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與疫情賽跑,一步法RT-qPCR快速篩查新冠病毒

 
多人死亡,往返中國的航班取消,潛在接觸者被隔離,促使世界衛(wèi)生組織(WHO)宣布新型冠狀病毒(2019-nCoV)疫情被劃入“國際關(guān)注的突發(fā)公共衛(wèi)生事件”(PHEIC)。截至2020年2月10日,2019-nCoV引發(fā)的呼吸道疾病已導(dǎo)致全球1000余人死亡,4萬余人確診患病。
 
冠狀病毒是一類能引起上呼吸道和下呼吸道疾病的病毒,具有類似太陽冠冕的特征性尖刺外觀。許多常見的冠狀病毒通常會導(dǎo)致輕度到中度的癥狀,但有些病毒會導(dǎo)致嚴(yán)重的癥狀,并可能發(fā)展為致命的肺炎,比如在2003年爆發(fā)的SARS-CoV 和2015年的MERS-CoV。由于2019-nCoV引發(fā)的肺炎導(dǎo)致多人死亡,且可能潛在的無癥狀個體傳播,因此,對該病毒進行有效的實驗室篩查對控制此次疫情至關(guān)重要。
 
2020年1月24日,中國疾病預(yù)防控制中心等權(quán)威機構(gòu)發(fā)布了鑒定2019-nCoV的文獻(xiàn)《A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019》。文章中,作者開發(fā)了一種病毒篩選方法,通過RNA-Seq技術(shù)獲得了特異性病毒序列,對2019-nCoV進行測序和分類,還使用光鏡和透射電鏡觀察了2019-nCoV感染的人呼吸道上皮細(xì)胞中培養(yǎng)物的病毒顆粒和細(xì)胞病變效應(yīng)。這其中使用了Takara探針法One Step PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time)(Code No. RR064)。
 
中國科學(xué)院武漢病毒研究所發(fā)表的文章《Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin》,已經(jīng)鑒定出該病毒在整個基因組水平上與蝙蝠冠狀病毒96%相同,對7種保守的非結(jié)構(gòu)蛋白的成對序列分析表明,該病毒屬于SARSr-CoV。重要的是,他們證實2019-nCoV使用了與SARS冠狀病毒相同的細(xì)胞進入受體ACE2。該團隊使用了Takara的SMARTer RACE 5'/3' Kit(Code No. 634858) 用于確定病毒基因組的5'末端序列。
 
另一個研究小組(Letko和Munster 2020)利用Takara高效率無縫克隆技術(shù)In-Fusion HD Cloning Kit(Code No. 639648)克隆了該病毒的刺突編碼序列,研究了2019-nCoV的細(xì)胞進入機制。
 
類似的方法已經(jīng)被許多組織用來識別這種特殊病毒的其他部分。中國疾病預(yù)防控制中心推薦了One Step PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time)(Code No. RR064)用于2019-nCoV的檢測,并已經(jīng)在中國各地被廣泛使用。世界衛(wèi)生組織(WHO)和疾病預(yù)防控制中心(CDC)已經(jīng)開發(fā)出類似的方法,隨著更多病例的報道,WHO將對病毒檢測方法提出更多建議。
 
我們正迅速行動,以滿足中國以及其他國家不斷增加的2019-nCoV篩查需求。
Takara 愿以高質(zhì)量的產(chǎn)品和熱忱的服務(wù),為2019-nCoV篩查貢獻(xiàn)綿薄之力。
 
