單細胞/微量樣本鏈特異性RNA-Seq分析
SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian) |
· 高靈敏度:僅需7 h即可完成測序文庫的制備
· 兼容性廣:支持1-1,000個完整的哺乳動物細胞或10 pg-10 ng(降解或者高質(zhì)量)total RNA起始
· 再現(xiàn)性高:可以對單細胞或者total RNA,準確檢測包含編碼和非編碼RNA在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組
· 準確性高:保留鏈特異性,獲得全長總RNA序列信息 |
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注:SMART-Seq Total RNA-Seq Single Cell (ZapR Mammalian) 是SMART-Seq Stranded Kit的替代品,性能提升,如下所示: |
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i:提升ZapR技術(shù)去除rRNA cDNA效率,以更好地剔除不需要的reads信息
ii:試劑盒中不包含index,但可以與Unique Dual Index (UDI) kits(24Rxns,96Rxns)靈活地搭配使用 |
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■ 產(chǎn)品說明 |
SMART-Seq Total RNA-Seq Single Cell (ZapR Mammalian)采用隨機引物法,可以在單細胞水平分析包括編碼和非編碼RNA在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組。本試劑盒包含用于生成鏈特異性文庫的試劑,包括cDNA合成和擴增模塊,以及ZapR rRNA去除模塊。
本試劑盒采用 SMART 技術(shù)(Switching Mechanism at the 5' end of RNA Template) ,包括對鏈特異性RNA-Seq的SMART方法進行改良,簡化了文庫制備流程并提升了測序性能。此外,與SMART-Seq mRNA和SMART-Seq mRNA HT不同,使用隨機引物而不是oligo (dT) 引物起始反轉(zhuǎn)錄反應,因此捕獲的是全部轉(zhuǎn)錄組而不僅僅是編碼RNA部分。
SMART-Seq Total RNA-Seq Single Cell (ZapR Mammalian) 專門設(shè)計用于從單個細胞起始提供靈敏度高和重復性好的數(shù)據(jù),同時操作流程短。本試劑不需要額外的rRNA去除方法或者試劑盒,并且生成的是保留鏈來源的測序文庫。
如果是以oligo-dT引物起始對單細胞或者微量高品質(zhì)的RNA進行cDNA合成時,推薦使用SMART-Seq mRNA LP (with UMIs), SMART-Seq mRNA LP,或SMART-Seq mRNA HT LP。
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不同樣品起始量解決方案
·10-100 ng總RNA,推薦使用SMART-Seq Total RNA Mid Input
·100 ng-1 μg總RNA,推薦使用SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
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■ 流程概要 |
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■ 性能數(shù)據(jù) |
☆ 不同起始量RNA樣本起始,均可有效去除核糖體RNA來源cDNA
選擇10 pg和10 ng的人腦RNA樣本起始,使用SMART-Seq Total RNA Pico Input制備文庫。之后分別采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit試劑盒中的模塊處理(+)和未處理(-),并通過PCR擴增進行富集或者不進行處理。最后使用CogentAP 對2x106 PE reads進行數(shù)據(jù)分析。兼容不同起始量起始樣本,有效地去除rRNA來源的cDNA。
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Panel A的柱狀圖和Panel B的表格數(shù)據(jù)展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit處理(+)和未處理(-)的文庫的reads分布
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☆ 不同起始量RNA樣本起始,均可獲得可靠的結(jié)果
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Panel A的柱狀圖和Panel B的表格數(shù)據(jù)分別展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit處理(+)和未處理(-)的文庫基因檢測數(shù)和轉(zhuǎn)錄本檢測數(shù)
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