· 靈敏性更高:基于RACE技術(shù)保證低豐度TCR變體的檢出
· 特異性更強:獲得全長reads,目的reads占比高,更正確的配對信息
· 5’端捕獲測序差異表達(dá)分析:通過比對5’末端信息,產(chǎn)生所有轉(zhuǎn)錄本差異表達(dá)數(shù)據(jù)
· 靈活、高通量的單細(xì)胞分析:單次實驗同時分析8個樣品,生成上千單細(xì)胞的測序數(shù)據(jù)
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■ 應(yīng)用領(lǐng)域 |
· 人單細(xì)胞TCR庫分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差異表達(dá)分析
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■ 產(chǎn)品說明 |
Takara Bio高通量TCR免疫組庫解決方案應(yīng)用SMART技術(shù)(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕獲由ICELL8 Single-Cell Sytem分選得到的上千“活的單細(xì)胞”的TCR轉(zhuǎn)錄本完整V(D)J可變區(qū)域。產(chǎn)生的文庫可同時提供α鏈和β鏈的多樣性信息。
實驗流程中,cDNA擴增階段整合了Illumina特異的接頭序列,產(chǎn)生的文庫帶有index接頭,可直接用于Illumina平臺測序。Takara Bio高通量TCR免疫組庫解決方案也可以同時支持5’末端差異表達(dá)分析。
在ICELL8單細(xì)胞分選系統(tǒng)中,與單個T細(xì)胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640178)上的還有陽性對照和陰性對照。每個TCR芯片含有5,184個納升級微孔,預(yù)制了1,728種Barcode,每個Barcode在芯片上被預(yù)制3次。使用CellSelect軟件鑒定出具有“活的單細(xì)胞”微孔后,SMART RT-PCR試劑將被分注到含“活單細(xì)胞”的微孔中,用于后續(xù)分析。連接了Barcode序列的cDNA繼續(xù)在微孔芯片上完成PCR擴增。接下來,從芯片中將連接好Barcode序列的擴增產(chǎn)物集中收集,并進行純化。純化后的cDNA作為第一輪TCR特異性PCR的模板,而第一輪TCR特異性PCR的產(chǎn)物作為第二輪TCR特異性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。 |
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■ 產(chǎn)品組分 |
完整的工作流程需要下列Takara Bio產(chǎn)品。請參考User Manual得到一份完整的試劑耗材清單: |
用于ICELL8 Single-Cell System |
· ICELL8 TCR Chip (Code No. 640178)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
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User Manual:ICELL8® Human TCR a/b Profiling User Manual |
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足夠1張芯片使用,若實驗中需要使用多張芯片,請購買合適的indexing primer set。640180適用于5張芯片的實驗,640181適用于10張芯片的實驗。 |
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圖1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技術(shù)原理流程圖 |
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圖2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling實驗流程圖 |
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■ 參考文獻 |
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020) |
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