單細(xì)胞總RNA測(cè)序分析
Shasta Total RNA-Seq Kit |
· 一次運(yùn)行可以對(duì)5,000-10,000個(gè)細(xì)胞制備全長(zhǎng)RNA測(cè)序文庫(kù)
· 獲取總RNA信息(mRNA、lncRNA等)
· 完整的基因體覆蓋鑒定變異(剪切、基因融合等)
· 2天的工作流程
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■ 應(yīng)用
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· 完整基因體(gene body)覆蓋
· 新型生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)
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溫馨提示:Shasta™ Total RNA-Seq Kit - 2 Chip(Code No. 640288)可適配儀器型號(hào)ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 64188)、Shasta™ Single Cell System(Code No. 64282)
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■ 案例 |
· 利用全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析鑒定新型癌癥生物標(biāo)志物
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使用Shasta Total RNA-Seq Kit在一次運(yùn)行中對(duì)超過100,000細(xì)胞進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析。顯示barcode等級(jí)排列的拐點(diǎn)圖展示了使用該應(yīng)用所處理的K562細(xì)胞數(shù)量。紅色虛線表示Cogent NGS工具在細(xì)胞鑒定時(shí)所設(shè)定的閾值。
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· 基于lncRNA表達(dá)注釋不同細(xì)胞類型
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圖A,UMAP圖顯示了A549細(xì)胞系通過不同的lncRNA表達(dá)分析形成不同的聚類。同基因(isogenic)A549細(xì)胞包括經(jīng)模擬治療處理的野生型A549細(xì)胞(WT,Cyan)、模擬治療敲除p53的A549細(xì)胞(KO,Orange)、表觀遺傳治療處理的野生型A549(WT_T,Purple)、表觀遺傳治療處理的p53 KO A549細(xì)胞(KO_T,Green)。圖B,對(duì)比表觀遺傳治療和模擬治療的野生型A549細(xì)胞與p53敲除處理的A549細(xì)胞中l(wèi)ncRNA PURPL的富集表達(dá)情況。
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