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機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置:首頁> 產(chǎn)品選擇指南 > NGS相關(guān)制品 > 單細(xì)胞 RNA-Seq > 單細(xì)胞/微量樣本mRNA全長分析SMART-Seq mRNA HT LP & SMART-Seq mRNA HT
單細(xì)胞/微量樣本mRNA全長分析SMART-Seq mRNA HT LP & SMART-Seq mRNA HT
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 價格(元) 說明書 數(shù)量
Clontech 634792 SMART-Seq® mRNA HT LP 24 Rxns ¥9,799
Clontech 634793 SMART-Seq® mRNA HT LP 96 Rxns ¥39,031
Clontech 634794 SMART-Seq® mRNA HT LP 4×96 Rxns ¥145,460
Clontech 634795 SMART-Seq® mRNA HT 24 Rxns ¥8,007
Clontech 634796 SMART-Seq® mRNA HT 96 Rxns ¥30,839
Clontech 634791 SMART-Seq® mRNA HT 4×96 Rxns ¥112,682
無標(biāo)題文檔
SMART-Seq mRNA HT LP & SMART-Seq mRNA HT
◆ 自動化友好型 - 兼容自動化工作站,更少的時間分析更多的樣本
◆ 高靈敏度 - 可以從單細(xì)胞或10 pg總RNA起始(起始量:1-100個細(xì)胞或10 pg-1 ng總RNA)
◆ 高質(zhì)量的RNA-Seq數(shù)據(jù) - 保留全長基因信息,低rRNA比率,高基因檢出數(shù),有效擴(kuò)增GC-rich轉(zhuǎn)錄本
◆ 單管操作流程 - SMART-Seq mRNA HT包含完整的cDNA合成和文庫構(gòu)建流程,分別在單管中進(jìn)行,減少樣品損失與混淆,降低手動操作誤差
◆ 增強(qiáng)的測序性能 - SMART-Seq mRNA HT搭配使用整合雙端特殊index(UDI),即便多個文庫pool后用高通量型Illumina測序儀(如Novaseq)分析,也能得到正確結(jié)果
◆ 更高的文庫產(chǎn)量 - 更便于使用高通量型Illumina測序儀測序(如Novaseq),或保存剩余的文庫用于多次測序

 

■ 產(chǎn)品說明:
SMART-Seq mRNA HTSMART-Seq mRNA HT LP均兼容自動化移液工作站,采用oligo(dT)引物,支持1-100個細(xì)胞或10 pg-1 ng總RNA起始,合成高品質(zhì)的全長cDNA。SMART-Seq mRNA HT包含核心cDNA合成試劑,SMART-Seq mRNA HT LP在此基礎(chǔ)上,同時包含文庫構(gòu)建試劑,并且搭配Unique Dual Index kits(單獨購買)使用,最多可以制備384個Illumina測序文庫。
SMART-Seq mRNA HT具有簡化的操作流程,可用于FACS下游,并且由于引入了一步RT-PCR擴(kuò)增步驟,從而減少了手動操作時間。本試劑的核心技術(shù)-SMART技術(shù)(Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template),是一種對全轉(zhuǎn)錄組研究,以及包括細(xì)胞內(nèi)剪接位點、可變剪接研究的強(qiáng)大的工具,并且可以檢測全長基因。Oligo(dT)可用于從高品質(zhì)總RNA(RIN> 8)或完整細(xì)胞中特異性擴(kuò)增mRNA。通過采用LNA技術(shù),提升了模板轉(zhuǎn)換的效率與基因檢出數(shù)等性能。
SMART-Seq mRNA HT LP在包含核心的cDNA合成試劑基礎(chǔ)上,同時整合了文庫構(gòu)建技術(shù),提供完整的單細(xì)胞cDNA合成到文庫構(gòu)建的實驗體驗。建庫試劑中包含片段化酶,以實現(xiàn)對合成cDNA的片段化,接著利用特別的莖環(huán)形接頭構(gòu)建高品質(zhì)Illumina文庫。在建庫階段,單管兩步操作、過程中無需純化、2 h即可建成文庫!
如果是以隨機(jī)引物起始,對少量細(xì)胞或者降解的Total RNA樣本進(jìn)行RNA-Seq分析時,推薦使用SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR Mammalian)
 
