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Takara表觀遺傳學(xué)研究工具大賞

表觀遺傳學(xué)（epigenetics）是指在基因的DNA序列沒有發(fā)生改變的情況下，基因功能發(fā)生了可遺傳的變化，并最終導(dǎo)致了表型的變化。
表觀遺傳機(jī)制包括DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和可觸及性等等。

針對基因組高通量的表觀遺傳學(xué)研究，Takara提供豐富的NGS測序解決方案可供選擇。
表觀遺傳測序解決方案 - Takara (takarabiomed.com.cn)

針對特定區(qū)域進(jìn)行表觀遺傳學(xué)研究，Takara為您準(zhǔn)備了各種高效的研究工具。

一.甲基化DNA富集

EpiXplore^™ Methylated DNA Enrichment Kit (Code No. 631962)

■ 原理

使用甲基CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白2（methyl-CpG binding domain protein 2 ）（MBD2）濃縮甲基化DNA

■ 特點(diǎn)

·MBD2對甲基化DNA的高度特異性結(jié)合
·再現(xiàn)性非常高
·使用磁珠的簡單操作流程
·對低、中和高甲基化DNA進(jìn)行梯度分離

■ 流程

■ 應(yīng)用實(shí)例

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
·根據(jù)protocol富集三種樣本中的control DNA，詳見表中Tube1、 Tube2、Tube3，DNA已用熒光進(jìn)行了標(biāo)記
·比較每個(gè)樣本的flowthrough（流穿液）、wash（洗滌液）和elution（洗脫液）的熒光信號值，來確定甲基化DNA富集效率。

結(jié)果說明
·高特異性地富集了甲基化DNA。
·甲基化DNA在缺乏MBD2蛋白的情況下不結(jié)合（Tube1）。
·甲基化DNA通過MBD2蛋白與磁珠結(jié)合（Tube2，IV-V）。
·非甲基化DNA不結(jié)合（Tube3）。

二.甲基化依賴型/敏感型限制酶

甲基化依賴性限制酶McrBC (Code No.1234A)

·特異地切割嘌呤核苷酸（A或G）前面的甲基胞嘧啶DNA。
·特異性地識別和切割包含兩個(gè)(G/A)mC間距在40 bp-2000 bp的DNA序列。
·作用于含有甲基胞嘧啶DNA，不作用于非甲基化DNA。
·McrBC 作用于一對 PumCG 序列元件,以此檢測高比例甲基化的 CpG。

甲基化敏感型限制酶

·利用某些限制酶的甲基化敏感性，切割非甲基化、甲基化或半甲基化位點(diǎn)

·常見的甲基化研究同裂酶Hap II/Msp I。

·登錄Takara中文官網(wǎng)，查詢更多可用于甲基化分析的限制酶
可用于DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性內(nèi)切酶 - Takara (takarabiomed.com.cn)

三.PCR擴(kuò)增亞硫酸氫鹽處理的DNA

TaKaRa EpiTaq HS (for bisulfite-treated DNA) (Code No. R110)

引物通常設(shè)計(jì)在CpG島兩側(cè)的非甲基化區(qū)域，由于GC/AT-rich的核苷酸序列偏好和亞硫酸氫鹽處理的DNA中存在尿嘧啶導(dǎo)致PCR效率降低。
通過優(yōu)化DNA聚合酶和緩沖體系，本品是解決這類PCR困難點(diǎn)的理想選擇。

■ 應(yīng)用例

·亞硫酸氫鹽處理的DNA甲基化分析的主要障礙是擴(kuò)增更長的靶標(biāo)，如BRCA1 (1,017 bp) 。
·其他聚合酶可以擴(kuò)增短的靶標(biāo)，但通常在長靶標(biāo)時(shí)失敗。
·上圖顯示EpiTaq HS DNA聚合酶在擴(kuò)增短 (～150 bp) 和長 (～1,000 bp) 靶標(biāo)方面同樣有效，具有較高的成功率。

四.對亞硫酸氫鹽處理的DNA進(jìn)行MSP分析

EpiScope^® MSP Kit (Code No. R100)

■ MSP原理

·通過硫化處理，CpG 序列根據(jù)甲基化與否將有所改變
·通過設(shè)計(jì)甲基化DNA檢出 Primer（M Primer）與非甲基化DNA檢出 Primer（UM Primer）,進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。通過終點(diǎn)法PCR的電泳結(jié)果或qPCR結(jié)果判斷gDNA的甲基化情況。

