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新冠病毒來襲,蛋白質(zhì)互作研究了解一下

 
新型冠狀病毒仍在全球肆虐,而國內(nèi)目前已經(jīng)到了復產(chǎn)復工的階段。這次的疫情讓人們意識到,雖然人類的科技在近百年來飛速發(fā)展,但在大自然的面前人類依然十分渺小。對于科研學者來說,需要盡可能多地去了解這些大自然中的微小生物,這樣將來面對類似危機的時候就可以更加快速地找出應對方法。
 
那么,蛋白質(zhì)互作和病毒研究又有什么關系?
我們都知道這次新型冠狀病毒其實就是由蛋白質(zhì)和RNA構(gòu)成的,冠狀病毒自身不具備繁殖能力,需要依靠宿主才能完成病毒的復制。因此,搞清楚病毒-宿主蛋白質(zhì)相互作用關系有助于解析病毒的入侵機制,這對于疫情退治、尋找特效藥物是十分有效的!
下面我們主要介紹酵母雙雜交技術。它是一種實驗室常用的經(jīng)典蛋白質(zhì)互作研究方法。真核模式生物酵母的起始轉(zhuǎn)錄,是需要轉(zhuǎn)錄因子參與調(diào)控的。學者發(fā)現(xiàn)酵母的轉(zhuǎn)錄因子GAL4含有兩個結(jié)構(gòu)域,分別是DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(DNA-BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(AD),這兩個結(jié)構(gòu)域分開時,仍分別具有功能但不能激活轉(zhuǎn)錄,只有二者非常接近時才能形成完整的轉(zhuǎn)錄因子GAL4從而激活轉(zhuǎn)錄。
基于這個發(fā)現(xiàn),科研學者將一個已知蛋白質(zhì)與DNA-BD結(jié)合結(jié)構(gòu)域融合表達,并稱之為誘餌蛋白質(zhì)(bait),將另一種蛋白質(zhì)與AD激活域融合表達,將它稱之為獵物蛋白質(zhì)(prey)。如果兩個蛋白質(zhì)之間有相互作用,就會形成完整的轉(zhuǎn)錄因子GAL4,從而激活效應基因表達。
 
如果我們選擇藍白斑篩選基因、抗生素抗性基因這類報告基因作為效應基因的話,就可以通過酵母菌是否變藍、是否有抗生素抗性來判斷蛋白質(zhì)相互作用有沒有發(fā)生。
 
 
原理和應用說完了,相信大家一定有一個疑惑,哪里有合適的載體來表達誘餌蛋白質(zhì)和獵物蛋白質(zhì)?哪里又有含有合適報告基因的酵母菌工程菌株呢?請往下看!
 
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有的小伙伴們又要問了,酵母雙雜交技術是如何應用于病毒相關研究中呢?
舉例來說,如果我們以病毒的某種蛋白質(zhì)和DNA-BD結(jié)構(gòu)域融合表達作為誘餌蛋白質(zhì),再從宿主細胞中提取RNA構(gòu)建文庫,通過酵母雙雜交方法我們就可以篩選出究竟是哪個宿主蛋白質(zhì)和病毒的蛋白質(zhì)有相互作用,后續(xù)就能以此為依據(jù)解析病毒入侵的機制,甚至可以嘗試加入藥物來抑制蛋白質(zhì)互作關系,從而找出對抗病毒入侵的特效藥物。
 
接下來向大家介紹幾篇酵母雜交技術應用于病毒蛋白質(zhì)與宿主蛋白質(zhì)互作研究的文獻,先來看第一篇:
Chen Y , Cai H , Pan J , et al. Functional screen reveals SARS coronavirus nonstructural protein nsp14 as a novel cap N7 methyltransferase[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(9):3484-3489.
這篇文章作者主要的研究目標是SARS冠狀病毒 (SARS-CoV),作者采用酵母雙雜交的方法,以SARS冠狀病毒的spike (S) 蛋白質(zhì)作為誘餌蛋白質(zhì),從HeLa細胞構(gòu)建的cDNA文庫進行互作蛋白質(zhì)篩選,發(fā)現(xiàn)真核起始因子eIF3的一個亞基eIF3f可能與SARS-CoV spike (S) 蛋白質(zhì)的N端區(qū)域具有相互作用。后續(xù)又通過免疫共沉淀及熒光免疫檢測法進一步確認蛋白質(zhì)互作。通過實驗分析表明,冠狀病毒S蛋白質(zhì)和eIF3f之間的相互作用在控制宿主基因的表達方面起到抑制作用,揭示了SARS病毒發(fā)病的新機制。
 
針對人類有害的病毒值得重視,但對家畜有害的病毒同樣不容小覷, 下面這篇文章和非洲豬瘟病毒相關,同樣采用了酵母雙雜交的方法進行研究:
Rivera J , Abrams C , Hernaez B , et al. The MyD116 African Swine Fever Virus Homologue Interacts with the Catalytic Subunit of Protein Phosphatase 1 and Activates Its Phosphatase Activity[J]. Journal of Virology, 2007, 81(6):2923-2929.
作者通過酵母雙雜交的方法發(fā)現(xiàn)蛋白磷酸酶1 (PP1)與非洲豬瘟病毒的DP71L蛋白質(zhì)具有特異性相互作用。通過檢測感染了病毒的Vero細胞中PP1和PP2A的水平,研究了這種相互作用的功能和效應。
當然,酵母雙雜技術不僅僅限于病毒-宿主蛋白質(zhì)的互作研究,它同樣可以用于病原微生物-宿主蛋白質(zhì)互作、原生動物-宿主蛋白質(zhì)互作:
沙眼衣原體相關:Hower S , Wolf K , Fields K A . Evidence that CT694 is a novel Chlamydia trachomatis T3S substrate capable of functioning during invasion or early cycle development[J]. Molecular Microbiology, 2009, 72(6):1423-1437.
弓形蟲相關:Liu Q , Li F C , Elsheikha H M , et al. Identification of host proteins interacting with Toxoplasma gondii GRA15 (TgGRA15) by yeast two-hybrid system[J]. Parasites & Vectors, 2017, 10(1):1.
以上幾篇文章的作者在使用酵母雜交方法進行研究時,都使用了Matchmaker® Gold酵母雙雜交系統(tǒng)。通過這些文章我們可以看出酵母雜交技術有著廣泛的應用,而Matchmaker® Gold系列產(chǎn)品更是您酵母雙雜交研究的理想工具。
 
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頁面更新:2020-07-01 08:20:19