| ■ 技術(shù)資料 |
| 隨著單細(xì)胞NGS技術(shù)的發(fā)展，對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行高通量平行處理愈發(fā)重要。ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System可以自動(dòng)化進(jìn)行單細(xì)胞分選、處理，能夠簡(jiǎn)化單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)制備流程，并支持應(yīng)用擴(kuò)展。通過(guò)ICELL8技術(shù)，ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System能夠?qū)ξ⒖仔酒屑?xì)胞熒光信號(hào)圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，并可以靈活地完成多次分注操作。此外，SMART-Seq技術(shù)已成功適用在ICELL8系統(tǒng)上，可以快速可靠且高通量地為各種下游NGS應(yīng)用提供cDNA合成。在ICELL8系統(tǒng)上能夠獲得與手動(dòng)建庫(kù)相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果，而可重復(fù)性與可擴(kuò)展性均有提高。ICELL8系統(tǒng)擁有經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的多種應(yīng)用，同時(shí)作為開(kāi)放性平臺(tái)，可以支持用戶開(kāi)發(fā)更多定制化應(yīng)用流程。 |
| · ICELL8 cx系統(tǒng)SMART-Seq Pro kit——全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組研究強(qiáng)化生物標(biāo)志物發(fā)掘 |
| 剪接變異（splice variants）或異構(gòu)體（isoforms）在理解人類(lèi)健康與疾病方面發(fā)揮著重要作用。研究指出，人類(lèi)基因組中幾乎所有的編碼蛋白質(zhì)基因都具有選擇性剪接，為蛋白質(zhì)多樣性提供了重要的來(lái)源（Pan et al. 2008; Wang et al. 2008）。許多癌癥相關(guān)基因受選擇性剪接的調(diào)控，腫瘤特異性的剪接變異作為生物標(biāo)志物有明確的診斷價(jià)值，在一些新療法中可能成為潛在的藥物靶點(diǎn)(Zhang et al. 2021)。 將基因型與表型進(jìn)行比對(duì)聯(lián)系是當(dāng)前生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的重要挑戰(zhàn)之一，通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析可以應(yīng)對(duì)該問(wèn)題(Hwang et al. 2018)。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序能夠?qū)币?jiàn)的生物學(xué)事件進(jìn)行挖掘，如基因融合、SNPs、選擇性剪接等信息。這些罕見(jiàn)的生物學(xué)事件是許多醫(yī)學(xué)研究新進(jìn)展中不可缺少的內(nèi)容。 閱讀本篇技術(shù)資料，帶您了解ICELL8 cx系統(tǒng)SMART-Seq Pro全長(zhǎng)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用如何通過(guò)扎實(shí)的性能助力生物標(biāo)志物發(fā)掘工作。 |
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| · ICELL8 cx全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組工作流程結(jié)合靶向富集獲得更好的融合基因檢測(cè)能力 |
| 表達(dá)水平不足的生物學(xué)事件有時(shí)很難被鑒定發(fā)現(xiàn)，但往往這些事件又是廣大研究人員最想發(fā)現(xiàn)的。在熱度頗高的腫瘤研究領(lǐng)域，關(guān)于稀有融合基因、轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的研究一直備受關(guān)注。有研究表明，這些低頻事件是與癌癥發(fā)生相關(guān)聯(lián)的（Yu et al. 2019，Mertens et al. 2015）。ICELL8 cx Single-Cell System是基于微孔芯片技術(shù)的高通量單細(xì)胞分選系統(tǒng)，用于高通量的單細(xì)胞NGS研究。ICELL8 cx系統(tǒng)及其配備的單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用為廣大科研工作者帶來(lái)了應(yīng)對(duì)低表達(dá)生物學(xué)事件研究的好方法。 閱讀本篇技術(shù)資料可了解到，通過(guò)ICELL8 cx全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用與靶向富集相結(jié)合的方式，如何進(jìn)一步提升低表達(dá)生物學(xué)事件檢測(cè)能力。 |
