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TCR NGS文庫(kù)構(gòu)建試劑盒SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
品牌	Code No.	產(chǎn)品名稱	包裝量	價(jià)格（元）	說(shuō)明書	數(shù)量
Clontech	634478	SMARTer^® Human TCR a/b Profiling Kit v2	12 Rxns	￥24,557
Clontech	634479	SMARTer^® Human TCR a/b Profiling Kit v2	48 Rxns	￥53,723

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無(wú)標(biāo)題文檔

· 適合不同起始量樣本：支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴細(xì)胞來(lái)源或 1 ng-100 ng T細(xì)胞來(lái)源 total RNA)，或者純化后完整的T細(xì)胞（1,000-10,000個(gè)）起始；
· 無(wú)需多對(duì)引物：每次反應(yīng)僅需一對(duì)引物擴(kuò)增相應(yīng)的TCR亞基；
· 更靈敏特異的克隆型分析：優(yōu)化的cDNA文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)，確?？寺⌒偷目煽糠治觯?br /> · 添加UMI校正：引入U(xiǎn)MI建庫(kù)，校正PCR偏差及測(cè)序錯(cuò)誤產(chǎn)生的reads；
· 更可靠的樣本-數(shù)據(jù)拆析結(jié)果：整合UDI建庫(kù)，在高通量型Illumina測(cè)序儀上有更好的樣本拆析與測(cè)序可靠性；
· 更靈活的測(cè)序平臺(tái)選擇：可自由選擇Miseq平臺(tái)（分析V(D)J 全長(zhǎng)信息），或是其它Illumina平臺(tái)（分析CDR3區(qū)），支持最多192個(gè)樣本同時(shí)測(cè)序；

■ 產(chǎn)品說(shuō)明

T細(xì)胞是獲得性免疫反應(yīng)的重要組成部分，其表面受體蛋白（T cell receptors, TCRs）發(fā)揮著識(shí)別抗原分子的作用。NGS是解析TCR多樣性的主流技術(shù)，對(duì)揭示個(gè)體獲得性免疫反應(yīng)的奧秘提供了寶貴的技術(shù)支撐。

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)是一款具有更高重復(fù)性和特異性的TCR NGS文庫(kù)構(gòu)建試劑盒。該試劑盒整合SMART（Switching Mechanism at 5' end of RNA Template）全長(zhǎng)cDNA合成技術(shù)與5’RACE技術(shù)，可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區(qū)，用于后續(xù)NGS分析。

TCRv2試劑盒支持不同input量的RNA（RIN≥8，取決于樣本類型）或細(xì)胞起始，均可獲得高品質(zhì)的測(cè)序文庫(kù)，如外周血淋巴細(xì)胞total RNA(10 ng-1 μg)、T細(xì)胞total RNA(1 ng-100 ng)，或純化后完整的T細(xì)胞(1,000-10,000個(gè))。文庫(kù)中可同時(shí)包含α鏈和β鏈的多樣性信息。

同時(shí)，TCRv2試劑盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及測(cè)序錯(cuò)誤所產(chǎn)生的reads，提供更正確和可靠的結(jié)果。

相較于前代產(chǎn)品，TCRv2所建文庫(kù)支持更多樣的測(cè)序平臺(tái)。既支持Miseq平臺(tái)（分析V(D)J全長(zhǎng)信息），也支持其它Illumina平臺(tái)（分析CDR3區(qū)）。此外，TCRv2試劑盒還整合了UDI（Unique Dual Index），能更正確拆析采用圖案化流動(dòng)槽技術(shù)（Patterned flow cell）測(cè)序平臺(tái)（如NovaSeq^™ system）的下機(jī)數(shù)據(jù)，同時(shí)也支持更多樣本同時(shí)測(cè)序。

■ 建庫(kù)原理

■ 不同起始量克隆型檢測(cè)數(shù)據(jù)

圖1 不同的RNA或者T細(xì)胞起始量，均能獲得高靈敏性和重復(fù)性的克隆型檢測(cè)數(shù)據(jù)

Takara科學(xué)家以1、10、100 ng 人CD3+ T細(xì)胞total RNA和1,000、10,000個(gè)CD3+T細(xì)胞制備TRA和TRB文庫(kù)，測(cè)序reads用Cogent NGS Immune Profiler軟件分析。結(jié)果顯示，無(wú)論采用RNA還是以復(fù)雜度較高的T細(xì)胞直接起始，TCRv2試劑盒所建文庫(kù)均能獲得良好的克隆型檢測(cè)數(shù)據(jù)。

■ 靈敏度測(cè)試數(shù)據(jù)

圖2 Takara科學(xué)家向100 ng PBMC RNA樣本中摻入不同濃度（10%，1%，0.1%，0.01%，0.001%和0.0001%）的Jurkat T細(xì)胞RNA（包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型）。采用TCRv2試劑盒擴(kuò)增TRB CDR3區(qū)域并制備文庫(kù)、NextSeq系統(tǒng)測(cè)序。測(cè)序reads downsample至 2.5M reads?；疑珮?biāo)記的是所混入的Jurkat RNA檢出下限，結(jié)果顯示，在未通過(guò)UMI數(shù)據(jù)校正時(shí)，TRBV12-3的檢測(cè)極限為0.01%，但是在UMI數(shù)據(jù)校正的情況下，檢測(cè)極限下探至0.001%！

■ 同類產(chǎn)品比較實(shí)驗(yàn)

圖3 為了比較不同TCR分析方法（DNA based VS RNA based）的性能差異，Takara科學(xué)家分別以TCRv2（RNA based, 5’RACE）、Company X（RNA based，接頭連接法）、Company Y(DNA based, 多重PCR)作為文庫(kù)構(gòu)建方案。接著分離了500萬(wàn)個(gè)PBMC細(xì)胞作為gDNA和RNA的提取材料，并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制備文庫(kù)，分析TCR a/b文庫(kù)的克隆型數(shù)量。從結(jié)果中可以看出，TCRv2文庫(kù)獲得TRA和TRB基因平均4.87萬(wàn)和16.3萬(wàn)個(gè)克隆型檢測(cè)數(shù)據(jù)，遠(yuǎn)高于Company X RNA方法及Company Y DNA方法所獲得克隆型數(shù)量！

*NT Not Tested

數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc.

SMART Human TCR-Seq v2：
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頁(yè)面更新：2024-01-31 13:53:04

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