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機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置:首頁> > > 單細(xì)胞RNA-Seq > 單細(xì)胞mRNA全長分析SMART-Seq HT Kit
單細(xì)胞mRNA全長分析SMART-Seq HT Kit
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 價(jià)格(元) 說明書 數(shù)量
Clontech 634455 SMART-Seq® HT Kit(庫存銷售完畢即終賣) 12 Rxns ¥4,769
Clontech 634456 SMART-Seq® HT Kit(庫存銷售完畢即終賣) 48 Rxns ¥17,137
Clontech 634437 SMART-Seq® HT Kit(庫存銷售完畢即終賣) 96 Rxns ¥33,001
Clontech 634438 SMART-Seq® HT Kit(庫存銷售完畢即終賣) 192 Rxns ¥60,924
Clontech 634439 SMART-Seq® HT Lysis Components 96 Rxns ¥1,284
無標(biāo)題文檔
 
 
全長轉(zhuǎn)錄組分析 延伸     NGS文庫制備 NGS文庫定量
單細(xì)胞全長cDNA制備 NGS文庫制備系統(tǒng)
         
單細(xì)胞RNA-Seq文庫制備
 
 
SMART-Seq HT Kit & SMART-Seq HT Plus Kit:自動化友好型的單細(xì)胞mRNA全長分析
· 自動化友好型 - 兼容自動化工作站,更少的時(shí)間分析更多的樣本
· 高靈敏度 - 可以從單細(xì)胞或10 pg總RNA起始(起始量:1-100個細(xì)胞或10 pg-1 ng總RNA)
· 高質(zhì)量的RNA-Seq數(shù)據(jù) - 保留全長基因信息,低rRNA比率,高基因檢出數(shù),有效擴(kuò)增GC-rich轉(zhuǎn)錄本
· 單管操作流程 - SMART-Seq HT PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文庫構(gòu)建流程,分別在單管中進(jìn)行,減少樣品損失與混淆,降低手動操作誤差
· 增強(qiáng)的測序性能 - SMART-Seq HT PLUS Kit整合雙端特殊index(UDI),即便多個文庫pool后用高通量型illumina測序儀(如Novaseq)分析,也能得到正確結(jié)果
· 更高的文庫產(chǎn)量 - 更便于使用高通量型illumina測序儀測序(如Novaseq),或保存剩余的文庫用于多次測序
 
注意: SMART-Seq mRNA HT是SMART-Seq HT Kit的等效替代品,本次更新并不影響這些試劑盒的流程和性能。
 
產(chǎn)品說明
SMART-Seq HT Kit(SS-HT)和SMART-Seq HT Plus Kit(SS-HT PLUS)均兼容自動化移液工作站,采用oligo(dT)引物,支持1-100個細(xì)胞或10 pg-1 ng總RNA起始。
SS-HT試劑盒是從第4代的SMARTer Ultra Low試劑(SMART-Seq v4)發(fā)展而來的,具有簡化的操作流程,將原有的反轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增步驟整合為一步,且不影響性能。細(xì)胞分離或RNA提取后,僅通過一步RT-PCR擴(kuò)增雙鏈cDNA,然后進(jìn)行純化完成操作。cDNA合成可在4小時(shí)內(nèi)完成,整個文庫構(gòu)建方案可在2天內(nèi)完成。而且,SMART-Seq HT試劑盒具有與SMART-Seq v4試劑盒相同的靈敏度和可重復(fù)性。核心的SMART技術(shù),是一種對全轉(zhuǎn)錄組研究,以及包括細(xì)胞內(nèi)剪接位點(diǎn),可變剪接研究的非常強(qiáng)大的工具,且可以檢測全長基因。 Oligo(dT)可以從高品質(zhì)總RNA(RIN> 8)或完整細(xì)胞中特異性擴(kuò)增mRNA。 通過采用LNA技術(shù),提升了模板轉(zhuǎn)換的效率與基因檢出數(shù)等性能。
SS-HT PLUS Kit在包含核心的cDNA合成試劑基礎(chǔ)上,同時(shí)整合了Takara Bio Group專利性的文庫構(gòu)建技術(shù)(U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727
,10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823及單次使用的雙端特殊index(UDI),提供完整的單細(xì)胞cDNA合成到文庫構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)體驗(yàn)。建庫試劑中包含片段化酶,以實(shí)現(xiàn)對合成cDNA的片段化,接著利用特別的莖環(huán)形接頭構(gòu)建高品質(zhì)illumina文庫。在建庫階段,單管兩步操作、過程中無需純化、2 h即可建成文庫!
 
SS-HT Kit:流程縮短、性能不變!
圖1 SMART-Seq HT的技術(shù)流程
 
圖2 SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比較
 
SMART-Seq HT(右)是由SMART-Seq v4方法(左)經(jīng)過改進(jìn)而來的一個手動操作時(shí)間更短的高通量工作流程。使用FACS方法獲得單細(xì)胞,SMART-Seq HT試劑盒只需3個操作步驟即可制備cDNA,而SMART-Seq v4試劑盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一個重要步驟是一步RT-PCR,即使用一步RT-PCR緩沖液,進(jìn)行高效的反轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增cDNA的過程。
 
圖3 使用SMART-seq v4 kit和SMART-Seq HT kit從FACS分選的293T細(xì)胞中獲得的高重復(fù)性的基因表達(dá)數(shù)據(jù)
 
使用SMART-Seq v4試劑盒(SSv4_1-SSv4_12)和SMART-Seq HT試劑盒( HT_1-HT_9)(上圖)從21個293T細(xì)胞單細(xì)胞制備文庫,并對每個細(xì)胞獲得的基因表達(dá)性進(jìn)行評估。層次聚類熱圖展示了所有細(xì)胞之間的Euclidean distances,并顯示從0.74到0.97的Pearson相關(guān)性。不僅用相同試劑盒制備的細(xì)胞之間可以觀察到非常高的相關(guān)性,而在兩種試劑盒之間的相關(guān)性也非常高。這些數(shù)據(jù)表明,SMART-Seq HT的工作流程與SMART-Seq v4相比,在基因表達(dá)分析中沒有顯著的偏差。
 
SS-HT PLUS Kit:不只是一個Kit,更是完整的單細(xì)胞RNA-Seq建庫體驗(yàn)!
為了使單細(xì)胞cDNA合成、文庫構(gòu)建實(shí)驗(yàn)“一步”到位,我們?nèi)峦瞥隽薙S-HT PLUS Kit。
 
 
從高靈敏度、高重復(fù)性的cDNA合成出發(fā),構(gòu)建更高品質(zhì)illumina文庫
 
Takara科學(xué)家從10 pg小鼠腦total RNA起始,采用SMART-Seq HT Kit完成cDNA合成。隨后分別使用SS-HT Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模塊與市面上較常用的A公司試劑盒構(gòu)建文庫,并比較性能差異。
 
(比較數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.)
 
從測試數(shù)據(jù)中可以看出,SS-HT PLUS Kit所建文庫的產(chǎn)量是A公司Kit產(chǎn)量的5倍,而更高的文庫產(chǎn)量更適于高通量型Illumina測序儀,如Novaseq。
 
兩種方法所建文庫隨后用Nextseq 500完成測序,并對TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。SS-HT PLUS文庫能比A公司文庫多檢出10%的基因,從同樣的cDNA起始能“捕獲”更全的信息!
 
 
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更多實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù):
SS-HT Kit
SS-HT Plus Kit
 
延伸閱讀:
單細(xì)胞NGS解決方案
 
 

頁面更新:2024-11-28 14:48:11