如果使用該試劑盒出現(xiàn) RNA Spin Column堵塞現(xiàn)象,原因可能有以下幾種:
1.樣品裂解不充分。樣品裂解不充分會導致RNA Spin Column的堵塞。關(guān)于組織或細胞的裂解請參見操作方法中的組織或細胞的裂解。難裂解的組織建議使用液氮研磨的方法進行裂解。
2.樣品起始量過多。樣品量過多會造成核酸量過多而發(fā)生堵塞現(xiàn)象。使用該試劑盒提取的組織或細胞的最佳起始量,請參考“不同組織的最佳起始量和裂解Buffer RL使用量”。
3.離心溫度過低。使用該試劑盒進行RNA提取時,如無特殊說明均在室溫(20~25℃)下進行。溫度過高或過低都會對RNA Spin Column造成影響,發(fā)生堵塞現(xiàn)象。
對于基因組含量較高或者樣品起始量較大時,請不要使用gDNA Eraser Spin Coumn,以免gDNA Eraser Spin Column 發(fā)生堵塞。如果樣品量較少或基因組含量較少也發(fā)生堵塞現(xiàn)象,則可能的原因是:
1.樣品裂解不充分。樣品裂解不充分會導致Column的堵塞。關(guān)于組織或細胞的裂解請參見操作方法中的組織或細胞的裂解。難裂解的組織建議使用液氮研磨的方法進行裂解。
2.樣品起始量過多。樣品量過多會造成核酸量過多而發(fā)生堵塞現(xiàn)象。使用該試劑盒提取的組織或細胞的最佳起始量,請參考“不同組織的最佳起始量和裂解Buffer RL使用量”。
3.離心溫度過低。使用該試劑盒進行RNA提取時,如無特殊說明均在室溫(20~25℃)下進行。離心轉(zhuǎn)數(shù)過低。如發(fā)生堵塞的現(xiàn)象,可以加大離心轉(zhuǎn)數(shù)以及離心時間。
如果 gDNA Eraser Spin Column 發(fā)生堵塞,則:
1.將樣品吸出后直接進行后續(xù)實驗。
2.增加離心次數(shù)和時間。
3.增大離心轉(zhuǎn)數(shù)。
4.如果是基因組較多或起始量較大,不要進行g(shù)DNA Eraser Spin Column的過濾。
使用該試劑盒提取的組織或細胞的收量請參考“不同組織的RNA提取量”。如果RNA的收量過低,則可能有以下幾種原因:
1.樣品裂解不充分。樣品的充分裂解是使用該試劑盒提取高質(zhì)量RNA的關(guān)鍵。關(guān)于樣品的裂解請參考操作方法中的組織或細胞的裂解。
2.樣品起始量過多。使用該試劑盒提取的組織或細胞的最佳起始量,請參考“不同組織的最佳起始量和裂解Buffer RL使用量”。
3.RNA洗脫不充分。建議重復洗脫RNA一次。洗脫時可以將RNase Free dH2O或0.1% DEPC dH2O在RNA Spin Column 中的靜置時間延長至10 分鐘。
4.洗脫液中有乙醇殘留。在使用Buffer RWB進行RNA Spin Column清洗后沒有進行后續(xù)的離心過程,造成乙醇殘留,使RNA的收量下降。建議在使用Buffer RWB清洗后再進行一次離心,以去除殘留的乙醇。
如果提取時發(fā)生降解,則可能有以下幾種原因:
1.使用的組織材料不夠新鮮。應(yīng)使用新鮮的組織材料,或?qū)⑿迈r的組織材料用液氮迅速冷凍后置于-80℃保存。
2.提取RNA時使用的試劑及器具中混有RNA分解酶。實驗前請參考“預防RNase污染的注意事項”,以避免RNase 污染。
3.提取的組織材料中含有大量RNA分解酶。RNA分解酶較多的組織或細胞應(yīng)當減少樣品起始量,并加大Buffer RL用量。
本試劑盒提供了去除基因組DNA的gDNA Eraser Spin Column,能夠很好地去除材料中的基因組DNA,一般不會含有基因組DNA的污染。如果提取的RNA中含有基因組DNA污染,則可能有以下幾種原因:
1.樣品裂解不充分。樣品不充分裂解會造成基因組DNA的殘留。樣品的裂解方法請參考操作方法中的組織或細胞的裂解。
2.樣品起始量過多。過多的起始量使得核酸含量過多,超過gDNA Eraser Spin Column的承載量,造成基因組DNA殘留。請參考“不同組織的最佳起始量和裂解Buffer RL使用量”。
3.樣品的基因組DNA含量過高。不同組織中基因組DNA的含量不同,對于基因組DNA含量較高的樣品,請減少樣品起始量,并增加提取時Buffer RL的用量。
4.未進行DNase I的消化處理。對于部分基因組DNA含量較高的組織材料或后續(xù)實驗對RNA純度要求比較嚴格,則需進行DNase I的消化處理。請參考操作方法,進行DNase I的消化處理。
有關(guān)RNA的吸光度說明如下:
260 nm、320 nm、230 nm、280 nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白質(zhì)等有機物的吸光度值。OD260/OD280(R)體現(xiàn)了RNA中的蛋白質(zhì)等有機物的污染程度,質(zhì)量較好的RNA的R值應(yīng)在1.8~2.0之間,當R<1.8時,溶液中蛋白質(zhì)等有機物的污染比較明顯;當 R>2.2時,說明RNA已經(jīng)被水解成了單核苷酸。
在對核酸進行吸光度檢測時,需要注意稀釋液應(yīng)使用TE Buffer。
RNA的濃度可以根據(jù)吸光度進行計算:
RNA濃度=(OD260-OD320)×稀釋倍數(shù)×0.04 μg/μl 。
使用本試劑盒能夠有效提取分子量大于200 nt的RNA。對于分子量小于200 nt的RNA,使用本試劑盒不能很好地提取。
本試劑盒只能進行簡單的基因組DNA提取?;蚪MDNA的收量相對較低,可以進行簡單的PCR擴增。當材料的基因組DNA不易提取、基因組DNA含量較低或者后續(xù)實驗對基因組DNA要求較高時,請選用TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.5.0(Code No. 9765)進行提取,本試劑盒不承諾提取效果。
裂解組織時,可以根據(jù)不同組織材料采取不同的裂解方式,如液氮研磨、組織勻漿器、組織破碎儀(NEXT ADVANCE BBX24B)、電動研磨器BioMasher(nippi)、一次性組織研磨杵等。一般的動物組織,如肝臟、胰臟、腦等易于破碎的材料,使用本試劑盒,經(jīng)驗證上述方法均適用,且RNA的收量及純度差別不明顯;但對于植物組織及肌肉等富含纖維的組織材料,仍建議客戶使用液氮研磨等較為劇烈、充分的破碎方法,以保證組織材料的充分裂解;當組織材料量較少(不易獲得)時,建議客戶使用組織破碎儀(NEXT ADVANCE BBX24B)、電動研磨器BioMasher(nippi)或一次性組織研磨杵等在裂解過程中不易丟失組織材料的裂解方法。
頁面更新:2020-04-30 10:30:08