| 表觀遺傳測序解決方案 |
| 什么是表觀遺傳學？ |
| 表觀遺傳學（Epigenetics）指在基因的核苷酸序列不發(fā)生改變的情況下，基因表達的可遺傳的變化的研究。例如，DNA甲基化、組蛋白修飾、RNA甲基化、染色體重塑和非編碼RNA調(diào)控等等。表觀遺傳學涵蓋的現(xiàn)象很廣，比如同卵雙胞胎的環(huán)境影響、植物葉片顏色的多樣性、蜂王與工蜂的差異等。 |
| 備受矚目的表觀遺傳學測序！ |
| 因為有了表觀遺傳修飾的不同，生命體呈現(xiàn)了更加千姿百態(tài)的變化。而NGS技術(shù)的出現(xiàn)，很大程度上促進了表觀遺傳學的研究。以NGS為基礎(chǔ)的各種表觀遺傳學測序及研究方法的應用和推廣，為生命科學以及醫(yī)學的研究提供更多角度。 |
| 常見的表觀遺傳學測序方法 |
| （一）DNA甲基化測序 |
| DNA甲基化修飾現(xiàn)象廣泛存在于多種有機體中，是表觀遺傳學的重要組成部分。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而在基因的表達及其調(diào)控、DNA的復制、細胞的生長、X染色體失活、衰老以及許多人類疾病發(fā)生過程中發(fā)揮重要作用。 |
| Takara甲基化測序文庫構(gòu)建解決方案 |
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| EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit（Code No. 635023） |
| ★ 微量樣本友好，可以25 ng-1 μg的剪切基因組DNA起始。 ★ 采用His-tagged MBD2蛋白質(zhì)結(jié)合甲基化DNA部分，并通過Capturem Nanoprep Columns將甲基化DNA快速濃縮。 ★ 采用DNA SMART技術(shù)，無需接頭連接即可構(gòu)建測序文庫。 |
| （二）m6A RNA甲基化測序 |
| 近年來的研究發(fā)現(xiàn)，m6A（N6-甲基腺嘌呤，N6-methyladenosine）是真核生物mRNA上非常普遍的化學修飾。m6A在調(diào)控mRNA的穩(wěn)定性、剪切、翻譯等方面扮演重要角色。m6A RNA甲基化測序一般采用的方法通過m6A特異性抗體對具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉淀，將富集下來的RNA片段進行文庫構(gòu)建，然后再上機測序。 |
| Takara MeRIP-Seq文庫構(gòu)建解決方案 |
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| SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian（Code No. 634411） |
| ★ 支持250 pg-10 ng 人、大/小鼠total RNA，或5-50 ng FFPE RNA起始，即使珍貴的微量臨床樣本，也無需過于擔心樣本量不足。 ★ 專為低質(zhì)量樣本設(shè)計，兼容RIN2-10，或DV200≥25%的RNA起始，生成優(yōu)質(zhì)的文庫。 ★ 引入了ZapR & R-probes核糖體去除技術(shù)，可實現(xiàn)在建庫過程中識別、切斷核糖體來源的cDNA，您無需前處理rRNA，最終可在6h內(nèi)完成鏈特異性Illumina文庫的構(gòu)建。 |
| 【文獻案例】 Liu, J., Xu, YP., Li, K. et al. The m6A methylome of SARS-CoV-2 in host cells. Cell Res 31, 404–414 (2021) 軍事科學院軍事醫(yī)學研究院秦成峰課題組與北京大學生命科學學院伊成器課題組合作，通過系統(tǒng)繪制了新冠病毒在不同宿主細胞中的m6A甲基化修飾圖譜，揭示了m6A甲基化在新冠病毒感染和傳播過程中的關(guān)鍵作用。其中，SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian用于構(gòu)建RIP-Seq和m6A-miCLIP-seq測序文庫。 另外，Takara對產(chǎn)品進行了升級，推出了SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian（Code No. 634485），在保留前一代可靠性能的基礎(chǔ)上，加入了UMI分子標簽，大家如果對結(jié)果準確度有更高要求，不妨關(guān)注一下TA。 |
| （三）ChIP-Seq |
| ChIP（染色質(zhì)免疫共沉淀，Chromatin Immunoprecipitation）是研究活細胞的蛋白質(zhì)與DNA相互作用的一種技術(shù)。它利用抗原抗體反應的特異性，可以真實地反映體內(nèi)蛋白因子與基因組DNA結(jié)合的狀況。ChIP-seq技術(shù)是將ChIP與NGS相結(jié)合，一次性獲得與目的蛋白質(zhì)相結(jié)合的DNA序列、確定蛋白質(zhì)的結(jié)合分布和準確的結(jié)合位點等信息的技術(shù)。 |
| Takara ChIP-Seq文庫構(gòu)建解決方案 |