山川異域,風(fēng)月同天。守望相助,眾志成城。
 
Takara提供2019-nCoV篩查完整解決方案
產(chǎn)品 Code No. 包裝量 用途
DNA-OFF® 9036 500 ml 去除實驗區(qū)域DNA污染
RNase-OFF® 9037 500 ml 去除RNase污染
TaKaRa MiniBEST Viral RNA/DNA Extraction Kit Ver.5.0 9766 50 次 柱式法病毒核酸提取
RNAiso Plus 9108/9109 100/200 ml 試劑型Total RNA提取
One Step PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time) RR064A/B 100/500 次 (50 μl反應(yīng)) probe法One Step RT-qPCR
PrimeDirect® Probe RT-qPCR Mix RR650A/B 200/1,000 次(25 μl反應(yīng)) 無需RNA純化,直接進行probe法One Step RT-qPCR
PrimeDirect® Probe RT-qPCR Mix, with UNG RR651A/B 200/1,000 次(25 μl反應(yīng)) RR650的UNG版本,防止假陽性
One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix RR600A/B 200/1,000 次(25 μl反應(yīng)) 完全premix型probe法One Step RT-qPCR
One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix, with UNG RR601A/B 200/1,000 次(25 μl反應(yīng)) RR600的UNG版本,防止假陽性
Uracil DNA Glycosylase (UNG), heat-labile 2820 200 U 防止Carryover污染導(dǎo)致的假陽性
dU plus dNTP Mixture (12.5×) 4035 800 μl 防止Carryover污染導(dǎo)致的假陽性
dNTP Mixture 4030 各3.2 μmol/1.28 ml PCR底物
dNTP Mixture 4019 各2.5 μmol/250 μl PCR底物
Reverse Transcriptase M-MLV (RNase H-) 2641A/B 10,000/40,000 U 反轉(zhuǎn)錄酶
Recombinant RNase Inhibitor 2313A/B 5,000/25,000 U RNase抑制劑
T7 RNA Polymerase 2540A/B 5,000 U/25,000 U RNA標(biāo)準(zhǔn)品的體外轉(zhuǎn)錄
RNase-free Water 9012 1 ml×10 支 RNA實驗用水
 
除上述目錄產(chǎn)品外,Takara不斷完善病毒檢測方案,提供WHO、中國疾病預(yù)防控制中心公布指導(dǎo)的引物探針套裝、美國疾病控制與預(yù)防中心公布指導(dǎo)的引物探針套裝。
同時,引物探針套裝中還增加了所有檢測靶點Control RNA產(chǎn)品。
 
一、新型冠狀病毒(2019-nCoV)ORF1ab基因、E蛋白基因、N蛋白基因檢測套裝:
序號 Primer/Probe名稱* 堿基序列 (方向為5' to 3')* 5'修飾 3'修飾 Control RNA**
01 2019-nCoV RdRP_SARSr-F2 GTG ARA TGG TCA TGT GTG GCG G     Ger-RdRP
02 2019-nCoV RdRP_SARSr-R1 CAR ATG TTA AAS ACA CTA TTA GCA TA    
03 2019-nCoV RdRP_SARSr-P2 CAG GTG GAA CCT CAT CAG GAG ATG C FAM BHQ-1
04 2019-nCoV RdRP_SARSr-P1 CCA GGT GGW ACR TCA TCM GGT GAT GC FAM BHQ-1
05 2019-nCoV E_Sardeco-F1 ACA GGT ACG TTA ATA GTT AAT AGC GT     Ger-E
06 2019-nCoV E_Sardeco-R2 ATA TTG CAG CAG TAC GCA CAC A    
07 2019-nCoV E_Sardeco-P1 ACA CTA GCC ATC CTT ACT GCG CTT CG FAM BHQ-1
08 2019-nCoV N_Sarbeco_F1 CAC ATT GGC ACC CGC AAT C     Ger-N
09 2019-nCoV N_Sarbeco_R1 GAG GAA CGA GAA GAG GCT TG    
10 2019-nCoV N_Sarbeco_P1 ACT TCC TCA AGG AAC AAC ATT GCC A FAM BHQ-1
 
