ChIP Elute Kit 和DNA SMART ChIP-Seq Kit—
以微量DNA模板構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù) |
· 快速的(1h)DNA洗脫和ChIP解交聯(lián)
· 無需接頭連接即可構(gòu)建ChIP-seq 文庫(kù)
· DNA起始樣品靈活:100 pg–10 ng ssDNA或dsDNA
· 4 h左右即可構(gòu)建Illumina-ready測(cè)序文庫(kù)
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有3種規(guī)格可以選擇:
· DNA SMART ChIP-Seq Kit-12 包含1條正向引物和12條反向indexing引物,
最多可以構(gòu)建12個(gè)indexed文庫(kù)
· DNA SMART ChIP-Seq Kit-48 A 包含第一組4條正向引物和12條反向indexing引物,
最多可構(gòu)建48個(gè)indexed文庫(kù)
· DNA SMART ChIP-Seq Kit-48 B 包含第二組4條正向引物和12條反向indexing引物,
最多可以構(gòu)建48個(gè)indexed文庫(kù)
ChIP Elute Kit采用快速、簡(jiǎn)便的方法將染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)(ChIP)獲得的DNA進(jìn)行解交聯(lián),洗脫和純化,替代了長(zhǎng)時(shí)間、繁瑣的ChIP實(shí)驗(yàn)后期操作。單鏈DNA(ssDNA)回收只需1 h左右(傳統(tǒng)方法通常需要過夜)并可直接用于DNA SMART ChIP-Seq Kit實(shí)驗(yàn)。
DNA SMART ChIP-Seq Kit無需接頭連接即可在DNA片段末端添加Illumina®專用測(cè)序接頭。由于ChIP實(shí)驗(yàn)獲得DNA量比較少,構(gòu)建ChIP測(cè)序(ChIP-seq)文庫(kù)通常比較困難,尤其是抗體是針對(duì)低豐度轉(zhuǎn)錄因子時(shí)。DNA SMART ChIP-Seq Kit可以從100 pg–10 ng DNA起始構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)用于Illumina平臺(tái)測(cè)序。無論是ChIP實(shí)驗(yàn)獲得的ssDNA還是雙鏈DNA(dsDNA)都可直接用于DNA SMART ChIP-Seq Kit,從而兼容ChIP Elute Kit或其他方法。本試劑靈敏度高,操作時(shí)間少,只需4 h即可從微量DNA起始構(gòu)建高質(zhì)量測(cè)序文庫(kù)。
DNA SMART ChIP-Seq Kit采用Takara全新的適用于DNA模板的專利SMART技術(shù)(日本專利第 6336080號(hào)),構(gòu)建下一代測(cè)序(NGS)文庫(kù)用于Illumina平臺(tái)測(cè)序。DNA SMART ChIP-Seq Kit的核心模板轉(zhuǎn)換技術(shù),可以微量樣品起始,無需接頭連接即可添加Illumina測(cè)序接頭。 |
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圖1. DNA SMART ChIP-Seq Kit技術(shù)流程 |
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表1. 采用ChIP Elute和傳統(tǒng)解交聯(lián)方法獲得DNA構(gòu)建文庫(kù)測(cè)序數(shù)據(jù)比較 |
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表2. 不同DNA起始量主要測(cè)序數(shù)據(jù) |
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Technote:
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