注意:SMART-Seq mRNA LP和SMART-Seq mRNA是SMART-Seq v4 PLUS和SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing的等效替代品,只有如下細(xì)微變動(dòng),本次更新并不影響這些試劑盒的流程和性能。 ·SeqAmp CB PCR buffer替代SeqAmp PCR buffer,以改善核酸純化過(guò)程磁珠-沉淀物形成。 ·不再包含Afa I, 10X Afa I Buffer和0.1% BSA(因?yàn)樵趐rotocol中未使用) ·樣本的起始范圍從10 pg~10 ng擴(kuò)展到10 pg~100 ng total RNA更靈活的選擇:SMART-Seq mRNA ·LP試劑盒中不包含index,但也可以與Unique Dual Index (UDI) kits搭配使用 |
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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 Plus Kit:性能卓越的Ultra low mRNA全長(zhǎng)分析 | |||||||||||
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SMART-Seq v4 Kit(SSv4)和SMART-Seq v4 PLUS Kit是第4代SMARTer Ultra low系統(tǒng),能正確分析低至10 pg的Ultra low RNA,具有高靈敏度、高再現(xiàn)性的特點(diǎn)。 SMART-Seq v4 Kit是基于經(jīng)典的SMART技術(shù)優(yōu)化改良而來(lái)的,用于Ultra low RNA或少量細(xì)胞cDNA合成的試劑盒,提供全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的信息,支持分析轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體、融合基因、點(diǎn)突變等廣受科研人員關(guān)注的內(nèi)容,具有更高的靈敏度和再現(xiàn)性。SMART-Seq v4的Oligo中整合鎖核酸(Locked Nucleic Acid, LNA)技術(shù),提升了SSv4模板轉(zhuǎn)換效率,能獲得更高的再現(xiàn)性、更均一的gene body覆蓋度,高GC含量轉(zhuǎn)錄本也能得到正確分析。 SMART-Seq v4 PLUS Kit在包含核心的cDNA合成試劑基礎(chǔ)上,同時(shí)整合了Takara Bio Group專(zhuān)利性的文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)(U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823)及單次使用的雙端特殊index(UDI),提供完整的Ultra low RNA或少量細(xì)胞由cDNA合成到文庫(kù)構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)體驗(yàn)。建庫(kù)試劑中包含片段化酶,以實(shí)現(xiàn)對(duì)合成cDNA的片段化,接著利用特別的莖環(huán)形接頭構(gòu)建高品質(zhì)Illumina文庫(kù)。在建庫(kù)階段,單管兩步操作、過(guò)程中無(wú)需純化、2 h即可建成文庫(kù)! |
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■ SSv4 Kit:更受客戶認(rèn)可的經(jīng)典技術(shù)! | |||||||||||
圖1. SMART-Seq v4 模板轉(zhuǎn)換機(jī)制 | |||||||||||
表1. 1、100、1000個(gè)Hela細(xì)胞主要mRNA-Seq數(shù)據(jù) (Illumina® MiSeq® platform) | |||||||||||
表2. 10 pg-10 ng的人腦總RNA的mRNA-Seq (Illumina® MiSeq® platform) | |||||||||||
■ SSv4 PLUS Kit:不只是一個(gè)Kit,更是完整的Ultra low RNA-Seq建庫(kù)體驗(yàn) | |||||||||||
為了使Ultra low RNA或少量細(xì)胞cDNA合成、文庫(kù)構(gòu)建實(shí)驗(yàn)“一步”到位,我們?nèi)峦瞥隽薙Sv4 PLUS Kit,從此您無(wú)需再單獨(dú)購(gòu)買(mǎi)建庫(kù)模塊,也不用“忍受”不同廠家不同步的供貨周期。 | |||||||||||
從高靈敏度、高重復(fù)性的cDNA合成出發(fā),構(gòu)建更高品質(zhì)Illumina文庫(kù) | |||||||||||
Takara科學(xué)家從10 pg小鼠腦total RNA起始,采用SMART-Seq v4 Kit完成cDNA合成。隨后分別使用SSv4 Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模塊與市面上較常用的A公司試劑盒構(gòu)建文庫(kù),并比較性能差異。 | |||||||||||
比較數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc. | |||||||||||
從測(cè)試數(shù)據(jù)中可以看出,SSv4 PLUS Kit所建文庫(kù)的產(chǎn)量高于A公司Kit產(chǎn)量,而更高的文庫(kù)產(chǎn)量更適于高通量型Illumina測(cè)序儀,如Novaseq。 | |||||||||||
兩種方法所建文庫(kù)隨后用Nextseq 500完成測(cè)序,并對(duì)TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。SSv4 PLUS文庫(kù)能比A公司文庫(kù)檢出更多基因,從同樣的cDNA起始能“捕獲”更全的信息! | |||||||||||
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更多實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù): | |||||||||||
SSv4 Kit | |||||||||||
SS v4 Plus Kit | |||||||||||
延伸閱讀: | |||||||||||
單細(xì)胞NGS解決方案 | |||||||||||
頁(yè)面更新:2024-05-21 08:11:21