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SMART-Seq Mouse TCR(with UMIs) 上榜了！

嚯！Takara整合UMI小鼠TCR profiling試劑盒：SMART-Seq Mouse TCR(with UMIs)，喜提“生物通2023生命科學(xué)十大創(chuàng)新產(chǎn)品“！

上榜理由

SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)試劑盒可用于構(gòu)建小鼠TCR NGS文庫，具有高靈敏度和低偏向性。這款試劑盒整合SMART全長cDNA合成技術(shù)與5' RACE技術(shù)，可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區(qū)，用于后續(xù)的NGS分析。不同起始量的RNA均可獲得高品質(zhì)的測序文庫。同時包含UMI以去除PCR偏向性及測序錯誤所產(chǎn)生的讀數(shù)，提供更正確和可靠的結(jié)果。

↓一起展開了解一下！

免疫組庫（Immune Repertoire，IR）是指在任何指定時間，個體的循環(huán)系統(tǒng)內(nèi)所有功能多樣性B細胞和T細胞的總和。

T細胞是獲得性免疫反應(yīng)的重要組成部分，其表面受體蛋白（T cell receptors, TCRs）發(fā)揮著識別抗原分子的作用。NGS是解析TCR多樣性的主流技術(shù)，對揭示個體獲得性免疫反應(yīng)的奧秘提供了寶貴的技術(shù)支撐。

要想得到預(yù)期的免疫組庫分析結(jié)果，重中之重是要選擇合適的NGS建庫策略。Takara推出的SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)能提供小鼠TCR克隆型更正確的分析結(jié)果↓

■ 技術(shù)原理

該試劑盒整合SMART（Switching Mechanism at 5' end of RNA Template）全長cDNA合成技術(shù)與5’RACE技術(shù)，可捕獲TRA和TRB基因完整的V(D)J可變區(qū)，用于后續(xù)NGS分析。

SMART-Seq Mouse TCR(with UMIs)技術(shù)流程

■ 技術(shù)特點

·支持使用不同input量的RNA（RIN＞7）或細胞起始，均可獲得高品質(zhì)的測序文庫，如小鼠脾臟或T細胞來源 total RNA(1 ng-1 μg)，以及全血、骨髓、胸腺來源total RNA(10 ng -1 μg)，或純化后完整的T細胞(1,000-10,000個)。文庫中可同時包含α鏈和β鏈的多樣性信息
·同時，該試劑盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及測序錯誤所產(chǎn)生的reads，提供更正確和可靠的結(jié)果
·搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），最多可支持384個樣本同時測序

■ 實驗例

1. 評估試劑盒在不同樣本起始量和樣本類型中的性能表現(xiàn)

Panel A. 分別對10，100，250，500和1,000 ng小鼠脾臟來源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制備了TRA (藍色) 和TRB (紫色) 文庫，然后在Illumina NextSeq測序（PE 150），測序reads downsampled至1.5×10⁷。結(jié)果顯示，隨著起始量的增加，檢測到的克隆型數(shù)量也隨之增加。

Panel B. 分別對四種不同樣品類型的小鼠RNA（200 ng RNA）使用SMART-Seq Mouse TCR制備文庫。然后在Illumina NextSeq測序（PE 150），測序reads downsampled至2.5×10⁷。測序結(jié)果表明，TCR序列在這些樣品類型中都被靈敏地檢測到，這表明該試劑盒非常適合用于小鼠TCR的分析。

當(dāng)然，Takara其他入圍的創(chuàng)新產(chǎn)品也非常出色，讓我們一睹它們的風(fēng)采吧。

2. 使用UMIs校正PCR重復(fù)和測序錯誤

Panel A. 對10 ng小鼠脾臟來源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制備TRA和TRB文庫。其中藍線和紫線分別是指經(jīng)過UMI修正誤差和沒有經(jīng)過UMI修正誤差的數(shù)據(jù)。

Panel B. 為了評估SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)的再現(xiàn)性，使用該試劑盒分別對10 ng和100 ng小鼠脾RNA起始樣本構(gòu)建TCR文庫。然后在Illumina MiSeq測序。維恩圖顯示分別使用300 cycles和600 cycles測序時，兩者之間至少有87%的克隆型重疊，表明該試劑盒卓越的再現(xiàn)性。

3. 評估試劑盒的測序靈活性

為了評估該試劑盒是否支持全長V (D) J或CDR3序列，使用該試劑盒分別對10 ng和100 ng小鼠脾臟RNA起始樣本構(gòu)建TCR文庫。然后在Illumina MiSeq測序平臺使用300 cycles和600 cycles進行測序。測序read downsampled 至1×10⁶。使用Takara Bio Cogent NGS Immune Profiler軟件處理數(shù)據(jù)。

● 產(chǎn)品信息

產(chǎn)品名稱	包裝量	Code No.
SMART-Seq Mouse TCR(with UMIs)	24次	634815
	96次	634816
	4×96次	634814

頁面更新：2024-04-10 09:44:11

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