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機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

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無標(biāo)題文檔
高通量單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析解決方案！
SMART-Seq Pro & ICELL8 cx平臺(tái)聯(lián)合分析
 
全長(zhǎng)序列覆蓋可以實(shí)現(xiàn)對(duì)整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)分析，并且可以對(duì)基因融合、剪接體這類生物標(biāo)志物進(jìn)行檢測(cè)。經(jīng)深度優(yōu)化推出的SMART-Seq Pro Application Kit（Cat No. 640257），具備良好的單細(xì)胞全長(zhǎng)mRNA分析能力，在ICELL8 cx單細(xì)胞分析平臺(tái)上的一張微孔芯片內(nèi)，經(jīng)過一系列分注和擴(kuò)增步驟后，獲得無偏倚的全長(zhǎng)cDNA，并通過Illumina Bead-Linked Transposome（BLT）完成酶切片段化，同時(shí)引入Illumina特異性測(cè)序接頭，可高效完成1,200～1,500個(gè)單細(xì)胞 (核)文庫(kù)構(gòu)建，完整的分析方案同時(shí)整合了生物信息學(xué)工具，為“藏珠于海”的轉(zhuǎn)錄水平稀有生物標(biāo)志物發(fā)掘提供了有力工具。
 
ICELL8 cx Single-Cell System納升級(jí)高通量自動(dòng)化單細(xì)胞分析平臺(tái)（點(diǎn)擊獲取產(chǎn)品手冊(cè)）
 
※ 端到端的解決方案：從文庫(kù)制備到測(cè)序數(shù)據(jù)分析工具
※ 覆蓋全長(zhǎng)mRNA：捕獲轉(zhuǎn)錄組中“深藏”的關(guān)鍵生物標(biāo)志物，如基因融合、剪接異構(gòu)體
※ 高通量單細(xì)胞分析：可以平行地從＞1,000個(gè)單細(xì)胞中生成測(cè)序數(shù)據(jù)
※ 樣品配置靈活：一次實(shí)驗(yàn)最多可對(duì)八種細(xì)胞樣品進(jìn)行分析
※ 減少樣品操作：減小數(shù)據(jù)波動(dòng)，構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)前ICELL8 cx平臺(tái)自動(dòng)鑒定并分選出您感興趣的細(xì)胞，僅對(duì)這些細(xì)胞進(jìn)行試劑分注
※ Illumina平臺(tái)測(cè)序文庫(kù)：制備的測(cè)序文庫(kù)適用于Illumina全系平臺(tái)
※ 易用的生物信息學(xué)分析工具：Cogent NGS Analysis Pipeline和Cogent NGS Discovery Software
 
貨號(hào) 產(chǎn)品
640257   SMART-Seq® Pro Application Kit - 2 Chips
640019   ICELL8® 350v Chip（芯片）
640188   ICELL8® cx Single-Cell System（儀器
舊版本：SMART-Seq® ICELL8® cx Application Kit 1 Chip（Cat No. 640222）仍可購(gòu)買
 
√性能展示

我們比較了SMART-Seq Pro與實(shí)驗(yàn)室自制方法SMART-seq2（SS2）在對(duì)低RNA含量的原代細(xì)胞（如PBMC）等不同細(xì)胞樣本的檢測(cè)敏感性差異，發(fā)現(xiàn)SMART-Seq Pro試劑盒識(shí)別并檢測(cè)到的基因數(shù)量明顯比SS2多，突出了SS Pro具有揭示罕見生物事件的能力。

 
圖A：基于轉(zhuǎn)錄本表達(dá)的人PBMC細(xì)胞簇
圖B/C：選擇性剪切產(chǎn)生的不同PTPRC亞型：PTPRC-201和PTPRC-209的不同表達(dá)水平
圖D: 每個(gè)細(xì)胞簇中PTPRC同種亞型的不同表達(dá)水平
 
SMART-Seq Pro除了可以對(duì)基因表達(dá)譜進(jìn)行分析外，還具有檢測(cè)不同PTPRC亞型轉(zhuǎn)錄水平的能力。通過SMART-Seq Pro進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄分析，可額外獲得3’端分析所遺漏的生物學(xué)信息，結(jié)合Congent NGS生信分析工具，提供對(duì)單細(xì)胞樣本中重要生物標(biāo)志物的高靈敏檢測(cè)方案。
數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.
 

