根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn),如為高拷貝質(zhì)粒(如:pUC118等),使用2 ml培養(yǎng)液與4 ml培養(yǎng)液純化的質(zhì)粒DNA的收量差別不是很大,可以純化10~15 μg高純度質(zhì)粒DNA。我們一般使用2 ml的菌體培養(yǎng)液進(jìn)行質(zhì)粒DNA提取。
對(duì)于低拷貝質(zhì)粒,使用4 ml的菌體培養(yǎng)液進(jìn)行質(zhì)粒DNA的提取比較合適。如使用pBI121質(zhì)粒時(shí),從4 ml的菌體培養(yǎng)液中,可以純化提取2~3 μg的高純度質(zhì)粒DNA。若質(zhì)粒量仍不夠可以多次提取后混合使用。
一般情況下,從2 ml的LB培養(yǎng)基進(jìn)行過(guò)夜培養(yǎng)的pUC118/JM109培養(yǎng)液中,可以純化約10 μg高純度質(zhì)粒DNA。質(zhì)粒DNA收量較低時(shí),可以從以下幾個(gè)方面考慮:
① 大腸桿菌太陳舊(低溫下長(zhǎng)期保存的菌等)。請(qǐng)涂布平板培養(yǎng)后,重新挑選新菌落進(jìn)行液體培養(yǎng)。
② 質(zhì)粒拷貝數(shù)低。使用低拷貝數(shù)載體時(shí),每次產(chǎn)出的質(zhì)粒DNA量會(huì)降低。
③ 確認(rèn)操作過(guò)程的嚴(yán)密性。應(yīng)嚴(yán)格按操作方法進(jìn)行操作。
④ 洗脫時(shí)將滅菌蒸餾水或Elution Buffer加熱至60℃后使用有利于提高洗脫效率。
① 菌體量過(guò)多,不能充分溶菌。使用本試劑盒時(shí),每次可處理的菌體培養(yǎng)液為1~4 ml,菌體量過(guò)多時(shí),需要按照比例增加Solution I\II\III的加量。
② 菌體沉淀懸浮不充分。在加入Solution Ⅰ后,應(yīng)使用振蕩器(Vortex)等進(jìn)行劇烈振蕩使菌體沉淀充分懸浮后再做溶菌處理。
① 模板DNA加量不準(zhǔn)。請(qǐng)對(duì)質(zhì)粒DNA正確定量。使用吸光度值定量時(shí),有時(shí)DNA溶液中的不純物會(huì)影響吸光度值的測(cè)定,此時(shí)建議使用瓊脂糖凝膠電泳法進(jìn)行定量。
② 質(zhì)粒DNA純度不好。請(qǐng)嚴(yán)格遵守實(shí)驗(yàn)操作要求,使用新鮮菌體培養(yǎng)液提取質(zhì)粒。
③ 進(jìn)行DNA洗脫時(shí)用滅菌蒸餾水洗脫。
④ DNA插入片段本身立體結(jié)構(gòu)復(fù)雜。有些DNA立體結(jié)構(gòu)復(fù)雜(如GC rich、重復(fù)序列等)時(shí)難以測(cè)序,應(yīng)改進(jìn)測(cè)序方法。
我們建議的洗脫體積為30-100 μl,此種洗脫體積下收率最佳(但要注意洗脫液需直接加至膜中心),低于30 μl時(shí)收率會(huì)有所下降,當(dāng)對(duì)質(zhì)粒DNA濃度要求較高時(shí),也可以減少洗脫液體積至20 μl,但回收率會(huì)略有下降,應(yīng)注意使用預(yù)熱的洗脫液洗脫,并在洗脫離心之前靜置1分鐘以上,以增加洗脫效率。
① 加入Solution II后所有的振蕩要輕柔,不可劇烈;
② 加入Solution II后裂解時(shí)間不宜過(guò)長(zhǎng),不可超過(guò)5分鐘;
③ 提取的菌體培養(yǎng)時(shí)間不可過(guò)長(zhǎng),培養(yǎng)12-16小時(shí)為宜。
① 確保Solution I中已經(jīng)加入了RNase A;
② 加入RNase A的Solution I應(yīng)于4℃保存,若保存超過(guò)3個(gè)月,RNase A活性會(huì)下降,可以重新額外添加RNase A(Code No.2158)。
頁(yè)面更新:2020-04-28 15:20:04