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| · 利用單細(xì)胞全長(zhǎng)RNA-seq提升融合基因、SNPs、可變剪切的檢測(cè)能力 |
| 在臨床領(lǐng)域和應(yīng)用領(lǐng)域應(yīng)用二代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，要求可以準(zhǔn)確、平行地對(duì)大量單細(xì)胞進(jìn)行處理，并且需要有文庫(kù)構(gòu)建表現(xiàn)穩(wěn)定良好的試劑可用。一些滿足以上需求的自動(dòng)化平臺(tái)已經(jīng)出現(xiàn)，但不同平臺(tái)所利用的技術(shù)不同，會(huì)影響到對(duì)單個(gè)細(xì)胞捕獲和處理的效率，比如微流控、液滴包裹、多樣本納升分注。除細(xì)胞處理技術(shù)外，選擇不同靈敏度的建庫(kù)試劑會(huì)得到不同質(zhì)量的數(shù)據(jù)，可以用于解答關(guān)于基因表達(dá)方面的不同的問(wèn)題，比如，3’末端捕獲與5’→3’全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本捕獲的比較。捕獲全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本可以提供更均勻的轉(zhuǎn)錄本覆蓋情況，能夠?qū)θ诤匣?、SNPs、可變剪切進(jìn)行檢測(cè)。而3’差異表達(dá)數(shù)據(jù)主要用于對(duì)基因表達(dá)調(diào)控的檢測(cè)。 閱讀本篇技術(shù)資料，帶您了解利用ICELL8 cx Single-Cell System進(jìn)行單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建，對(duì)基因融合、SNPs、可變剪切進(jìn)行深入分析。更有與基于液體包裹平臺(tái)的3’D方法的數(shù)據(jù)比較。 |
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| · 通過(guò)ICELL8系統(tǒng)輕松完成單細(xì)胞全長(zhǎng)RNA測(cè)序 |
| 本篇技術(shù)資料中展示的數(shù)據(jù)表明，ICELL8系統(tǒng)可以同時(shí)對(duì)數(shù)百單細(xì)胞進(jìn)行高質(zhì)量的單細(xì)胞RNA-seq文庫(kù)制備，能夠提供全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的序列信息。該方法可以讓用戶通過(guò)ICELL8系統(tǒng)在微孔芯片中完成Illumina NGS文庫(kù)制作所需的所有反應(yīng)，包括cDNA合成、PCR擴(kuò)增等。從微孔芯片可獲得直接用于測(cè)序的文庫(kù)。此外，該方法結(jié)合了SMART技術(shù)，以確?？梢灾苽涓哔|(zhì)量的cDNA，幫助各種單細(xì)胞分析獲得良好的靈敏度和可重復(fù)性。 閱讀本篇技術(shù)資料，了解自動(dòng)化單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備流程和數(shù)據(jù)展示。 |
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| · 在ICELL8 Single-Cell System上進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)座可及性染色質(zhì)分析測(cè)序（ATAC-seq） |
| 表觀基因組信息雖然可以為基因調(diào)控提供深入的見(jiàn)解，但由于單個(gè)細(xì)胞之間（甚至是相同細(xì)胞類(lèi)型）可能具有不同的表觀基因組圖譜，也讓表觀基因組信息變得復(fù)雜。近年來(lái)在單細(xì)胞NGS方法上已經(jīng)取得了巨大的進(jìn)步，但通過(guò)單細(xì)胞方法檢測(cè)染色質(zhì)狀態(tài)一直以來(lái)都比較復(fù)雜、通量較低，可能也會(huì)有成本過(guò)高的問(wèn)題伴隨。轉(zhuǎn)座酶可及性染色質(zhì)分析測(cè)序（ATAC-seq）廣泛應(yīng)用于對(duì)染色質(zhì)可及性的檢測(cè)，染色質(zhì)可及性是基因組調(diào)控的重要組成部分。最近，Greenleaf實(shí)驗(yàn)室（Standford University）與Takara Bio USA, Inc.（TBUSA）一起，開(kāi)發(fā)了一個(gè)簡(jiǎn)單、快速的ATAC-seq工作流程，利用具備靈活操作性的ICELL8 Single-Cell System可以制備直接用于測(cè)序的單細(xì)胞文庫(kù)。 閱讀本篇技術(shù)資料，了解使用ICELL8 Single-Cell System如何在4-5小時(shí)內(nèi)從一張芯片上獲得1,000-2,000個(gè)單細(xì)胞文庫(kù)。 |
