
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