Takara表觀遺傳學(xué)研究工具大賞 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
表觀遺傳學(xué)(epigenetics)是指在基因的DNA序列沒有發(fā)生改變的情況下,基因功能發(fā)生了可遺傳的變化,并最終導(dǎo)致了表型的變化。 表觀遺傳機(jī)制包括DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和可觸及性 等等。 |
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針對基因組高通量的表觀遺傳學(xué)研究,Takara提供豐富的NGS測序解決方案可供選擇。 表觀遺傳測序解決方案 - Takara (takarabiomed.com.cn) |
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EpiXplore™ Methylated DNA Enrichment Kit (Code No. 631962) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ 原理 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
使用甲基CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白2(methyl-CpG binding domain protein 2 )(MBD2)濃縮甲基化DNA |
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■ 特點(diǎn) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·MBD2對甲基化DNA的高度特異性結(jié)合 ·再現(xiàn)性非常高 ·使用磁珠的簡單操作流程 ·對低、中和高甲基化DNA進(jìn)行梯度分離 |
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■ 流程 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ 應(yīng)用實(shí)例 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) ·根據(jù)protocol富集三種樣本中的control DNA,詳見表中Tube1、 Tube2、Tube3,DNA已用熒光進(jìn)行了標(biāo)記 ·比較每個(gè)樣本的flowthrough(流穿液)、wash(洗滌液)和elution(洗脫液)的熒光信號值,來確定甲基化DNA富集效率。 |
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甲基化依賴性限制酶McrBC (Code No.1234A) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·特異地切割嘌呤核苷酸(A或G)前面的甲基胞嘧啶DNA。 ·特異性地識別和切割包含兩個(gè)(G/A)mC間距在40 bp-2000 bp的DNA序列。 ·作用于含有甲基胞嘧啶DNA,不作用于非甲基化DNA。 ·McrBC 作用于一對 PumCG 序列元件,以此檢測高比例甲基化的 CpG。 |
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甲基化敏感型限制酶 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·利用某些限制酶的甲基化敏感性,切割非甲基化、甲基化或半甲基化位點(diǎn) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·常見的甲基化研究同裂酶Hap II/Msp I。 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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TaKaRa EpiTaq HS (for bisulfite-treated DNA) (Code No. R110) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
引物通常設(shè)計(jì)在CpG島兩側(cè)的非甲基化區(qū)域,由于GC/AT-rich的核苷酸序列偏好和亞硫酸氫鹽處理的DNA中存在尿嘧啶導(dǎo)致PCR效率降低。 通過優(yōu)化DNA聚合酶和緩沖體系,本品是解決這類PCR困難點(diǎn)的理想選擇。 |
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■ 應(yīng)用例 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EpiScope® MSP Kit (Code No. R100) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ MSP原理 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·通過硫化處理,CpG 序列根據(jù)甲基化與否將有所改變 ·通過設(shè)計(jì)甲基化DNA檢出 Primer(M Primer) 與非甲基化DNA檢出 Primer(UM Primer),進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。通過終點(diǎn)法PCR的電泳結(jié)果或qPCR結(jié)果判斷gDNA的甲基化情況。 |
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■ 產(chǎn)品優(yōu)勢 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
·高特異性:通過分析單個(gè)CpG位點(diǎn),以高靈敏度和高準(zhǔn)確度對甲基化/非甲基化DNA進(jìn)行鑒別。 ·通用性:使用相同的PCR條件,可通過終點(diǎn)法PCR或qPCR (TB Green)檢測。 |
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■ 應(yīng)用實(shí)例 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
對CDH1、CDKN2A、MLH1基因的啟動子區(qū)域進(jìn)行MSP分析 |
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模板 |
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·陽性對照 EpiScope® Methylated HeLa gDNA (Code No. 3520) ·Native HeLa genome DNA (30 ng/25 μl) |
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結(jié)果 |
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Real Time PCR 與普通 PCR(電泳確認(rèn))得到同樣的結(jié)果。HeLa 基因組中,CpG區(qū)域的 CDH1 出現(xiàn)甲基化,而 CDKN2A 和 MLH1 未出現(xiàn)甲基化 |
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核小體定位研究基本原理 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
真核生物細(xì)胞的細(xì)胞核中存在的核小體 (nucleosome) 是染色質(zhì)的基本構(gòu)成單位,它是由組蛋白為核心和纏繞于組蛋白的基因組DNA共同組成的。 基因組DNA上的核小體DNA以一定的間隔存在,它的存在位置與染色質(zhì)構(gòu)造及轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制有著密切關(guān)系。 具有轉(zhuǎn)錄活性的基因其啟動子區(qū)域中不存在核小體,一直處于轉(zhuǎn)錄起始時(shí)可與必要的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的狀態(tài)。 一旦該區(qū)域的DNA發(fā)生甲基化,此部位就會形成核小體,轉(zhuǎn)錄因子不能與啟動子區(qū)域結(jié)合使轉(zhuǎn)錄受到抑制。 |
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核小體制備試劑盒EpiScope® Nucleosome Preparation Kit (Code No. 5333) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
■ 應(yīng)用實(shí)例 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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■ Takara表觀遺傳學(xué)相關(guān)產(chǎn)品列表 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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頁面更新:2024-06-28 15:39:23