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SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit—捕獲BCR轉(zhuǎn)錄本完整V(D)J 可變區(qū) |
· 起始樣品量:10 ng-3 μg來自于脾臟、淋巴結(jié)、PBMCs 及雜交瘤的總RNA
· cDNA文庫構(gòu)建經(jīng)過優(yōu)化可以靈敏、特異地檢測克隆型
· 在大多數(shù)情況下,可以準確擴增并通過測序鑒別小鼠IgG亞類
· 經(jīng)過優(yōu)化的PCR pooling策略,可以高靈敏度地從同一樣品中檢測不同鏈
· 靈活的pooling策略適用于不同的實驗需求,以比對、識別原始鏈序列
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B 細胞是適應(yīng)性免疫應(yīng)答的重要組成部分,其表面表達B細胞受體(BCR),可以識別病原體中的特定分子模式。了解BCRs圖譜(也就是由特定H,K,L基因片段構(gòu)成的受體和克隆型多樣性)不僅有助于深入了解健康個體中的適應(yīng)性免疫應(yīng)答,也有助于了解多種疾病的適應(yīng)性免疫應(yīng)答。準確確定免疫系統(tǒng)表達的克隆型和同種型有助于全面了解B細胞群體。
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新推出的SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit基于5’RACE和NGS技術(shù),提供了一種靈敏,準確,優(yōu)化的BCR庫分析方法。雖然采用多重PCR可以在一個反應(yīng)中對多個BCR基因進行擴增,但也被證明在對特定序列進行擴增時存在靈敏度,特異性和偏差的問題,這些都可能帶來同種型的鑒別困難。而5’RACE方法減少了變異性并且可以從BCR重鏈或輕鏈的恒定區(qū)引發(fā)擴增。試劑盒將這些優(yōu)點與基因特異性擴增相結(jié)合可以捕獲BCR完整V(D)J可變區(qū),提供了一種高靈敏度、可重復的B細胞庫分析方法。在大部分情況下,通過H/K/L鏈的下游測序分析可以準確鑒別克隆型,可靠確定同種型。
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圖1. BCR重排過程。
祖細胞發(fā)育過程中胚系基因片段經(jīng)過V,D,J重排形成兩條相同的重鏈。V,J片段重排形成兩條相同的輕鏈。V,D,J片段連接處的核苷酸隨機插入或缺失增加了額外的多樣性。B細胞經(jīng)過免疫應(yīng)答刺激后通過體細胞高頻突變(SHM)進一步引入更多的點突變。
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圖2. SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit技術(shù)流程。
PanelA dT-引物起始合成一鏈cDNA,經(jīng)過兩輪PCR擴增合成cDNA文庫。PCR產(chǎn)物經(jīng)純化,片段篩選和質(zhì)量檢測后用于測序分析。
PanelB對于每個樣品,在樣品中所有mRNA 進行RT反應(yīng)后,使用者可以通過兩輪基因特異性巢式PCR特定擴增IgG 的1-3條鏈。
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圖3. PCR擴增及pooling流程。
對于每一個樣品,在所有mRNA進行RT后,使用者可以特定擴增IgG的1-3條鏈。每個擴增反應(yīng)需要5μl RT產(chǎn)物。第一輪PCR后,各取1μl PCR反應(yīng)產(chǎn)物用于獨立PCR反應(yīng),分別擴增每條鏈,同一樣品添加相同的indexes,不同的樣品添加不同的indexes。經(jīng)過PCR 2最終擴增后,使用者可以通過Bioanalyzer 或Fragment Analyzer分析每個反應(yīng)產(chǎn)物,可以以此選擇哪條擴增鏈進行混合測序。
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圖4. 準確擴增所有5種IgG亞類。
以來自于不同IgG亞型的自有雜交瘤(10E8)和兩個ATCC雜交瘤樣品(HB-8117和TIB-127)的10 ng RNA起始,采用SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit構(gòu)建包含BCR重鏈和輕鏈(kappa)的文庫。Panel A Bioanalyzer結(jié)果顯示了每個雜交瘤重鏈和輕鏈的基因特異性擴增結(jié)果。在每個樣品中都觀察到了700-900 bp的預期峰值。電泳圖中明顯的峰表明在這些雜交瘤中表達kappa鏈。相反,lambda鏈測序庫相對較寬并且大小低于預期。每個樣品中標注為“LM”和“UM”的峰為DNA reference marker。Panel B 采用MiXCR軟件(version 1.8)確定比對指標,與所有IG序列進行了比對分析。MiXCR軟件對前2個克隆的分析結(jié)果顯示了V,D,J等位基因及通過軟件分析確定的同種型和亞類。 |
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Technote:
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