| 人TCR分析SMART-Seq Human TCR (with UMIs) | ||||||
| 品牌 | Code No. | 產(chǎn)品名稱 | 包裝量 | 價格（元） | 說明書 | 數(shù)量 |
| Clontech | 634780 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 24 Rxns | ￥19,351 |
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| Clontech | 634781 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 96 Rxns | ￥63,718 |
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| Clontech | 634779 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 4 x 96 Rxns | ￥239,105 |
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| SMART-Seq Human TCR (with UMIs) |
| · 適合不同起始量的樣本—支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴細(xì)胞來源，或者20 ng -200 ng 全血來源，或者1 ng-100 ng T細(xì)胞來源的total RNA)，或者純化后完整的T細(xì)胞（1,000-10,000個）起始 · 無需多對引物—每次反應(yīng)僅需一對引物擴(kuò)增相應(yīng)的TCR亞基 · 添加UMI校正偏差—引入UMI建庫，校正PCR偏差及測序錯誤產(chǎn)生的reads · 更靈敏特異的克隆型分析—優(yōu)化的cDNA文庫構(gòu)建技術(shù)，確?？寺⌒偷目煽糠治?br /> · 更可靠的樣本-數(shù)據(jù)拆析結(jié)果—搭配使用UDI index建庫，在高通量型Illumina測序儀上有更好的樣本拆析與測序可靠性 · 更靈活的測序平臺選擇—可自由選擇Miseq平臺（分析V(D)J 全長信息），或是其它Illumina平臺（分析CDR3區(qū)），支持最多384個樣本同時測序 |
| ■ 產(chǎn)品說明 |
| SMART-Seq Human TCR (with UMIs)是一款具有更高重復(fù)性和特異性的TCR NGS文庫構(gòu)建試劑盒。該試劑盒整合SMART（Switching Mechanism at 5' end of RNA Template）全長cDNA合成技術(shù)與5’RACE技術(shù)，可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區(qū)，用于后續(xù)NGS分析。 該試劑盒支持使用不同input量的RNA（RIN≥8，取決于樣本類型）或細(xì)胞起始，均可獲得高品質(zhì)的測序文庫，如外周血淋巴細(xì)胞total RNA(10 ng-1 μg)、全血total RNA(20 ng -200 ng)以及T細(xì)胞total RNA(1 ng-100 ng)，或純化后完整的T細(xì)胞(1,000-10,000個)。文庫中可同時包含α鏈和β鏈的多樣性信息。 同時，該試劑盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及測序錯誤所產(chǎn)生的reads，提供更正確和可靠的結(jié)果。 搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），能更正確拆析采用圖案化流動槽技術(shù)（Patterned flow cell）測序平臺（如NovaSeqTM system）的下機(jī)數(shù)據(jù)，最多可支持384個樣本同時測序。 |
| ■ 建庫原理 |
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| ■ 不同起始量克隆型檢測數(shù)據(jù) |
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| 圖1 不同的RNA或者T細(xì)胞起始量，均能獲得高靈敏度和重復(fù)性的克隆型檢測數(shù)據(jù) |
| Takara科學(xué)家以1、10、100 ng 人CD3+ T細(xì)胞total RNA和1,000、10,000個CD3+T細(xì)胞制備TRA和TRB文庫，測序reads用Cogent NGS Immune Profiler軟件分析。結(jié)果顯示，無論采用RNA還是以復(fù)雜度較高的T細(xì)胞直接起始，該試劑盒所建文庫均能獲得良好的克隆型檢測數(shù)據(jù)。 |
| ■ 靈敏度測試數(shù)據(jù) |
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| 圖2 Takara科學(xué)家向100 ng PBMC RNA樣本中摻入不同濃度（10%，1%，0.1%，0.01%，0.001%和0.0001%）的Jurkat T細(xì)胞RNA（包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型）。采用該試劑盒擴(kuò)增TRB CDR3區(qū)域并制備文庫、NextSeq系統(tǒng)測序。測序reads downsample至 2.5M reads?；疑珮?biāo)記的是所混入的Jurkat RNA檢出下限，結(jié)果顯示，在未通過UMI數(shù)據(jù)校正時，TRBV12-3的檢測極限為0.01%，但是在UMI數(shù)據(jù)校正的情況下，檢測極限下探至0.001%！ |
| ■ 同類產(chǎn)品比較實驗 |
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| 圖3 為了比較不同TCR分析方法（DNA based VS RNA based）的性能差異，Takara科學(xué)家分別以SMART-Seq Human TCR (with UMIs)（RNA based, 5’RACE）、Company Q（RNA based，接頭連接法）、Company A (DNA based, 多重PCR)作為文庫構(gòu)建方案。接著分離了500萬個PBMC細(xì)胞作為gDNA和RNA的提取材料，并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制備文庫，分析TCR a/b文庫的克隆型數(shù)量。從結(jié)果中可以看出，SMART-Seq Human TCR (with UMIs)文庫獲得TRA和TRB基因平均4.87萬和16.3萬個克隆型檢測數(shù)據(jù)，遠(yuǎn)高于Company Q RNA方法及Company A DNA方法所獲得克隆型數(shù)量！(*NT：Not Tested) |
| 數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc. |
| 關(guān)聯(lián)產(chǎn)品：Unique Dual Index Kit |
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頁面更新：2024-01-17 15:47:05
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