■ 實驗流程概要:
圖1. SMART-Seq mRNA HT LP的技術(shù)流程
 
■ 數(shù)據(jù)展示:
注:SMART-Seq mRNA HT LP和SMART-Seq mRNA HT是SMART-Seq HT PLUS Kit和SMART-Seq HT Kit的等效替代品。
以下展示來源于SMART-Seq HT Kit和 SMART-Seq HT PLUS Kit的數(shù)據(jù)。
 
SMART-Seq HT有更簡潔的操作流程
圖2. SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比較
 
SMART-Seq HT(右)是由SMART-Seq v4方法(左)改進(jìn)而來的一個手動操作時間更短的高通量工作流程。使用FACS方法獲得單細(xì)胞,SMART-Seq HT試劑盒只需3個操作步驟即可制備cDNA,而SMART-Seq v4試劑盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一個重要步驟是一步RT-PCR,即使用一步RT-PCR緩沖液,進(jìn)行高效的反轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增cDNA的過程。
 
SMART-Seq HT和SMART-Seq v4之間的基因表達(dá)分析比較
  Sequencing metrics comparing SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits
  RNA source 10 pg Mouse Brain Total RNA
  cDNA synthesis SMART-Seq v4 SMART-Seq HT
  Replicate A B C A B C
  Yield (ng) 7.3 8.5 9.4 9.5 9.9 9.2
  Number of
  transcripts
14,168 13,934 14,147 14,510 14,650 14,553
11,455 11,267 11,349 11,582 11,670 11,454
  Number of
  transcripts
14,168 13,934 14,147 14,510 14,650 14,553
  Average
  Pearson/Spearman
0.97/0.67 0.97/0.68
0.96/0.66
  Proportion of reads mapped (%)
  rRNA 0.7 0.6 0.5 1.1 1.1 1.1
  Mitochondria 2.8 4.2 4.1 3.7 3.8 4.2
  Genome 92.3 90.8 86.6 89.1 89.0 87.8
  Exons 74.8 72.5 69.0 67.3 67.1 65.3
  Introns 13.3 14.1 13.3 16.9 16.9 17.4
  Intergenic regions 4.2 4.2 4.4 4.9 5.0 5.2
 
分別使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT從10 pg小鼠腦總RNA制備cDNA后,使用Illumina的Nextera XT DNA Sample Prep Kit制備文庫,之后在NextSeq上進(jìn)行測序(2 x 75 bp)。結(jié)果顯示,使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT試劑盒鑒定的轉(zhuǎn)錄本高度重疊。
 
從高靈敏度、高重復(fù)性的cDNA合成出發(fā),構(gòu)建更高品質(zhì)Illumina文庫
(比較數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.)
 
Takara科學(xué)家從10 pg小鼠腦total RNA起始,采用SMART-Seq HT完成cDNA合成。隨后分別使用SMART-Seq Library Prep Kit(SSlp)與市面上較常用的A公司試劑盒構(gòu)建文庫,并比較性能差異。
從測試數(shù)據(jù)中可以看出,SS-HT PLUS Kit所建文庫的產(chǎn)量是A公司Kit產(chǎn)量的5倍,而更高的文庫產(chǎn)量更適于高通量型Illumina測序儀,如Novaseq。
兩種方法所建文庫隨后用Nextseq 500完成測序,并對TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計。SS-HT PLUS文庫能比A公司文庫多檢出10%的基因,從同樣的cDNA起始能“捕獲”更全的信息!
 
產(chǎn)品詳情請點擊:
 
 

頁面更新:2024-08-21 15:52:57

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