二、新型冠狀病毒(2019-nCoV)ORF1ab/N基因檢測套裝:
序號 Primer/Probe名稱* 堿基序列 (方向為5' to 3')* 5'修飾 3'修飾 Control RNA**
11 2019-nCoV nsp14F TGG GGY TTT ACR GGT AAC CT     HK-ab1
12 2019-nCoV nsp14R AAC RCG CTT AAC AAA GCA CTC    
13 2019-nCoV nsp14P TAG TTG TGA TGC WAT CAT GAC TAG FAM TAMRA
14 2019-nCoV NF TAA TCA GAC AAG GAA CTG ATT A     HK-N
15 2019-nCoV NR CGA AGG TGT GAC TTC CAT G    
16 2019-nCoV NP GCA AAT TGT GCA ATT TGC GG FAM TAMRA
 
根據(jù)中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所公布指導(dǎo),Takara提供一個qPCR引物探針套裝:
序號 Primer/Probe名稱* 堿基序列 (方向為5' to 3')* 5'修飾 3'修飾 Control RNA**
17 CDC 2019-nCoV ORF1ab-F CCCTGTGGGTTTTACACTTAA     CDC-ORF1ab
18 CDC 2019-nCoV ORF1ab-R ACGATTGTGCATCAGCTGA    
19 CDC 2019-nCoV ORF1ab-P CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG FAM BHQ-1
20 CDC 2019-nCoV N-F GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT     CDC-N
21 CDC 2019-nCoV N-R CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG    
22 CDC 2019-nCoV N-P TTGCTGCTGCTTGACAGATT FAM TAMRA
 
根據(jù)美國疾病控制與預(yù)防中心公布指導(dǎo),Takara提供一個qPCR引物探針套裝:
序號 Primer/Probe名稱* 堿基序列 (方向為5' to 3')* 5'修飾 3'修飾 Control RNA**
23 US CDC 2019-nCoV_N1-F GACCCCAAAATCAGCGAAAT     US-N1
24 US CDC 2019-nCoV_N1-R TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG    
25 US CDC 2019-nCoV_N1-P ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC FAM BHQ-1
26 US CDC 2019-nCoV_N2-F TTACAAACATTGGCCGCAAA     US-N2
27 US CDC 2019-nCoV_N2-R GCGCGACATTCCGAAGAA    
28 US CDC 2019-nCoV_N2-P ACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAG FAM BHQ-1
29 US CDC 2019-nCoV_N3-F GGGAGCCTTGAATACACCAAAA     US-N3
30 US CDC 2019-nCoV_N3-R TGTAGCACGATTGCAGCATTG    
31 US CDC 2019-nCoV_N3-P AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG FAM BHQ-1
32 US CDC RP-F(內(nèi)參檢測用) AGATTTGGACCTGCGAGCG      
33 US CDC RP-R(內(nèi)參檢測用) GAGCGGCTGTCTCCACAAGT    
34 US CDC RP-P(內(nèi)參檢測用) TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG FAM BHQ-1
*所有引物探針為HPLC純化級別,客戶可以根據(jù)需要選擇合適的套裝。
**Control RNA產(chǎn)品需單獨訂購,訂購時請咨詢各地代理商。
 
Takara還可以提供使用簡便、性價比高、可靠的Real Time PCR儀Thermal Cycler Dice Real Time System III (Code No. TP950)。 除具有以往Takara PCR儀受到好評的友好操作軟件外,還搭載觸摸屏控制面板,可進行單機 (獨立) 操作,以追求操作簡便性。
 
 
特點介紹:
◇ 搭載觸摸屏,可獨立操作,支持英語/日語界面,儀器軟件更加追求操作簡便性。
◇ 可做高速定量PCR反應(yīng)。
使用嵌合熒光染料檢測法時,與試劑TB Green Fast qPCR Mix(Code No. RR430)搭配使用,TP950可完成快速定量PCR反應(yīng)。
◇ 專為科研用戶設(shè)計的便于操作的定量軟件。
 
 

頁面更新:2021-06-29 16:16:55