本制品是使用Illumina公司MiSeq對細(xì)菌叢16S rRNA進(jìn)行解析時使用的PCR擴(kuò)增試劑盒。以細(xì)菌16S rRNA基因的V3-V4區(qū)域?yàn)閷ο?,使用對多樣序列能有效擴(kuò)增的PCR酶Tks Gflex™ DNA Polymerase進(jìn)行擴(kuò)增。
引物是采用設(shè)計在常用的高效擴(kuò)增區(qū)域(V3-V4)上的341F、806R(見圖1),在引物的5’端連有Illumina MiSeq用的overhang序列。使用本試劑盒擴(kuò)增得到PCR產(chǎn)物后,利用Nextera XT Index Kit (Illumina公司)制備MiSeq用文庫。Nextera XT Index Kit中的引物能夠在待測文庫的兩端接入測序用adaptor和用于區(qū)分各個被檢測樣品的Index序列(見圖2)。
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■ 保存 |
-20℃ |
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■ 試劑盒以外需要準(zhǔn)備的其他試劑、儀器等(主要用品) |
· 核酸提取Kit
【糞便樣品】
NucleoSpin DNA Stool (Code No. 740472.10/.50)等
【土壤樣品】
NucleoSpin Soil (Code No. 740780.10/.50/.250)等 |
· PCR產(chǎn)物的純化
Agencourt AMPure XP(Beckman Coulter公司,Code No. A63880/A63881/A63882)
0.2 ml磁力架:Magnetic Separator-PCR Strip(Code No. 635011)等
新配的80% 乙醇
溶出液(10 mM Tris-HCl, pH8.5) |
· 測序adaptor與Index序列的添加
Nextera XT Index Kit(Illumina Code No. FC-131-1001/FC-131-1002)
Nextera XT Index Kit v2 set A-D(Illumina Code No. FC-131-2001~2004)
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· PCR儀
TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice™ Touch(Code No. TP350)
TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice™ Gradient(Code No. TP600)等
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· 凝膠電泳裝置
Mupid-2plus(Code No. M-2P)
Mupid-exU(Code No. EXU-1)等
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· 凝膠
Agarose L03「TAKARA」(Code No. 5003/5003B)
PrimeGel™ Agarose PCR-Sieve(Code No. 5810A)等 |
· 微量高速離心機(jī) |
· 微量移液器及Tip |
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