一般情況下組織或細(xì)胞中所能提取的Small RNA量如下表(表中所指提取量指提取得到的Small RNA fragments進行OD定量的結(jié)果,其提取量并不代表miRNA含量,且不同組織來源的Small RNA含量差別較大):
組織材料 | 起始樣品量 | Small RNA提取量 |
肝臟 | 100 mg | 約50 μg |
HL-60培養(yǎng)細(xì)胞 | 1×107 個 | 約15 μg |
骨骼肌 | 100 mg | 約15 μg |
260 nm、320 nm、230 nm、280 nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白質(zhì)等有機物的吸光度值。OD260/OD280(R)體現(xiàn)了RNA中的蛋白質(zhì)等有機物的污染程度,質(zhì)量較好的RNA的R值應(yīng)在1.8~2.2之間,當(dāng)R<1.8時,溶液中的蛋白質(zhì)等有機物的污染比較明顯;當(dāng)R>2.2時,說明RNA已經(jīng)被水解成了單核苷酸。
在對核酸進行吸光度檢測時,需要注意稀釋液應(yīng)使用TE Buffer。
RNA濃度=(OD260-OD320)×稀釋倍數(shù)×0.04 μg/μl。
① 向組織材料中加入RNAiso for Small RNA后,請充分研磨勻漿使其充分裂解。
② 相分離后請盡量完全回收上清液。
③ 增加起始組織加量,并成比例添加RNAiso for Small RNA。
① 75%乙醇清洗沉淀后不要干燥時間過長或加熱干燥。
② 可以于60℃加熱5分鐘后再于冰上溶解數(shù)小時。
③ RNA沉淀中含有不溶的蛋白質(zhì)混合物時,應(yīng)注意在相分離后吸取上清液時,避免槍頭接觸蛋白層。
④ 溶解液更換為0.5%的SDS溶液(DEPC處理水配制)。
① RNA應(yīng)使用TE Buffer稀釋后再進行吸光度值的測定,低離子強度或低pH值會使OD280值升高。
② 樣品裂解時加入的RNAiso for Small RNA量偏少,造成蛋白質(zhì)變性不充分,可以再次對Small RNA溶液進行苯酚/氯仿抽提,以除去蛋白質(zhì)。
③ 含有裂解液的樣品經(jīng)勻漿混勻后未在室溫靜置,或靜置的時間不足5分鐘。
④ 相分離后,吸取上清液時不小心接觸蛋白層造成污染。
⑤ RNA未充分溶解。
① 使用的組織材料不夠新鮮。提取RNA的組織材料應(yīng)采用新鮮的組織材料,或?qū)⑿迈r的組織材料用液氮迅速冷凍后置于-80℃保存。
② 提取RNA時使用的試劑及器材中混有RNA分解酶。
③ 提取的組織材料中含有大量的RNA分解酶,而RNAiso for Small RNA的添加量不夠。
① 裂解組織或細(xì)胞使用的RNAiso for Small RNA量偏少。
② 使用的組織材料中含有大量的有機溶劑(如:乙醇、異丙醇等)、高濃度的Buffer、堿性溶劑等。
③ 如果提取的RNA中含有DNA時,可以使用Recombinant DNase I(RNase-free)(Code No. 2270A)進行DNA消化。
頁面更新:2020-05-12 13:06:50