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產品選擇指南

技術服務信息

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SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian)
品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格（元） 說明書 數(shù)量
Clontech 634354 SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) 24 Rxns ￥18,658
Clontech 634355 SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) 96 Rxns ￥52,243
Clontech 634356 SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) 4 × 96 Rxns ￥189,454
Clontech 634756 Unique Dual Index Kit (1–24) 24 Rxns ￥2,737
Clontech 634752 Unique Dual Index Kit (1–96) 96 Rxns ￥7,370
Clontech 634753 Unique Dual Index Kit (97–192) 96 Rxns ￥7,370
Clontech 634754 Unique Dual Index Kit (193–288) 96 Rxns ￥7,370
Clontech 634755 Unique Dual Index Kit (289–384) 96 Rxns ￥7,370
帶UMI的微量樣本的鏈特異RNA-Seq分析
SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian)
· 高靈敏度：可以人、大鼠或小鼠來源的250 pg-10 ng的總RNA或10-1000個細胞起始
· 添加UMI：準確識別真正變異和罕見突變，并校正來自PCR和測序錯誤以及重復序列
· 用途廣泛：能分析質量較差的FFPE、LCM以及cfRNA來源的樣本，生成高再現(xiàn)性的數(shù)據(jù)
· 操作簡便：僅需要6.5小時即可完成文庫構建，改良buffer配方，縮短文庫純化時間
 
注：SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian) 是SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian的替代品，性能提升，如下所示：
 
i：提升ZapR技術去除rRNA cDNA效率，以更好地剔除不需要的reads信息
ii：試劑盒中不再包含index，但可以與Unique Dual Index (UDI) kits（24 Rxns，96 Rxns）靈活地搭配使用
 
■ 產品說明
SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian) 設計用于從皮克級總RNA (250 pg-10 ng) 中高效制備Illumina測序文庫。本試劑盒適用于高品質、部分降解及低品質RNA（如來自于FFPE或LCM樣品）。本試劑盒采用一體化操作流程，保留了鏈來源信息，在反轉錄和PCR擴增過程中就可以添加indexes和接頭。本試劑盒設計在反轉錄步驟增加8 nt UMI（Unique molecular identifier)，以降低PCR偏倚，并為轉錄本定量提供額外的信息，特別是對于真正的變異和罕見的突變。
該試劑盒結合了SMART(Switching Mechanism at the 5' end of RNA Template)技術，包括對鏈特異性RNA-Seq的SMART方法進行改良，簡化了文庫制備流程并提升了測序性能。該方法可用于高質量或低質量的總RNA，不需要前處理rRNA，并且生成的是保留鏈來源信息的測序文庫。整合了去除核糖體RNA來源的cDNA（以total RNA起始生成的cDNA中呈高豐度）流程，使得操作流程非常靈敏，生成的數(shù)據(jù)再現(xiàn)性高，rRNA比對率低。
全部操作流程，包括文庫準備和純化，只需要大約6.5 h。
 
不同樣品起始量解決方案
·10-100 ng總RNA，推薦使用SMART-Seq Total RNA Mid Input
·100 ng-1 μg總RNA，推薦使用SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
 
■ 流程概要
 
■ 性能數(shù)據(jù)
☆ 小鼠腦總RNA-seq文庫的轉錄組分析
選擇250 pg的小鼠腦RNA樣本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理（+）和未處理（-），然后通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。最后使用CogentAP 對3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。
Panel A的柱狀圖和Panel C的表格數(shù)據(jù)展示了文庫的reads分布，Panel B的柱狀圖和Panel C展示了文庫基因檢測數(shù)等數(shù)據(jù)
 
☆ 原代B細胞來源的Total RNA轉錄組分析
選擇10 ng的人原代B細胞來源的Total RNA樣本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理（+）和未處理（-），然后通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。最后使用CogentAP 對3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。
Panel A的柱狀圖和Panel B的表格數(shù)據(jù)分別展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit處理（+）和未處理（-）的文庫基因檢測數(shù)和轉錄本檢測數(shù)
 
☆ 降解FFPE樣本起始，可有效去除rRNA來源cDNA，獲得可靠的結果
使用本試劑盒制備10 ng FFPE RNA文庫 (RIN=3, DV200=77%)。使用CogentAP進行數(shù)據(jù)分析，使用3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。
Panel A的柱狀圖和Panel B的表格數(shù)據(jù)，展示了文庫的reads分布和基因組檢測數(shù)
 
☆ 提升ZapR技術去除rRNA cDNA 效率
選擇250 pg的人腦RNA樣本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理（+）和未處理（-），然后通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。同時，使用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian對250 pg的人腦RNA樣本制備文庫。最后使用CogentAP 對3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。
與SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian制備的文庫相比，SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian)制備的文庫，rRNA相關reads百分比降低，外顯子reads百分比增加。
 
 
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頁面更新：2024-07-05 15:43:13