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產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置：首頁> 產(chǎn)品選擇指南 > NGS相關(guān)制品 > 單細(xì)胞 RNA-Seq > 單細(xì)胞mRNA全長分析SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
單細(xì)胞mRNA全長分析SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 價格（元） 說明書 數(shù)量
Clontech 634786 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 24 Rxns ￥18,634
Clontech 634787 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 96 Rxns ￥63,356
Clontech 634788 SMART-Seq mRNA Single Cell LP 4×96 Rxns ￥228,082
Clontech 634789 SMART-Seq mRNA Single Cell 24 Rxns ￥15,791
Clontech 634790 SMART-Seq mRNA Single Cell 96 Rxns ￥53,691
Clontech 634785 SMART-Seq mRNA Single Cell 4×96 Rxns ￥193,290
無標(biāo)題文檔
SMART-Seq mRNA Single Cell LP & SMART-Seq mRNA Single Cell
◆ 操作簡便，基于Plate的工作流程 - 可直接以FACS或其他方法分選的單細(xì)胞起始
◆ 單管操作流程 - SMART-Seq mRNA Single Cell LP包含完整的cDNA合成和文庫構(gòu)建流程，分別在單管中進行，減少樣品損失與混淆，降低手動操作誤差
◆ 靈敏度高且一致性好 - 非常適用于單細(xì)胞（尤其是RNA含量非常低的細(xì)胞和細(xì)胞核）RNA-Seq的研究，可檢測更多基因
◆ 可靠的全長cDNA分析 - 性能優(yōu)于許多現(xiàn)有的單細(xì)胞全長cDNA合成方法，例如Smart-seq2
◆ 測序性能 - SMART-Seq mRNA Single Cell LP搭配Unique Dual Index kits（單獨購買)，即便多個文庫pool后用高通量型Illumina測序儀（如Novaseq）分析，也能得到正確結(jié)果
◆ 更高的文庫產(chǎn)量 - 更便于使用高通量型Illumina測序儀分析（如Novaseq），或保存剩余的文庫用于多次測序
◆ 高度靈活的工作流程 - 可與自動化設(shè)備兼容
    ◇ SPT Labtech mosquito HV user guide
    ◇ Formulatrix MANTIS Microfluidic Liquid Handler user guides
        · Full-volume
        · Quarter-volume

 
■ 產(chǎn)品說明：
SMART-Seq mRNA Single Cell Kit (SSmRNA Single Cell) 和SMART-Seq mRNA Single Cell LP Kit (SSmRNA Single Cell LP) 是兩款具有高靈敏度和高可再現(xiàn)性、適用于單細(xì)胞和單個細(xì)胞核的RNA-Seq分析試劑盒。試劑盒采用oligo（dT）引物，可從一些RNA含量非常低的單細(xì)胞（如PBMC、T細(xì)胞、B細(xì)胞）直接起始，合成高品質(zhì)的全長cDNA。使用SSmRNA Single Cell LP kit搭配 Unique Dual Index kits （單獨購買)，最多可以制備384 Illumina測序文庫。SSmRNA Single Cell LP kit提供完整的單細(xì)胞RNA-Seq分析流程，包含從樣本制備cDNA、文庫構(gòu)建以及搭配使用的生物信息學(xué)分析軟件進行數(shù)據(jù)分析的流程。
SSmRNA Single Cell是基于SMART技術(shù)(Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template)，提供全長轉(zhuǎn)錄本信息，支持分析轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體、融合基因、點突變等，具有更高的再現(xiàn)性和均一的gene body覆蓋度，而且高GC含量轉(zhuǎn)錄本也能得到正確的分析。同時，Takara科學(xué)家對這一技術(shù)進行優(yōu)化改良，使得這個試劑盒更適合單細(xì)胞分析，能得到更多有效reads、更高的基因檢測數(shù)，對珍貴樣本的分析更加深入！
SSmRNA Single Cell LP在包含核心的cDNA合成試劑基礎(chǔ)上，同時整合了Takara Bio Group專利性的文庫構(gòu)建技術(shù)（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及單次使用的雙端特殊index（UDI），提供完整的單細(xì)胞cDNA合成到文庫構(gòu)建的實驗體驗。建庫試劑中包含片段化酶，以實現(xiàn)對合成cDNA的片段化，利用特別的莖環(huán)形接頭構(gòu)建高品質(zhì)Illumina文庫。在建庫階段，單管兩步操作、過程中無需純化、2 h即可建成文庫！
如果是以高品質(zhì)的少量細(xì)胞(＜1,000)或者微量Total RNA起始時，推薦使用SMART-Seq mRNA LP Kit或SMART-Seq mRNA LP (with UMIs) Kit。
如果是以隨機引物起始，對少量細(xì)胞或者降解的Total RNA樣本進行RNA-Seq分析時，推薦使用SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)。
 
■ 實驗流程概要：
圖1. SMART-Seq mRNA Single Cell & SMART-Seq mRNA Single Cell LP的cDNA合成流程
 
圖2. SMART-Seq mRNA Single Cell LP的文庫制備工作流程
 
■ 數(shù)據(jù)展示：
注：以下展示來源于SMART-Seq Single Cell Kit (SSsc) 和 SMART-Seq Single Cell PLUS (SSsc PLUS)的數(shù)據(jù)。因為兩者分別是SMART-Seq mRNA Single Cell 和SMART-Seq mRNA Single Cell LP等效替換品。
 
● 靈敏度更高的單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄組分析
圖3. 與Smart-seq2法的比較
 
Takara科學(xué)家以淋巴母細(xì)胞系GM12878單細(xì)胞為樣本制備文庫，分別采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc，18個重復(fù))和Smart-seq2法（Smart-seq2，20個重復(fù)）合成cDNA（均進行19個PCR循環(huán)擴增），所有樣本都均一化至1.75M paired-end reads，然后制備RNA-Seq文庫并進行測序分析。
Panel A 根據(jù)cDNA的制備方法不同，結(jié)果也不同。相比而言，Smart-seq2結(jié)果中比對到線粒體基因組的比率較高，而檢測到基因鑒別的reads數(shù)相對較少。
Panel B SMART-Seq Single Cell Kit能檢測到比Smart-seq2更多的基因。
 
● SMART-Seq mRNA Single Cell LP提供完整的單細(xì)胞RNA-Seq建庫體驗！
圖4. 與其他同類產(chǎn)品比較數(shù)據(jù)
 
Panel A. 以10 pg小鼠腦total RNA起始，采用SMART-Seq Single Cell Kit完成cDNA合成。隨后分別采用SSsc Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模塊與市面上較常用的A公司試劑盒構(gòu)建文庫，并比較性能差異。
Panel B. 從測試數(shù)據(jù)中可以看出，SSsc PLUS Kit所建文庫的產(chǎn)量是A公司Kit產(chǎn)量的5倍，而更高的文庫產(chǎn)量更適于高通量型Illumina測序儀，如Novaseq。
Panel C. 兩種方法所建文庫隨后用Nextseq 500完成測序，并對TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因數(shù)進行統(tǒng)計。相較于A公司文庫，SSsc PLUS文庫能檢出更多的基因，從同樣的cDNA起始能“捕獲”更全的信息！
 
 
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頁面更新：2024-08-21 15:54:55

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