&

機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置：首頁 > 新聞中心

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析可以這樣用！

眾所周知，群體測(cè)序可能會(huì)掩蓋稀有細(xì)胞類型等重要生物學(xué)現(xiàn)象，因此越來越多的研究人員轉(zhuǎn)向單細(xì)胞測(cè)序，以更好地了解單個(gè)細(xì)胞如何在整個(gè)復(fù)雜生物學(xué)系統(tǒng)中起作用。

目前有較多的單細(xì)胞測(cè)序方法可以選擇。那么，如果進(jìn)行細(xì)胞測(cè)序分析，您會(huì)選擇哪種技術(shù)？

比如備受信賴的Takara的SMART-Seq技術(shù)，以修飾的Oligo d(T)引物起始，能夠覆蓋全長的轉(zhuǎn)錄本，檢測(cè)靈敏度高，從而可用于在單細(xì)胞水平上進(jìn)行差異表達(dá)、融合基因、可變剪接等研究。

再比如高通量Droplet（液滴微流控）技術(shù)，因?yàn)榭梢詫?shí)現(xiàn)在短時(shí)間內(nèi)分析更多數(shù)量的單細(xì)胞而頗受歡迎。但研究人員也發(fā)現(xiàn)，僅使用一種單細(xì)胞測(cè)序方法不足以展現(xiàn)豐富的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。

所以，選擇哪種方法進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析更好呢？

scRNA-seq分析的新時(shí)代，不是二選一，而是二合一！

有效利用兩種不同技術(shù)的優(yōu)勢(shì)，雙管齊下更加全面地進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究！

為什么這么講，請(qǐng)看這個(gè)例子

↓

最近加利福尼亞理工學(xué)院和艾倫腦科學(xué)研究所的研究人員【1】，對(duì)來自BICCN（BRAIN Initiative Cell Census Network）的已有的小鼠初級(jí)運(yùn)動(dòng)皮層(MOp)樣本的scRNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。他們分析了6,160個(gè)細(xì)胞（篩選后）的全長SMART Seq v4（SMART Seq）數(shù)據(jù)和90,031個(gè)細(xì)胞（篩選后）的基于Droplet技術(shù)的A方法的數(shù)據(jù)。兩種方法都可以鑒定出多種細(xì)胞類型。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，使用基于Droplet技術(shù)的A方法能夠檢測(cè)的細(xì)胞數(shù)量較多，因此可以識(shí)別少數(shù)稀有細(xì)胞群體。而SMART-Seq技術(shù)通量雖相較于Droplet低，但靈敏度更高。通過檢測(cè)全長轉(zhuǎn)錄組信息，可以對(duì)異構(gòu)體進(jìn)行定量，也使得細(xì)胞類型精細(xì)分類成為可能。（詳細(xì)內(nèi)容請(qǐng)參見論文中的Figure1: a和Extended Data Figure2: b, c)。

1. Booeshaghi, A. S. et al. Isoform cell type specificity in the mouse primary motor cortex. bioRxiv 2020.03.05.977991 (2020).

這也說明，這兩種技術(shù)的關(guān)系更是協(xié)作者，而非競爭者，可以首先利用Droplet RNA-seq方法來鑒定細(xì)胞類型，然后由SMART-Seq 方法對(duì)細(xì)胞群進(jìn)行更深度的鑒定，進(jìn)行異構(gòu)體分析，SNP檢測(cè)等，即同時(shí)使用SMART-seq技術(shù)與Droplet NGS技術(shù)可以構(gòu)建一種更加完善的單細(xì)胞測(cè)序方式！

SMART-Seq技術(shù)的元?dú)鈸?dān)當(dāng)-SMART-Seq Single Cell Kit ！

它有什么過人之處，一段rap來表述

  · 基于SMART-Seq技術(shù)
  · 單細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組研究的用處，
  · 和低質(zhì)量的cDNA制備說不，
  · 即使RNA含量非常低的細(xì)胞也能“守護(hù)”
  · 差異表達(dá)，融合基因，異構(gòu)體分析統(tǒng)統(tǒng)“收復(fù)”，
  · 讓您的實(shí)驗(yàn)不辜負(fù)！

客戶案例

東京大學(xué)新領(lǐng)域創(chuàng)成科學(xué)研究科的關(guān)先生團(tuán)隊(duì)使用SMART-Seq^® Single Cell Kit進(jìn)行細(xì)胞塊的RNA-Seq研究。本次實(shí)驗(yàn)，首先將直徑約為150-200μm的小細(xì)胞塊（小鼠腎臟和肝臟）分選到384孔板中并進(jìn)行裂解。之后將其中一部分轉(zhuǎn)移到96孔板中，在自動(dòng)化移液系統(tǒng)dragonfly discovery（SPT Labtech）上運(yùn)行SMART-Seq^® Single Cell Kit（1/4體積用量）制備cDNA，再使用Nextera XT DNA制備測(cè)序文庫，并在NovaSeq 6000（Illumina）上進(jìn)行測(cè)序分析。

對(duì)其中1個(gè)lane中的192個(gè)樣品進(jìn)行測(cè)序分析發(fā)現(xiàn)，樣本的檢測(cè)基因數(shù)在11,000-14,000個(gè)之間，且能獲得超過250萬個(gè)reads。說明使用SMART-Seq Single Cell Kit能檢測(cè)到較多的基因。

不同組織來源的樣本之間的R2值為0.5或更低（數(shù)據(jù)未顯示），而來自同一種組織的樣本相比，R2值為0.9或更高。因此使用SMART-Seq Single Cell Kit可以獲得高再現(xiàn)性的數(shù)據(jù)。

以上都表明，經(jīng)過優(yōu)化和驗(yàn)證且根據(jù)嚴(yán)格的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)生產(chǎn)的SMART-Seq Single Cell Kit，在單細(xì)胞分析時(shí)都有非常高的靈敏度，非常高的產(chǎn)量！

最后想再次說明，SMART-Seq Single Cell Kit技術(shù)和Droplet可以搭配使用，打出漂亮的單細(xì)胞分析的組合拳，幫您在單細(xì)胞測(cè)序分析道路上提供新思路！

【參考文獻(xiàn)】

最最后，如果想要了解更多SMART-Seq Single Cell Kit，點(diǎn)擊查看！

頁面更新：2020-12-01 08:31:30

欧美成 人版在线_久久免视看国产_亚洲成l人在线观看线路_久久96热在精品国产网站

機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

欧美成人版在线_久久免视看国产_亚洲成l人在线观看线路_久久96热在精品国产网站