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SMART-Seq技術助力ICELL8 cx系統(tǒng)單細胞全長轉錄組分析方案 | |||||||||||
全長序列覆蓋可以實現(xiàn)對整個轉錄的差異表達分析,并且可以對基因融合、剪接體這類生物標志物進行檢測。高靈敏度的SMART-Seq Pro可以勝任以上分析需求。 SMART-Seq Pro Application Kit將SMART-Seq試劑與ICELL8 cx Single-Cell System(Cat No. 640188)相結合,并整合了生物信息學工具,提供一套端到端的單細胞全長轉錄組分析流程,一次實驗可以對1,200~1,500個分離的單細胞進行高效的全長轉錄組分析。 通過ICELL8 cx系統(tǒng)將細胞分注到ICELL8 350v Chip(Cat No. 640019)空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鑒定出含單個細胞的微孔,文庫構建試劑只被分注到這些選中的微孔中。經(jīng)過一系列分注和擴增步驟后,獲得無偏倚的全長cDNA,并通過Illumina Bead-Linked Transposome(BLT)完成酶切片段化。在這一擴展性的工作流程中,cDNA擴增階段引入了Illumina特異性接頭序列,生成的文庫已連接index接頭,可直接用于Illumina測序平臺。測序過程結束后,獲得的測序數(shù)據(jù)可直接導入Cogent NGS軟件工具進行生物信息學分析,解釋測序結果。 |
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NOTE:舊版本SMART-Seq Application Kit(Cat No. 640222)依然可以購買。 | |||||||||||
更多孔板測序應用,請參見 單細胞RNA-Seq / DNA-Seq | |||||||||||
■ 概述 | |||||||||||
· 端到端的解決方案:從文庫制備到測序數(shù)據(jù)分析工具 · 覆蓋全長mRNA:捕獲轉錄組中“深藏”的關鍵生物標志物,如基因融合、剪接異構體 · 高通量單細胞分析:可以平行地從>1,000個單細胞中生成測序數(shù)據(jù) · 樣品配置靈活:一次實驗最多可對八種細胞樣品進行分析 · 減少樣品操作:減小數(shù)據(jù)波動,構建測序文庫前自動鑒定并分選出感興趣的細胞,僅對這些細胞進行試劑分注 · Illumina平臺測序文庫:制備的測序文庫適用于Illumina全系平臺 |
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■應用 | |||||||||||
用于Illumina平臺上高通量全長單細胞轉錄組測序文庫制備 | |||||||||||
圖1. SMART-Seq Pro和Smart-seq2在PBMCs中基因檢測結果比較 | |||||||||||
頁面更新:2024-11-04 09:01:09