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新的TCR和BCR測序分析試劑盒了解下！

前言

我們知道，當經(jīng)歷新冠病毒或其他流感病毒感染，出現(xiàn)發(fā)燒、咽痛、咳嗽等癥狀時，是人體的免疫系統(tǒng)在與病毒抗爭的臨床表現(xiàn)。

免疫系統(tǒng)就如同萬里長城一樣，主要負責保衛(wèi)人體的健康，防御感染、檢測和殺死腫瘤細胞等。

人體的免疫系統(tǒng)分為固有免疫系統(tǒng)和適應性免疫系統(tǒng)。其中，適應性免疫能識別抗原分子，并隨之做出反應。其分子基礎為T細胞表面受體（TCR）和B細胞表面受體（BCR）特異性識別抗原區(qū)段，激活免疫應答。這意味著TCR和BCR需呈現(xiàn)高度多樣性，具有識別各種各樣抗原的可能。多樣性體現(xiàn)為受體基因V(D)J片段重組，因此分析多樣性主要是分析V(D)J片段的序列特征。

一些基礎醫(yī)學研究，如自身性免疫、腫瘤等疾病的機制探討，或者免疫療法的研發(fā)，都需要正確分析TCR、BCR的多樣性或亞基配對信息！在眾多的免疫組庫研究方法中，NGS技術逐漸成了主流的分析方法。

TCR & BCR 測序的建庫方法

常用的兩種方法是mPCR (多重PCR)和5’RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends）。mPCR支持DNA或RNA起始，通常包括兩輪PCR。第一輪PCR可擴增出受體基因座，并添加用于二輪PCR引物位點的已知序列，測序接頭與index隨后整合。然而，第一輪PCR overlap sites的引物位點存在高度多樣性，需大量簡并引物，因此易引入PCR bias。而5’RACE技術只適用RNA作為模板，每輪PCR僅需一對引物，能明顯降低PCR偏差，確保結果反映樣本的真實情況。

Takara的建庫方法

Takara推出的SMART-Seq Human TCR (with UMIs)和SMART-Seq Human BCR (with UMIs)，分別能提供人TCR、BCR克隆型更正確的分析結果。

■ 添加UMI校正偏差

引入（UMI）分子標簽進行文庫構建。去除PCR偏差及測序錯誤所產(chǎn)生的reads，提供更正確和可靠的結果。

■ 減少PCR擴增偏好性

多重PCR法需要數(shù)十對引物的擴增，體系復雜，擴增效能存在偏倚。而Takara使用SMART RACE技術無需多對引物，每次反應僅需一對引物擴增相應的TCR或BCR亞基。

■ 測序平臺選擇靈活

可自由選擇Miseq平臺（分析V(D)J全長信息），或是其它Illumina平臺（分析CDR3區(qū)）。而多重PCR方法僅能擴增CDR3區(qū)。

■ 更加完整的流程

特別開發(fā)的Cogent NGS Immune Profiler Software (Cogent IP)，能直接對Illumina測序儀的下機數(shù)據(jù)進行高品質的免疫組庫分析。

實驗案例展示

SMART-Seq Human TCR (with UMIs)

■ 靈敏度測試數(shù)據(jù)

向100 ng PBMC RNA樣本中摻入不同濃度（10%，1%，0.1%，0.01%，0.001%和0.0001%）的Jurkat T細胞RNA（包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型）。采用該試劑盒擴增TRB CDR3區(qū)域并制備文庫、NextSeq系統(tǒng)測序。測序reads downsample至 2.5M reads?；疑珮擞浀氖撬烊氲腏urkat RNA檢出下限。結果顯示，在未通過UMI數(shù)據(jù)校正時，TRBV12-3的檢測極限為0.01%，但是在UMI數(shù)據(jù)校正的情況下，檢測極限下探至0.001%！

■ 同類產(chǎn)品對比

與同類型產(chǎn)品比較，SMART-Seq Human TCR (with UMIs)文庫所獲得的克隆型數(shù)量遠高于Company Q RNA法及Company A DNA法的結果。（數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.）

SMART-Seq Human BCR (with UMIs)

■ 靈敏度測試數(shù)據(jù)

10ng PBMC RNA + spike-in RNA	% spike-in RNA	Detected reads (afterUMI collapse)	Total reads
10ng PBMC RNA + spike-in RNA	% spike-in RNA	TIB190	Total reads
100 pg spike-in	1%	3167	200,000
10 pg spike-in	0.10%	231	200,000
1 pg spike-in	0.01%	18	200,000
0.1 pg spike-in	0.001%	3	200,000

對10 ng PBMC RNA樣本中摻入不同濃度（10%，1%，0.1%，0.01%和0.001%）的TIB-190細胞RNA制備文庫并測序。測序reads downsample至 200,000 reads。結果顯示，在UMI數(shù)據(jù)校正的情況下，檢測極限下探至0.001%！

■ 同類產(chǎn)品對比

Company N測序數(shù)據(jù)downsample至100萬個，而SMART-Seq Human BCR (with UMIs）的測序數(shù)據(jù)庫均downsample至50萬個。結果表明，SMART-Seq Human BCR (with UMIs）的重鏈 (HC) 和輕鏈 (LC) 分別生成約9.5K和22.9K的克隆型，遠高于Company N方法所獲得克隆型數(shù)量。（數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.）

產(chǎn)品訂購信息

Code No.	產(chǎn)品名稱	包裝量
634780	SMART-Seq Human TCR (with UMIs)	24 Rxns
634781	SMART-Seq Human TCR (with UMIs)	96 Rxns
634779	SMART-Seq Human TCR (with UMIs)	4 x 96 Rxns
634777	SMART-Seq Human BCR (with UMIs)	24 Rxns
634778	SMART-Seq Human BCR (with UMIs)	96 Rxns
634776	SMART-Seq Human BCR (with UMIs)	4 x 96 Rxns

頁面更新：2023-07-28 14:52:33

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