根據(jù)我們的經(jīng)驗,如為高拷貝質粒(如:pUC118等),使用2 ml培養(yǎng)液與4 ml培養(yǎng)液純化的質粒DNA的收量差別不是很大,可以純化10~15 μg高純度質粒DNA。我們一般使用2 ml的菌體培養(yǎng)液進行質粒DNA提取。
對于低拷貝質粒,使用4 ml的菌體培養(yǎng)液進行質粒DNA的提取比較合適。如使用pBI121質粒時,從4 ml的菌體培養(yǎng)液中,可以純化提取2~3 μg的高純度質粒DNA。若質粒量仍不夠可以多次提取后混合使用。
一般情況下,從2 ml的LB培養(yǎng)基進行過夜培養(yǎng)的pUC118/JM109培養(yǎng)液中,可以純化約10 μg高純度質粒DNA。質粒DNA收量較低時,可以從以下幾個方面考慮:
① 大腸桿菌太陳舊(低溫下長期保存的菌等)。請涂布平板培養(yǎng)后,重新挑選新菌落進行液體培養(yǎng)。
② 質??截悢?shù)低。使用低拷貝數(shù)載體時,每次產(chǎn)出的質粒DNA量會降低。
③ 確認操作過程的嚴密性。應嚴格按操作方法進行操作。
④ 洗脫時將滅菌蒸餾水或Elution Buffer加熱至60℃后使用有利于提高洗脫效率。
① 菌體量過多,不能充分溶菌。使用本試劑盒時,每次可處理的菌體培養(yǎng)液為1~4 ml,菌體量過多時,需要按照比例增加Solution I\II\III的加量。
② 菌體沉淀懸浮不充分。在加入Solution Ⅰ后,應使用振蕩器(Vortex)等進行劇烈振蕩使菌體沉淀充分懸浮后再做溶菌處理。
① 模板DNA加量不準。請對質粒DNA正確定量。使用吸光度值定量時,有時DNA溶液中的不純物會影響吸光度值的測定,此時建議使用瓊脂糖凝膠電泳法進行定量。
② 質粒DNA純度不好。請嚴格遵守實驗操作要求,使用新鮮菌體培養(yǎng)液提取質粒。
③ 進行DNA洗脫時用滅菌蒸餾水洗脫。
④ DNA插入片段本身立體結構復雜。有些DNA立體結構復雜(如GC rich、重復序列等)時難以測序,應改進測序方法。
我們建議的洗脫體積為30-100 μl,此種洗脫體積下收率最佳(但要注意洗脫液需直接加至膜中心),低于30 μl時收率會有所下降,當對質粒DNA濃度要求較高時,也可以減少洗脫液體積至20 μl,但回收率會略有下降,應注意使用預熱的洗脫液洗脫,并在洗脫離心之前靜置1分鐘以上,以增加洗脫效率。
① 加入Solution II后所有的振蕩要輕柔,不可劇烈;
② 加入Solution II后裂解時間不宜過長,不可超過5分鐘;
③ 提取的菌體培養(yǎng)時間不可過長,培養(yǎng)12-16小時為宜。
① 確保Solution I中已經(jīng)加入了RNase A;
② 加入RNase A的Solution I應于4℃保存,若保存超過3個月,RNase A活性會下降,可以重新額外添加RNase A(Code No.2158)。
頁面更新:2020-04-28 15:20:04