■ 產(chǎn)品優(yōu)勢

·高特異性：通過分析單個(gè)CpG位點(diǎn)，以高靈敏度和高準(zhǔn)確度對甲基化/非甲基化DNA進(jìn)行鑒別。
·通用性：使用相同的PCR條件，可通過終點(diǎn)法PCR或qPCR (TB Green)檢測。

■ 應(yīng)用實(shí)例

對CDH1、CDKN2A、MLH1基因的啟動子區(qū)域進(jìn)行MSP分析

模板

·陽性對照 EpiScope^® Methylated HeLa gDNA (Code No. 3520)
·Native HeLa genome DNA （30 ng/25 μl）

結(jié)果

Real Time PCR 與普通 PCR（電泳確認(rèn)）得到同樣的結(jié)果。HeLa 基因組中，CpG區(qū)域的 CDH1 出現(xiàn)甲基化，而 CDKN2A 和 MLH1 未出現(xiàn)甲基化

五.核小體定位分析析

核小體定位研究基本原理

真核生物細(xì)胞的細(xì)胞核中存在的核小體 (nucleosome) 是染色質(zhì)的基本構(gòu)成單位，它是由組蛋白為核心和纏繞于組蛋白的基因組DNA共同組成的。
基因組DNA上的核小體DNA以一定的間隔存在，它的存在位置與染色質(zhì)構(gòu)造及轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制有著密切關(guān)系。
具有轉(zhuǎn)錄活性的基因其啟動子區(qū)域中不存在核小體，一直處于轉(zhuǎn)錄起始時(shí)可與必要的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的狀態(tài)。
一旦該區(qū)域的DNA發(fā)生甲基化，此部位就會形成核小體，轉(zhuǎn)錄因子不能與啟動子區(qū)域結(jié)合使轉(zhuǎn)錄受到抑制。

核小體制備試劑盒EpiScope^® Nucleosome Preparation Kit (Code No. 5333)

■ 應(yīng)用實(shí)例

結(jié)果
·SW48細(xì)胞中，A-F每個(gè)區(qū)域，gDNA與核小體DNA量接近，即gDNA絕大部分與組蛋白結(jié)合成為核小體，抑制表達(dá)，SW48細(xì)胞中MLH1的表達(dá)量遠(yuǎn)低于Hela細(xì)胞，與核小體數(shù)量呈相關(guān)性。
·這些結(jié)果表明，在SW48細(xì)胞中，核小體密集于MLH1基因上游區(qū)域 (異染色質(zhì))，而在HeLa細(xì)胞中，核小體分散存在于該區(qū)域 (常染色質(zhì)) 。

■ Takara表觀遺傳學(xué)相關(guān)產(chǎn)品列表

	簡介	Product	Code No.
甲基化DNA研究	甲基化DNA富集	EpiXplore^™ Methylated　DNA Enrichment Kit	631962
	甲基化依賴型/敏感型限制酶，COBRA用	McrBC	1234A
	甲基化依賴型/敏感型限制酶，COBRA用	可用于DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性內(nèi)切酶
	亞硫酸氫鹽處理 DNA 的PCR專用引物設(shè)計(jì)軟件	MethPrimer
	亞硫酸氫鹽處理 DNA 的PCR專用引物設(shè)計(jì)軟件	BiSearch
	亞硫酸氫鹽處理的DNA模板PCR	TaKaRa EpiTaq^™ HS	R110
	Methylation Specific PCR (MSP)	EpiScope^® MSP Kit	R100
	甲基化gDNA，陽性對照用	EpiScope^® Methylated HeLa gDNA	3520
	甲基化gDNA，陽性對照用	EpiScope^® Methylated HCT116 gDNA	3522
	非甲基化gDNA，陰性對照用	EpiScope^® Unmethylated HCT116 DKO gDNA	3521
	甲基化DNA+NGS	EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit	635023
染色質(zhì) & 核小體研究	動物培養(yǎng)細(xì)胞中制備核小體	EpiScope^® Nucleosome Preparation Kit	5333
	微球菌核酸酶，ChIP或核小體制備用	Micrococcal Nuclease	2910
	蛋白酶K，ChIP或核小體制備用	Proteinase K	9034
	RNA酶A，ChIP或核小體制備用	RNase A	2158
	ChIP+NGS	DNA SMART ChIP-Seq Kit	634865+634887

頁面更新：2024-06-28 15:39:23

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