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| ThruPLEX DNA-Seq Kit（Code No. R400674） |
| ★ 兼容50 pg -50 ng的gDNA起始，即使是少量細胞起始的ChIP-Seq分析，也可以輕松獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)！ ★ 采用特別的莖環(huán)形接頭，能夠有效抑制二聚體的形成，提高與目的片段的連接效率，制備低背景的文庫！ ★ 整個實驗只需要兩個小時三步的操作流程，省去更多繁瑣的操作步驟，而且僅需在PCR反應后進行1次磁珠純化，實現(xiàn)對珍貴的ChIP樣本的有效分析！ |
| 【文獻案例】 Liu, Y. et al. Transcriptional landscape of the human cell cycle. PNAS 114, 3473-78(2017). 本研究通過多組學聯(lián)合分析，繪制了全面的細胞周期的轉(zhuǎn)錄和組蛋白修飾圖譜，并揭示了整個細胞周期中轉(zhuǎn)錄組的動態(tài)變化特征。其中使用ThurPLEX DNA-Seq Kit制備ChIP-seq和DNase-seq的文庫。 更多ChIP-Seq分析秘籍，推薦閱讀：做ChIP-Seq分析，發(fā)高分文章，還可以這樣！ |
| （四）CUT & RUN-Seq |
| CUT & RUN(cleavage under targets and release using nuclease)是最近幾年興起的一種蛋白質(zhì)-DNA互作研究方法。CUT&RUN-Seq的過程包括：在完整的細胞或細胞核內(nèi)，利用抗體靶向定位目的蛋白，再通過pAG-MNase（Protein A-Protein G-微球菌核酸酶）對目標蛋白兩端的DNA進行切割，并將目標蛋白結(jié)合的序列釋放到細胞外，之后再對獲得的目的DNA片段進行文庫構(gòu)建和上機測序。相較于傳統(tǒng)的ChIP-Seq技術(shù)，CUT & RUN-Seq因為無需免疫共沉淀操作、細胞起始量低等特點受到越來越多的研究人員的青睞。 |
| Takara CUT & RUN測序文庫構(gòu)建解決方案 |
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| 同樣推薦ThruPLEX DNA-Seq Kit（Code No. R400674） |
| 【文獻案例】 Ernst, C. et al. Staged developmental mapping and X chromosome transcriptional dynamics during mouse spermatogenesis. Nat. Commun. 10, 1251 (2019). 本研究采用CUT&RUN-Seq檢測X染色體的表觀遺傳調(diào)控。該研究聚焦X染色體在轉(zhuǎn)錄沉默后的失活和再激活，并為減數(shù)分裂后精子細胞X染色體再激活的表觀遺傳調(diào)控提供了見解。其中，實驗測序文庫制備使用ThurPLEX DNA-Seq Kit。 |
| （五）smRNA-Seq |
| 在細胞調(diào)節(jié)過程中，small RNA (小RNA，長度為15至200個核苷酸）通過多種機制調(diào)控基因表達。smRNA-Seq是基于NGS技術(shù)，既可以用于檢測特定組織在特定狀態(tài)下的已知small RNA，也可以發(fā)現(xiàn)新的或特有的small RNA并預測其靶基因。 |
| Takara smRNA-Seq文庫構(gòu)建解決方案 |
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| SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina（Code No. 635029） |
| ★ 采用PCR添加接頭，避免了常見的雙端接頭連接法產(chǎn)生較大的偏倚，更能對樣品進行真實反映！ ★ 靈敏度高，可以1 ng- 2 μg Total RNA或純化后的small RNA進行文庫制備。 ★ 可分析多種small RNA(15-150 個堿基)，比如miRNA/piRNA/siRNA/snRNA/snoRNA。 |
| 【文獻案例】 Dadonaite, B., et al. The structure of the influenza A virus genome. bioRxiv 236620 (2017). doi:10.1101/236620. 在這項研究中，作者利用SMARTer smRNA-Seq Kit構(gòu)建測序文庫來研究流感病毒中的RNA-RNA相互作用。本研究提供了有關(guān)流感病毒如何調(diào)控其包裝和生長過程以及不同病毒株之間基因組可能重組的機制等細節(jié)。并討論了如何使用該數(shù)據(jù)來預測新大流行流感病毒株的出現(xiàn)。 |
| 在進行表觀遺傳學測序研究時，研發(fā)人員常面臨多種挑戰(zhàn)，需要更簡便好用的解決方案。Takara提供多種表觀遺傳學研究的測序解決方案，助您更好更正確地進行相關(guān)研究。 |
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