用該試劑盒提取的組織或細胞的提取量請參考“不同組織的RNA提取量”。如果RNA的收量過低,則可能有以下幾種原因:
1.裂解不充分。
樣品的充分裂解是使用該試劑盒提取高質量RNA的關鍵。關于樣品的裂解請參考操作方法中的“樣品的裂解”。
2.太多。
使用該試劑盒提取簡單植物材料的最佳起始量為50~100 mg,多糖多酚的材料起始量為20~50 mg。
3.洗脫不充分。
建議重復洗脫RNA一次。洗脫時可以將RNase Free dH2O或0.1% DEPC 處理水在RNA Spin Column 的靜置時間延長至10 分鐘。
4.乙醇殘留。
在使用Buffer RWB進行RNA Spin Column清洗后沒有進行后續(xù)的離心過程,造成乙醇的殘留,使RNA的收量下降。建議在使用Buffer RWB清洗后再進行一次離心,以去除乙醇的污染。
如果提取時發(fā)生降解,則可能有以下幾種原因:
1.使用的組織材料不夠新鮮。提取RNA的組織材料應采用新鮮的組織材料,或將新鮮的組織材料用液氮迅速冷凍后置于-80℃保存。
2.提取RNA時使用的試劑及器材中混有RNA分解酶。實驗前請參考“預防RNase污染的注意事項”以避免RNase 的污染。
3.提取的組織材料中含有大量的RNA分解酶。RNA分解酶較多的組織應當減少樣品的起始量,并加大提取Buffer的用量。
本試劑盒提供了DNase I,能夠有效地去除材料中的基因組DNA,一般不會含有基因組的污染。
如果提取的RNA中含有基因組的污染,則可能有以下幾種原因:
1.樣品的裂解不充分。樣品不充分裂解會造成基因組DNA的殘留。樣品的裂解方法請參考操作方法中的組織或細胞的裂解。
2.樣品的起始量太多。過多的起始量使得核酸含量過多,DNase I消化不完全,造成基因組DNA的殘留。不同的組織中基因組的含量不同,對于基因組含量較高的樣品,請減少樣品的起始量,并增加提取時Buffer RL/Buffer PE的用量,或者增加DNase I的用量。
3.未進行DNase I的消化處理。對于部分基因組DNA含量較高的組織材料或后續(xù)實驗對RNA純度要求比較嚴格,則需進行DNase I的消化處理。請參考操作方法中的DNase I消化步驟進行 DNase I的消化處理。
有關RNA的吸光度說明如下: 260 nm、320 nm、230 nm、280 nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白質等有機物的吸光度值。OD260/OD280(R)體現了RNA中的蛋白質等有機物的污染程度,質量較好的RNA的R值應在1.8~2.0之間,當R<1.8時,溶液中的蛋白質等有機物的污染比較明顯;當R>2.2時,說明RNA已經被水解成了單核苷酸。在對核酸進行吸光度檢測時,需要注意稀釋液應使用TE Buffer。
RNA的濃度可以根據吸光度進行計算: RNA濃度=(OD260-OD320 )×稀釋倍數×0.04 μg/μl 。
利用本試劑盒能夠有效提取分子量大于200 nt的Total RNA。如果希望得到Small RNA,可以參照附注部分的“富含Small RNA的Total RNA 的提取”流程進行Small RNA的富集,但是利用該方法提出的Total RNA收量會相對降低。
可以參考“Table1不同材料的最佳提取流程表”,如仍無法判定應使用哪種,可以先嘗試按照Protocol-I進行,若提取效果不理想時,再嘗試使用 Protocol-II進行提取。
頁面更新:2020-05-07 14:27:47