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機構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

自動化高通量的單細胞人T細胞受體分析
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 價格（元） 說明書 數(shù)量
Clontech 640200（終賣） ICELL8® cx TCR Chip 1 Chip 詢價
Clontech 640179 ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set 1 Chip 詢價
Clontech 640180 ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set 5 Chips 詢價
Clontech 640181 ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set 10 Chips 詢價
Clontech 640182 ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit Each 詢價
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit - L 1 Pkg 詢價
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 詢價
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 詢價
高通量地闡明單細胞中T細胞受體Alpha-Beta鏈多樣性
· 靈敏性更高：基于RACE技術(shù)保證低豐度TCR變體的檢出
· 特異性更強：獲得全長reads，目的reads占比高，更正確的配對信息
· 5’端捕獲測序差異表達分析：通過比對5’末端信息，產(chǎn)生所有轉(zhuǎn)錄本差異表達數(shù)據(jù)
· 靈活、高通量的單細胞分析：單次實驗同時分析8個樣品，生成上千單細胞的測序數(shù)據(jù)
 
■ 應(yīng)用領(lǐng)域
· 人單細胞TCR庫分析（TCRα和TCRβ克隆型）
· 5’端差異表達分析
 
■ 產(chǎn)品說明
Takara Bio高通量TCR免疫組庫解決方案應(yīng)用SMART技術(shù)(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法，用于捕獲由ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）分選得到的上千“活的單細胞”的TCR轉(zhuǎn)錄本完整V(D)J可變區(qū)域。產(chǎn)生的文庫可同時提供α鏈和β鏈的多樣性信息。
實驗流程中，cDNA擴增階段整合了Illumina特異的接頭序列，產(chǎn)生的文庫帶有index接頭，可直接用于Illumina平臺測序。Takara Bio高通量TCR免疫組庫解決方案也可以同時支持5’末端差異表達分析。
在ICELL8 cx單細胞分選系統(tǒng)上，與單個T細胞一起被分注到TCR芯片（Code No. 640200）上的還有陽性對照和陰性對照。每個TCR芯片含有5,184個納升級微孔，預制了1,728種Barcode，每個Barcode在芯片上被預制3次。使用CellSelect軟件鑒定出具有“活的單細胞”微孔后，SMART RT-PCR試劑將被分注到含“活單細胞”的微孔中，用于后續(xù)分析。連接了Barcode序列的cDNA繼續(xù)在微孔芯片上完成PCR擴增。接下來，從芯片中將連接好Barcode序列的擴增產(chǎn)物集中收集，并進行純化。純化后的cDNA作為第一輪TCR特異性PCR的模板，而第一輪TCR特異性PCR的產(chǎn)物作為第二輪TCR特異性PCR的模板，并整合Illumina index序列引物。
 
■ 產(chǎn)品組分
完整的工作流程需要下列Takara Bio產(chǎn)品。請參考User Manual得到一份完整的試劑耗材清單：
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
User Manual：ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual
*NOTE：Code No. 640179包含的Primer量足夠1張芯片使用，若實驗中需要使用多張芯片，請購買合適的indexing primer set。640180適用于5張芯片的實驗，640181適用于10張芯片的實驗。
 
圖1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技術(shù)原理流程圖
 
圖2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling實驗流程圖
 
使用ICELL8單細胞分選系統(tǒng)對T細胞和PBMCs樣品進行單細胞分選及后續(xù)單細胞TCR克隆型分析（圖3）和5’端差異表達分析（圖4）。
圖3. T細胞與PBMCs的克隆型read計數(shù) 使用Excel對MiXCR軟件輸出結(jié)果進行篩選，為大于陰性對照（1X PBS）的TCRa和TCRb克隆類型定義一個read閾值（綠色實線為閾值線，對應(yīng)read計數(shù)值為8）。數(shù)據(jù)使用統(tǒng)計軟件JMP進行分析，并將結(jié)果繪制成箱圖。圖中點代表一個細胞中的TCRa（藍色）和TCRb（紅色）克隆型。陰性對照用于閾值設(shè)定，以便對分析樣品和NTC（或低read克隆型）進行區(qū)分。Negative control 15個，Positive control 15個，T cells 530個，PBMCs 590個。
 
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圖4. T細胞與PBMCs的5’端差異表達分析 使用與圖3相同來源的cDNA進行單細胞5’端差異表文庫構(gòu)建，評估每個Barcode獲得的reads數(shù)。箱圖中每個點代表一個指定細胞中檢測到的reads數(shù)。文庫測序由NextSeq® 550測序平臺完成，每個細胞產(chǎn)生平均30K reads。在PBMCs和T細胞中平均檢測到～1,150個基因。Negative control 15個，Positive control 15個，T cells 530個，PBMCs 590個。
 
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■ 參考文獻
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)
 
 
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視頻資料:《ICELL8系統(tǒng)T細胞受體測序（TCR-Seq）解決方案》
 

頁面更新：2021-02-02 11:38:57

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