| ■ 實驗方案集錦 |
| 關于“用戶自制實驗方案”（USER-GENERATED PROTOCOL） |
| 用戶自制實驗方案一般基于內部概念驗證實驗、與客戶合作、已發(fā)表文獻等信息制作。我們期望用戶可以成功應用這些實驗方案開展研究，但根據(jù)實際開展的研究，可能需要一些必要的檢查和優(yōu)化。歡迎您與技術支持團隊聯(lián)系，獲取關于用戶自制和用戶報告實驗方案的更多詳情?；騾⒖家寻l(fā)表的文獻確認。 |
| 使用ICELL8 Single-Cell System（或ICELL8 cx Single-Cell System）進行單細胞ATAC-Seq實驗方案 |
| * USER-GENERATED PROTOCOL |
| 從RNA-seq到全基因組分析，ICELL8 Single-Cell System、ICELL8 cx Single-Cell System可以為用戶的各種測序需求提供快速、自動化的單細胞分選工作流程。近期ATAC-Seq已成功在ICELL8 Single-Cell System上運行。該實驗方案由斯坦福大學研究人員與Takara Bio USA, Inc. 研發(fā)團隊協(xié)作開發(fā)[1]。 [1] Mezger, A. et al. High-throughput chromatin accessibility profiling at single-cell resolution. Nat Commun 9, 3647 (2018) |
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| 使用ICELL8 Single-Cell System（或ICELL8 cx Single-Cell System）進行單細胞DNA-Seq實驗方案 |
| * USER-GENERATED PROTOCOL |
| PicoPLEX技術可以制備重復性高、準確性好的單細胞DNA-seq文庫，廣泛應用在CNV和SNV的分析研究中。本實驗方案對PicoPLEX Gold DNA-seq試劑進行了面向ICELL8 Single-Cell System的適應性優(yōu)化，用于高通量單細胞DNA-seq文庫制備，并作為該優(yōu)化的概念性驗證。本方案經(jīng)過調整也可適用于ICELL8 cx Single-Cell System。 |
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| ICELL8 cx Single-Cell System細胞樣品準備基礎知識 |
| 本細胞樣品準備方案適用于使用標準培養(yǎng)基、培養(yǎng)容器，通過懸浮培養(yǎng)收獲的細胞。這樣的細胞可以培養(yǎng)到較高的密度，也方便通過離心收集。典型的例子包括Jurkat細胞核K562細胞。 本方案適用的ICELL8 cx下游應用包括：SMART-Seq全長轉錄組、3’基因差異表達，以及一些定制化應用。 |
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| ICELL8 cx系統(tǒng)CELLSTUDIO軟件試劑配置與分注指導 |
| ICELL8 cx CELLSTUDIO v2.0軟件（ICELL8 cx系統(tǒng)預裝）可幫助研究人員通過ICELL8 cx Single-Cell System完成單細胞應用創(chuàng)新開發(fā)。該系統(tǒng)開放性的設計讓用戶可以更好地控制細胞分選、試劑配置，以及下游處理的各個分注步驟。開發(fā)新的應用時，可能會使用一些輔助試劑，在將其合并到正式工作流程前，需要進行必要的測試以確保能夠準確分注，并減小交叉污染的可能。為幫助測試過程順利進行，Takara Bio制作了這一份試劑配置與分注指導方案，經(jīng)過測試的輔助試劑包括：PEG8000、甘油、Triton X-100、Tween-20、SDS等。 本指導方案旨在幫助研究人員節(jié)約開發(fā)應用的時間，提高應用數(shù)據(jù)質量。點擊鏈接獲取方案詳細內容。 |
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| 通過ICELL8 cx Single-Cell System進行Oxford Nanopre長讀長測序文庫構建 |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| 在有些研究場景下，長讀長測序（long-read sequencing）方法相比傳統(tǒng)的短讀長測序（short-read sequencing）方法，會是一個更好的選擇。長讀長測序文庫復雜度相對更低，由于無需對轉錄本cDNA進行片段化處理，在融合基因檢測、異構體及其他結構變異的鑒定等方面，能力進一步提升。 本方案通過對ICELL8 cx Single-Cell System 3’基因差異表達應用流程進行適應性優(yōu)化，以構建用于MinION測序設備（Oxford Nanopare）使用的單細胞RNA-seq文庫。點擊鏈接了解建庫方案詳細內容。 |
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| 小鼠成體心肌細胞制備方法（用于ICELL8 Single-Cell System、ICELL8 cx Single-Cell System） |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| ICELL8 Single-Cell System憑借其開放性設計可以幫助研究人員進行定制化實驗方案的開發(fā)工作。Takara Bio R&D團隊的科學家拜訪了馬克斯普朗克心肺研究所（巴特瑙海姆，德國），向Stefan Günther博士（Thomas Braun實驗室）學習了小鼠成體心肌細胞樣品制備方法。該方法由Thomas Braun實驗室開發(fā)，用于在ICELL8 Single-Cell System上進行小鼠心肌細胞單細胞分選。在此感謝該團隊的工作，并愿意將相關工作流程與大家分享。 如您需要在ICELL8 cx Single-Cell System上運行此方案，請先與我們的技術支持聯(lián)系。 點擊鏈接了解心肌細胞樣品制備和單細胞分選詳細流程。 |
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| 文獻案例： Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019) |
| 哺乳動物細胞核提取方案 |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| 本方案用于從哺乳動物細胞中提取細胞核，滿足單細胞核測序需求。經(jīng)過本方案驗證過的懸浮生長細胞系類型包括：K562、Jurkat、GM12878；貼壁生長細胞系類型包括：ES、NIH 3T3、HEK293T。 點擊鏈接了解詳細提取過程及案例數(shù)據(jù)。 |
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| ICELL8 Single-Cell System分選細胞類型一覽 |
| 因細胞行使的功能不同，其尺寸也各異。對于單細胞NGS來說，能夠靈活分選各種尺寸的細胞十分關鍵。ICELL8 Single-Cell System / ICELL8 cx Single-Cell System配置大孔徑噴嘴（125 μm），可以完成更多類型的細胞分選，如細胞核、心肌細胞。表格中所列舉的信息顯示了部分利用ICELL8 Single-Cell System成功完成單細胞分選的細胞類型。藍色標記出的細胞類型是由ICELL8 Single-Cell System首次完成了單細胞分選工作，用于單細胞NGS研究。 |
| Flexibility to isolate cells of any size is critical to single-cell analysis |
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頁面更新：2021-03-26 14:34:07
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