| 小鼠TCR分析SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs) | ||||||
| 品牌 | Code No. | 產(chǎn)品名稱 | 包裝量 | 價格（元） | 說明書 | 數(shù)量 |
| Clontech | 634815 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 24 Rxns | ￥19,351 |
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| Clontech | 634816 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 96 Rxns | ￥63,718 |
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| Clontech | 634814 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 4x96 Rxns | ￥239,105 |
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| SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs) |
| · 適合不同起始量的樣本：支持1 ng-1 μg小鼠脾臟或T細胞來源的total RNA，或者10 ng -1 μg 小鼠全血、骨髓或者胸腺來源的total RNA，或者純化后完整的小鼠T細胞（100-10,000個）起始 · 無需多對引物：每次反應(yīng)僅需一對引物擴增相應(yīng)的TCR亞基 · 添加UMI校正偏差：引入UMI建庫，校正PCR偏差及測序錯誤產(chǎn)生的reads · 更可靠的樣本-數(shù)據(jù)拆析結(jié)果：搭配使用UDI index建庫，在高通量型Illumina測序儀上有更好的樣本拆析與測序可靠性 · 更靈活的測序選擇：可自由選擇分析V(D)J 全長信息，或是分析CDR3區(qū) |
| ■ 產(chǎn)品說明 |
| SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)是一款具有高靈敏度和低偏差的小鼠TCR NGS文庫構(gòu)建試劑盒。該試劑盒整合SMART（Switching Mechanism at 5' end of RNA Template）全長cDNA合成技術(shù)與5’RACE技術(shù)，可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區(qū)，用于后續(xù)NGS分析。 |
| 該試劑盒支持使用不同input量的RNA（RIN＞7）或細胞起始，均可獲得高品質(zhì)的測序文庫，如小鼠脾臟或T細胞來源 total RNA(1 ng-1 μg)，以及全血、骨髓、胸腺來源total RNA(10 ng -1 μg)，或純化后完整的T細胞(100-10,000個)。 |
| 文庫中可同時包含α鏈和β鏈的多樣性信息。 |
| 同時，該試劑盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及測序錯誤所產(chǎn)生的reads，提供更正確和可靠的結(jié)果。 |
| 搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），最多可支持384個樣本同時測序。 |
| ■ 建庫原理 |
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| ■ 不同起始量和不同樣本類型的克隆型檢測數(shù)據(jù) |
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| 圖1 評估試劑盒在不同樣本起始量和樣本類型中的性能表現(xiàn) |
| Panel A 分別對10，100，250，500和1,000 ng小鼠脾臟來源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制備了TRA (藍色) 和TRB (紫色) 文庫，然后在Illumina NextSeq測序（PE 150），測序reads downsampled至1.5×107。結(jié)果顯示，隨著起始量的增加，檢測到的克隆型數(shù)量也隨之增加。 Panel B 分別對四種不同樣品類型的小鼠RNA（200 ng RNA）使用SMART-Seq Mouse TCR制備文庫。然后在Illumina NextSeq測序（PE 150），測序reads downsampled至2.5×107。測序結(jié)果表明，TCR序列在這些樣品類型中都被靈敏地檢測到，這表明該試劑盒非常適合用于小鼠TCR的分析。 |
| ■ 再現(xiàn)性和準確度測試數(shù)據(jù) |
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| 圖2 使用UMIs校正PCR重復(fù)和測序錯誤 |
| Panel A. 對10 ng小鼠脾臟來源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制備TRA和TRB文庫。其中藍線和紫線分別是指經(jīng)過UMI修正誤差和和沒有經(jīng)過UMI修正誤差的數(shù)據(jù)。 Panel B. 為了評估SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)的再現(xiàn)性，使用該試劑盒分別對10 ng和100 ng小鼠脾RNA起始樣本構(gòu)建TCR文庫。然后在Illumina MiSeq測序。維恩圖顯示分別使用300 cycles和600 cycles測序時，兩者之間至少有87%的克隆型重疊，表明該試劑盒卓越的再現(xiàn)性。 |
| ■ 更靈活的測序選擇 |
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| 圖3 評估試劑盒的測序靈活性 |
| 為了評估該試劑盒是否支持全長V (D) J或CDR3序列，使用該試劑盒分別對10 ng和100 ng小鼠脾臟RNA起始樣本構(gòu)建TCR文庫。然后在Illumina MiSeq測序平臺使用300 cycles和600 cycles進行測序。測序read downsampled 至1×106。使用Takara Bio Cogent NGS Immune Profiler軟件處理數(shù)據(jù)。 |
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頁面更新：2024-03-12 09:09:46
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