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產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務信息

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點擊查收，Takara RNA建庫新品指南！
 
大家好，Takara更好的Total RNA建庫產(chǎn)品，水靈靈地來了！
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SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian)
 
在轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域，Takara Bio提供的SMART技術(shù)，幫助研究人員進一步突破RNA-Seq靈敏度上限，提供高質(zhì)量的Total RNA分析結(jié)果。特別是針對于微量樣本、困難樣本，之前推出的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2/v3- Pico Input Mammalian系列仰仗自身過硬的產(chǎn)品性能，在腫瘤研究、病原微生物檢測、液體活檢等領(lǐng)域的轉(zhuǎn)錄組分析大受好評。

本次，在SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2/v3- Pico Input Mammalian的基礎上進行了升級，具體有哪些亮眼的特點，一起來看吧！
 
01速速速，解鎖更高的rRNA信息去除水平
核糖體RNA在總RNA中占有很高的比重。在制備文庫前從總RNA中去除核糖體來源的RNA，有利于降低測序成本，提高數(shù)據(jù)的mapping率。

BUT，在以微量樣品起始時，常見的去除rRNA的前處理手段，有可能會造成純化后的樣品太少而不能制備高品質(zhì)測序文庫。

本試劑盒采用特異針對哺乳動物rRNA和部分線粒體RNA的探針去除核糖體cDNA（來源于核糖體RNA的cDNA片段），而無需進行核糖體前處理操作。簡單方便的同時，也省去您需要單獨購買rRNA去除產(chǎn)品的煩惱！
 
而且！本次新產(chǎn)品相較于前一代版本產(chǎn)品，性能UP UP UP，rRNA去除率提升啦！
 
 

★ Takara案例1
選擇250 pg的人腦RNA樣本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理（+）和未處理（-），然后通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。同時，使用前一代版本產(chǎn)品SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian對250 pg的人腦RNA樣本制備文庫。最后使用CogentAP 對3x106PE reads進行數(shù)據(jù)分析。如下圖所示，與前一代版本產(chǎn)品相比，SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian)制備的文庫，rRNA相關(guān)reads百分比明顯降低，外顯子reads百分比增加！rRNA相關(guān)reads百分比明顯降低，外顯子reads百分比增加！
 

 
02 收收收，困難樣本，微量樣本統(tǒng)統(tǒng)拿下
與前一代版本一樣，同樣維持高水準，能分析質(zhì)量特別、特別差的FFPE、cfRNA、外泌體以及病原微生物來源的樣本（RIN3-10，DV200≥25％）。可以人、大/小鼠來源的250 pg-10 ng的總RNA，或者直接以10-1000個細胞樣本起始，快速高效的構(gòu)建鏈特異性文庫，科研人員再不用擔心珍貴樣本損失了。
 

★ Takara案例2
使用本試劑盒制備10 ng FFPE RNA文庫 (RIN=3, DV200=77%)。采用CogentAP對3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。如下圖顯示，即使以降解FFPE樣本起始，也可有效去除rRNA來源cDNA，并獲得可靠的測序數(shù)據(jù)結(jié)果。
 

 

★ Takara案例3
選擇10 ng的人原代B細胞來源的Total RNA樣本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理（+）和未處理（-），然后通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。最后使用CogentAP 對3x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。如下圖顯示，對于B細胞來源的樣本，同樣可以獲得較低的rRNA比對率，以及較高的轉(zhuǎn)錄本檢測數(shù)！
 

 
03 頂頂頂，UMI的傾情加盟幫助獲得更準確的結(jié)果
還有非常重要的一點，本試劑盒添加分子標簽（UMIs）：在文庫制備過程中，通過逆轉(zhuǎn)錄步驟（在PCR擴增之前）添加8 nt UMI，因此可以靈敏地識別PCR重復片段并校正PCR擴增錯誤，從而進行正確的樣本數(shù)據(jù)回溯，提供更可靠的RNA-Seq分析！
 
 
PS：另外還有兩款同系列新品，同樣值得關(guān)注！
 
三者之間具體的相同點和不同點，請參考下圖。
 
所以想做微量樣本Total RNA轉(zhuǎn)錄組分析時，選擇上述SMART-Seq® Total RNA (ZapR™ Mammalian)系列，準沒錯！
 
 

頁面更新：2024-12-02 10:37:34