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Takara真香推薦—簡(jiǎn)便好用的液態(tài)活檢解決方案之游離RNA篇

液態(tài)活檢適用于早期診斷以及指導(dǎo)用藥、療效與復(fù)發(fā)監(jiān)控，所檢測(cè)的特征物質(zhì)包括游離核酸（cfDNA/cfRNA）、循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）、細(xì)胞外囊泡（EV）等。
其中，各大檢測(cè)服務(wù)提供商、科研工作者對(duì)cfDNA、cfRNA的關(guān)注一直十分強(qiáng)烈。
cfDNA是液態(tài)活檢領(lǐng)域最廣泛檢測(cè)的對(duì)象，尤其是游離在體液中的循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）。外周血中的ctDNA包含了癌基因/抑癌基因的突變、微衛(wèi)星不穩(wěn)定、后生遺傳學(xué)變異等基因變異信息，現(xiàn)階段主要通過高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)分析這些信息并應(yīng)用于臨床。
隨著研究的不斷深入，科研人員發(fā)現(xiàn)單純的ctDNA檢測(cè)不能全面反映疾病在RNA水平的生物活性，無法明確突變對(duì)細(xì)胞進(jìn)程的影響。而RNA水平的檢測(cè)能明確癌癥在特定時(shí)間發(fā)生的變化，可定期監(jiān)控疾病的發(fā)展及對(duì)治療的反應(yīng)，并預(yù)測(cè)身患同一癌癥的不同個(gè)體將對(duì)不同療法有何反應(yīng)，因此受到廣泛關(guān)注。

因此，不少液態(tài)活檢工作者開始同時(shí)檢測(cè)cfDNA與cfRNA兩個(gè)水平的變化，聯(lián)合分析提供更全面的臨床數(shù)據(jù)。但是，在開發(fā)游離核酸項(xiàng)目時(shí)，研發(fā)人員常面臨多種挑戰(zhàn)：
(一）游離核酸在外周血中含量較低
(二）游離核酸穩(wěn)定性、完整性不足，存在一定降解
(三）建庫(kù)流程較長(zhǎng)，操作繁瑣，對(duì)實(shí)驗(yàn)員素質(zhì)有更高要求

針對(duì)以上難點(diǎn)，Takara分別推出了可用于cfRNA、cfDNA的NGS解決方案，先一起了解如何突破cfRNA項(xiàng)目研發(fā)瓶頸！

先來看看cfRNA的提取

■ 用操作簡(jiǎn)便的RNAiso Blood提取cfRNA，純度、產(chǎn)量都高！

好的RNA提取是做好一切RNA實(shí)驗(yàn)的基礎(chǔ)，游離RNA由于其自身的特點(diǎn)需要更好的技術(shù)才能獲得更高的純度與產(chǎn)量。
RNAiso Blood是一種從人或動(dòng)物的血液及含水量較高的植物中可簡(jiǎn)單、快速分離RNA的Total RNA提取試劑，全過程僅需1小時(shí)。提取的Total RNA純度高，很少含蛋白質(zhì)及基因組DNA，可以直接用于RT-PCR、Northern雜交、mRNA純化、體外翻譯等各種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。

● 實(shí)驗(yàn)流程

● 實(shí)驗(yàn)案例

使用本公司的RNAiso Blood、A公司試劑、B公司與C公司柱式法的產(chǎn)品提取人血液中的total RNA，并進(jìn)行凝膠電泳分析，相關(guān)結(jié)果如下：

泳道	產(chǎn)品	OD260/280	每100 μl血液RNA收量（μg）
1,2	RNAiso Blood	1.76	2.62
3,4	A公司試劑	1.84	2.99
5,6	B公司產(chǎn)品（柱式）	1.98	0.57
7,8	C公司產(chǎn)品（柱式）	1.51	0.11

*數(shù)據(jù)來源：Takara Bio Inc.

再來看看cfRNA的文庫(kù)構(gòu)建

■ Takara SMARTer技術(shù)，助您突破游離RNA（cfRNA）項(xiàng)目研發(fā)瓶頸

游離RNA（cfRNA），是科研人員及各大NGS廠商近期重點(diǎn)關(guān)注的對(duì)象，由于其能反映DNA標(biāo)志物的生物活性，對(duì)cfRNA的分析能提供更可靠的腫瘤、早產(chǎn)風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)，也有部分NGS廠商利用cfRNA進(jìn)行臨床宏轉(zhuǎn)錄組分析（mNGS）。cfRNA的文庫(kù)構(gòu)建是很關(guān)鍵又是非常困難的環(huán)節(jié)，選擇性能優(yōu)異的文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)至關(guān)重要！

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian，專為低質(zhì)量樣本設(shè)計(jì)的，無需進(jìn)行rRNA前處理操作，可直接以體液樣本中提取的total RNA起始，6小時(shí)內(nèi)即可制備具有鏈特異性的高質(zhì)量文庫(kù)。簡(jiǎn)便快捷的操作，卻帶來了編碼與非編碼RNA的準(zhǔn)確分析！

● 實(shí)驗(yàn)案例

近來，科研人員運(yùn)用Pico v2的前一代產(chǎn)品SMARTer Stranded Total RNA-seq - Pico Input Mammalian kit（Pico v1）對(duì)母體血液中胎兒cfRNA建庫(kù)、預(yù)測(cè)早產(chǎn)風(fēng)險(xiǎn)的研究成果發(fā)表于《Science》雜志，由其高達(dá)75-80%的準(zhǔn)確率，受到了廣泛關(guān)注。

而與Pico v1相比，Pico v2不僅文庫(kù)純化操作更方便，還大大提升了測(cè)序性能！不信您往下看。

上圖為以150 pg和1 ng cfRNA起始，分別采用Pico v1和Pico v2構(gòu)建文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序分析。使用Pico v2的mapping率更高，核糖體和線粒體檢出比例更低，基因檢測(cè)數(shù)量更多，能進(jìn)行更高靈敏度的分析。

溫馨提示：以上內(nèi)容，如果您感興趣，請(qǐng)聯(lián)系我們進(jìn)行詳細(xì)咨詢：
wangmin@takarabiomed.com.cn

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液態(tài)活檢解決方案之游離DNA篇

頁面更新：2020-11-26 16:14:36

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