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產(chǎn)品選擇指南

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無標(biāo)題文檔
全基因組功能基因篩選，Takara輕松解決！
 
利用CRISPR/Cas9技術(shù)建立目標(biāo)物種的全基因組敲除庫或與特定功能相關(guān)的基因敲除庫，通過功能性篩選和富集及后續(xù)PCR擴(kuò)增和深度測序分析，發(fā)掘與篩選表型相關(guān)的基因，稱為sgRNA文庫篩選。合理、高效的sgRNA文庫設(shè)計是進(jìn)行基因組/代謝通路編輯的重要前提，sgRNA文庫結(jié)合高通量篩選技術(shù)在藥物研發(fā)、基因功能研究、分子診斷、疾病治療和作物育種等領(lǐng)域均發(fā)揮重要的作用（Chen et al., 2016）。

Takara Guide-it™ CRISPR全基因組sgRNA文庫系統(tǒng)，可對約19,000個基因進(jìn)行有效篩選！該文庫系統(tǒng)使用CRISPR/Cas9，在人源細(xì)胞中輕松實現(xiàn)全基因組表型敲除篩選。Lenti-X Single Shots包含了全基因組sgRNA文庫和Cas9表達(dá)系統(tǒng)，可方便制備出穩(wěn)定表達(dá)Cas9和sgRNA文庫的篩選用細(xì)胞系。
 
 
系統(tǒng)特點
★ 利用CRISPR / Cas9基因敲除，對相關(guān)基因進(jìn)行全基因組篩選
★ 相較于芯片文庫，混合文庫對于基因組的基因篩選操作簡單、成本更低
★ 共計76,000個sgRNA，可靶向約19,000個基因，有效降低脫靶效率
★ Cas9和sgRNA的導(dǎo)入使用慢病毒系統(tǒng)*，可高效導(dǎo)入廣泛細(xì)胞類型
★ ALL-IN-ONE型試劑盒，包含全套慢病毒制備所需試劑，使用方便
*本品所制備慢病毒為SIN型（self inactivating），可在生物安全防護(hù)二級實驗室條件下使用。用于導(dǎo)入sgRNA的重組慢病毒包含熒光蛋白mCherry基因。
 
一圖輕松Get篩選流程
 
通常來說，文庫系統(tǒng)可根據(jù)實驗制定陽性篩選或陰性篩選兩種實驗方案。
陽性篩選可以識別出對篩選條件敏感的基因，一旦相關(guān)基因被敲除細(xì)胞就可以在篩選中存活。在這類篩選中，大多數(shù)細(xì)胞會死亡，只有表達(dá)靶向敏感基因sgRNA的細(xì)胞才能存活。
陰性篩選則是確定了在篩選條件壓力下生存所必需的基因。在應(yīng)用篩選條件后，表達(dá)相關(guān)基因sgRNA的細(xì)胞出現(xiàn)抗篩選基因功能缺失，從而導(dǎo)致其他sgRNA在細(xì)胞中過度表達(dá)并出現(xiàn)富集。
 
經(jīng)典實驗案例：使用sgRNA文庫進(jìn)行6-硫鳥嘌呤（6-TG）耐藥性基因篩選
圖A. 將慢病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)后經(jīng)6-TG篩選細(xì)胞群、慢病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)后未經(jīng)6-TG篩選細(xì)胞群以及原始質(zhì)粒文庫*細(xì)胞群分別分離出sgRNA，并進(jìn)行測序及比較分析。靶向HPRT（紅色）和NUDT5（黑色）的四種sgRNA均在6-TG篩選的細(xì)胞群（藍(lán)色）中出現(xiàn)富集表達(dá)。圖中灰色表示原始質(zhì)粒文庫中sgRNA的表達(dá)，橙色表示未經(jīng)6-TG篩選的細(xì)胞群中sgRNA的表達(dá)。
圖B. 藍(lán)色表示經(jīng)6-TG篩選后sgRNA發(fā)生的變化。圖中紅色和橙色代表在相關(guān)性分析中，被富集的sgRNA被重點標(biāo)注出。插圖為與未經(jīng)篩選的細(xì)胞相比，在篩選后的細(xì)胞中作用于HPRT的4條sgRNAs的富集倍數(shù)。
 
*原始質(zhì)粒文庫指構(gòu)建在慢病毒載體上的sgRNA文庫，實驗表明CRISPR全基因組sgRNA文庫系統(tǒng)能夠在目標(biāo)細(xì)胞群體的轉(zhuǎn)導(dǎo)和選擇過程中保持sgRNA的代表性。
 
參考文獻(xiàn)：
Chen C, Sha H, Yang B, et al. Establishment and optimization of genome-wide CRISPR/Cas9-sgRNA screening system in THP1 cell line for functional oncogenes and tumor suppressor genes[J]. Scientia Sinica(Vitae), 2016.
 
其他基因編輯產(chǎn)品推薦
★ 重組Cas9蛋白質(zhì) (3 μg/μl)/(10 μg/μl)
Takara有來源于野生型釀膿鏈球菌的重組Cas9蛋白質(zhì)，助力基因編輯，錨定靶點切割！Guide-it Recombinant Cas9有多種蛋白質(zhì)濃度產(chǎn)品，可滿足電穿孔、顯微注射等多種不同復(fù)合物導(dǎo)入方式。C末端的NLS核定位信號可以實現(xiàn)快速有效的突變導(dǎo)入，且經(jīng)過不斷的產(chǎn)品優(yōu)化，已證實對哺乳動物細(xì)胞具有良好的耐受性，可降低導(dǎo)入哺乳動物細(xì)胞時所造成的細(xì)胞損傷，使脫靶效應(yīng)更小化的同時，更容易實現(xiàn)高效率的基因編輯。
 
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頁面更新：2023-02-21 08:11:43