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人單細(xì)胞TCR profiling分析SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
品牌	Code No.	產(chǎn)品名稱	包裝量	價格（元）	說明書	數(shù)量
Clontech	634431	SMARTer^® Human scTCR a/b Profiling Kit	96 Rxns	￥50,363
Clontech	634432	SMARTer^® Human scTCR a/b Profiling Kit	480 Rxns	￥155,860

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無標(biāo)題文檔

SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit—
闡明單細(xì)胞中T細(xì)胞受體Alpha-Beta 鏈配對

· 工作流程靈活—可以利用FACS（流式細(xì)胞術(shù)）或手動分選細(xì)胞構(gòu)建 Illumina測序文庫
· 易于使用—優(yōu)化的index允許將96個細(xì)胞混合制成12個文庫，
并可以進(jìn)一步混合在一個flow-cell lane中測序
· 靈敏度高—基于RACE方法可以檢測低豐度TCR變異體
· 特異性好—完整reads，大部分reads可以比對到目標(biāo)區(qū)域，提供準(zhǔn)確鏈配對信息

盡管批量T細(xì)胞測序有助于進(jìn)一步了解T細(xì)胞受體庫（TCR）多樣性，但是批量測序不能確定T細(xì)胞群內(nèi)特定的alpha-beta 受體鏈配對信息。由于特定的TCR alpha-beta鏈配對介導(dǎo)抗原特異性，獲得配對信息對于深入了解抗原識別，靶向免疫治療TCR的有效設(shè)計至關(guān)重要，也有助于確立T細(xì)胞群的祖先關(guān)系。單個T細(xì)胞測序可以確定特定細(xì)胞的配對信息，但是價格可能非常昂貴并涉及復(fù)雜的分析，因為大部分方法需要對大量的細(xì)胞測序。

使用SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit可以解決這些問題，在SMART cDNA Synthesis中通過采用一系列indexed oligo可以將手動或FACS分選的96個樣品制成12個測序pool，并且這12個pool可以進(jìn)一步混合，這樣所有的96個樣品可以在一個flow-cell lane 中測序。與用于大量樣品測序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一樣，試劑采用了SMART cDNA synthesis和RACE方法，通過進(jìn)一步的TCR基因特異性PCR完整捕獲和擴(kuò)增TCR-alpha 和TCR-beta可變區(qū)構(gòu)建Illumina測序文庫，為TCR測序提供了一種高靈敏度的方法。

如果您需要軟件對采用本試劑盒構(gòu)建文庫測序獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行demultiplex分析，請登錄SMARTer Human scTCR Demultiplexer。

圖1. 在單細(xì)胞水平進(jìn)行T細(xì)胞研究的優(yōu)勢。

Panel A. T細(xì)胞受體alpha鏈 (TCR-α) 和beta鏈組成示意圖。 Panel B. 示意了難以從批量細(xì)胞測序數(shù)據(jù)中獲得alpha鏈 (TCR-α) 和beta鏈配對信息。針對稀有克隆型可以分析部分細(xì)胞中的配對信息（橙色克隆型），但是對于高表達(dá)的克隆型(TCRA V2J1, TCRA V2J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2)可能有4種配對組合。

圖2. SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit技術(shù)流程及pooling策略。

Panel A. 第一鏈cDNA合成由dT引物（RT引物）起始，MMLV型逆轉(zhuǎn)錄酶（RT）會在mRNA 5’端添加幾個非模板核苷酸。SMART-Seq Indexed Oligos與這幾個非模板核苷酸互補(bǔ)結(jié)合作為模板，通過RT在第一鏈cDNA末端添加額外核苷酸序列（也就是模板轉(zhuǎn)換步驟）。試劑盒中提供8種不同的SMART-Seq Indexed Oligo，每一個SMART-Seq Indexed Oligo中內(nèi)嵌唯一的六堿基index作為細(xì)胞barcode，用于下游pooling細(xì)胞的識別。通過RT添加到cDNA末端的額外序列-被稱為“SMART sequence”-作為接下來幾輪PCR擴(kuò)增的引物結(jié)合位點，確保只有來自于全長cDNA的序列才能被擴(kuò)增。經(jīng)過pool（Panel B所示）和純化后，通過連續(xù)兩輪基因特異性PCR擴(kuò)增來自于TCR-α 和/或 TCR-β可變區(qū)的cDNA序列。第一輪PCR采用擴(kuò)增過的雙鏈cDNA為模板，正向引物與SMART sequence互補(bǔ)，同時包含Illumina Read 2序列（TCR Primer 1），反向引物與TCR-α和TCR-β的恒定區(qū)（即不變區(qū)）互補(bǔ)（TCR a/b Human Primer 1）。第二輪PCR以第一輪PCR產(chǎn)物為模板，采用的正向引物與第一輪PCR添加的Read 2 序列互補(bǔ)。反向引物與恒定區(qū)結(jié)合，位于PCR1 primers內(nèi)側(cè) (TCR a/b Human Primer 2 Reverse HT Index)，擴(kuò)增TCR-α和TCR-β cDNA的完整可變區(qū)及部分恒定區(qū)。正向引物和反向引物包含適用于Illumina測序平臺的接頭序列和index，可以將多達(dá)96個樣品混合用于在一個flow-cell lane中測序。Panel B. 按列混合樣品，這樣每個pool中包含8個細(xì)胞，每個細(xì)胞帶有不同index的SMART-Seq Indexed Oligo 。在PCR 2中通過正向和反向HT indexes的不同組合使用，可以將多樣品進(jìn)一步混合在一個flow-cell lane 中測序（更多信息參見User Manual）。

圖3. 96孔板中混合細(xì)胞群的分析。

Panel A. 基于鑒別每孔的克隆型確定細(xì)胞種類。遺漏的7個細(xì)胞沒能通過對高于閾值的TCR-α 或TCR-β的reads數(shù)分析確定克隆型。Panel B. 配對信息分析。分析獲得了平板中34個細(xì)胞的TCR-αβ配對克隆型。Panel C. 以百分比展示了分析細(xì)胞的alpha，beta，或alpha-beta配對信息。遺漏的細(xì)胞沒有包括在分析數(shù)據(jù)中。


Technote：點擊圖片查看			SMART human scTCR-seq：點擊圖片下載

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視頻資料：在單細(xì)胞水平對人T細(xì)胞受體庫分析的解決方案

Takara Bio USA公司Dr. Ankita Das和Dr. Sarah Taylor探討可以實現(xiàn)分析每個細(xì)胞中的TCRα和TCRβ鏈的可變區(qū)全長序列，構(gòu)建測序文庫的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit。

頁面更新：2024-01-31 13:52:35

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