自動(dòng)化ICELL8 cx系統(tǒng)結(jié)合SMART Seq-Pro可以識(shí)別X公司系統(tǒng)上丟失的亞型表達(dá)數(shù)據(jù)。
SMART Seq-Pro能夠識(shí)別跨外顯子3、4、5、6和7的Junction reads，并揭示了PTPRC-201和PTPRC-209同種型的不同特征。而X公司末端計(jì)數(shù)法產(chǎn)生的數(shù)據(jù)則無法識(shí)別這些外顯子區(qū)域中的junctions reads（峰值代表來自未對(duì)準(zhǔn)讀數(shù)的噪聲）。

 
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√應(yīng)用案例速享

文獻(xiàn)題目：Single cell full-length transcriptome of human subcutaneous adipose tissue reveals unique and heterogeneous cell populations

發(fā)表期刊：iScience

發(fā)表時(shí)間：2022年8月19日

發(fā)表機(jī)構(gòu)： AdventHealth translational research institute, Icahn School of Medicine

方案設(shè)計(jì)：
對(duì)兩名受測(cè)女性進(jìn)行了皮下腹部脂肪組織活檢（STAR方法）取樣。每個(gè)活檢樣本的一部分快速冷凍，用于snRNA-Seq的細(xì)胞核提取。另一部分用膠原酶緩沖液消化，并通過差速離心分離成脂肪細(xì)胞和SVF。從脂肪細(xì)胞中提取細(xì)胞核進(jìn)行snRNA-Seq，而SVF中的細(xì)胞進(jìn)行scRNA-Seq。在ICELL8平臺(tái)（Takara）上使用全長(zhǎng)SMART-Seq技術(shù)對(duì)整個(gè)WAT、分離的脂肪細(xì)胞和人類SVF中的sc/snRNA-Seq進(jìn)行了全面分析。

研究結(jié)論：
通過整個(gè)組織的snRNA-Seq、分離脂肪細(xì)胞的snRNA-Seq和SVF的scRNA- Seq來共同驗(yàn)證WAT的轉(zhuǎn)錄組成。由于每個(gè)細(xì)胞的覆蓋深度，每組分析都超過了迄今為止在單細(xì)胞脂肪組織研究中發(fā)現(xiàn)的每個(gè)細(xì)胞/細(xì)胞核的基因數(shù)量，同時(shí)增強(qiáng)的基因覆蓋率允許更準(zhǔn)確地描述轉(zhuǎn)錄組，并識(shí)別脂肪生態(tài)位內(nèi)的細(xì)胞類型。
分析結(jié)果表明，全WAT的snRNA序列提供了主要覆蓋的細(xì)胞類型，識(shí)別了三個(gè)不同的脂肪細(xì)胞簇，并能夠用擬時(shí)分析跟蹤脂肪細(xì)胞分化。與WAT相比，脂肪細(xì)胞snRNA Seq無法匹配脂肪細(xì)胞異質(zhì)性信息。SVF的scRNA-Seq結(jié)果提供了更高的非脂肪細(xì)胞分辨率。這些分析結(jié)果為單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄分析在人類WAT和SVF中的應(yīng)用提供了關(guān)鍵證據(jù)。

經(jīng)驗(yàn)分享：
實(shí)驗(yàn)使用全長(zhǎng)SMART-Seq技術(shù)，在每種類型的分析中實(shí)現(xiàn)了從5’端到3’端的強(qiáng)大基因覆蓋。當(dāng)使用從冷凍的人WAT中提取的細(xì)胞核時(shí)，全長(zhǎng)SMART-Seq技術(shù)可以很好地分析脂肪生成的轉(zhuǎn)錄譜。此外，利用全長(zhǎng)SMART-Seq單細(xì)胞技術(shù)，在使用相對(duì)較少的細(xì)胞的情況下，可以在人SVF中深入探索非脂肪細(xì)胞的多樣性。

 
 

頁面更新：2023-02-27 16:26:45