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| · 通過(guò)單細(xì)胞分析闡明人誘導(dǎo)多能干細(xì)胞（hiPSC）來(lái)源的心肌細(xì)胞分化過(guò)程 |
| 近期的一些研究表明，在處于相同形態(tài)的細(xì)胞中，細(xì)胞周期和基因表達(dá)情況具有很高的變異性。這表明即使是“同質(zhì)性”細(xì)胞，比如那些在同一組織或培養(yǎng)容器中的細(xì)胞，也會(huì)表現(xiàn)出轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性。iPSCs是一個(gè)與此相關(guān)的例子，當(dāng)組織特異性分化啟動(dòng)時(shí)，細(xì)胞不會(huì)統(tǒng)一轉(zhuǎn)化。相反，不同細(xì)胞表現(xiàn)出不同的分化速率。通過(guò)單細(xì)胞分析，有可能捕捉到在批量細(xì)胞分析中被掩蓋的基因表達(dá)變化信息，可以對(duì)分化過(guò)程有一個(gè)更加清晰的展示。 閱讀本篇技術(shù)資料，看一看來(lái)自京都大學(xué)iPSC研究所（iPS Cell Research Institute，Kyoto University）的研究人員如何利用ICELL8 Single-Cell System開(kāi)發(fā)一種對(duì)hiPSC向心肌細(xì)胞分化進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組表征的方法。 |
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| · TCR分析與5’差異表達(dá)分析相結(jié)合的高通量單細(xì)胞測(cè)序 |
| 在單細(xì)胞水平下分析T細(xì)胞受體（TCR）表達(dá)情況，可以幫助研究人員理解這些特殊的α-β鏈配對(duì)如何促進(jìn)單個(gè)TCR的抗原特異性。高通量單細(xì)胞TCR分析是一個(gè)很好的選擇，它可以從T細(xì)胞異質(zhì)性和可塑性方面提供綜合性觀點(diǎn)。但是，免疫細(xì)胞屬于復(fù)雜且有異質(zhì)性的群體，對(duì)所分析群體中的細(xì)胞類(lèi)型進(jìn)行細(xì)致研究，獲得對(duì)免疫反應(yīng)的全面理解同樣是相當(dāng)重要的。為此，全轉(zhuǎn)錄組分析（WTA）可用于對(duì)一種樣品中不同的細(xì)胞類(lèi)型，甚至亞型進(jìn)行鑒定。 閱讀本篇技術(shù)資料，了解如何通過(guò)ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System對(duì)單細(xì)胞同時(shí)進(jìn)行TCR克隆型測(cè)定與5’差異表達(dá)分析。 |
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| · 通過(guò)SMART技術(shù)進(jìn)行高通量單細(xì)胞T細(xì)胞受體分析 |
| 對(duì)組織樣品的T細(xì)胞受體（TCR）分析讓我們提高了對(duì)TCR免疫組庫(kù)多樣性、TCR介導(dǎo)的抗原特異性，以及適應(yīng)性免疫應(yīng)答機(jī)制的理解。雖然這些研究可以表明哪些克隆型得到表達(dá)，以及它們?cè)诮M織樣品中的相對(duì)頻率，但除了一些非常稀有的細(xì)胞群體外，很難確定細(xì)胞特異性受體正確的α-β鏈配對(duì)信息。而α-β鏈配對(duì)信息可以幫助研究者深入了解T細(xì)胞的異質(zhì)性和可塑性，確認(rèn)配對(duì)情況對(duì)單個(gè)TCR抗原特異性的作用，并涉及治療性抗體。 通過(guò)本篇介紹，了解如何通過(guò)ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System實(shí)現(xiàn)基于SMART技術(shù)的單細(xì)胞TCR分析。 |
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頁(yè)面更新：2021-12-02 15:24:32
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