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機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置：首頁(yè)> 產(chǎn)品選擇指南 > 自動(dòng)化系統(tǒng) > 高通量單細(xì)胞分選系統(tǒng)ICELL8 cx 及其應(yīng)用 > 自動(dòng)化高通量的單細(xì)胞差異表達(dá)分析
自動(dòng)化高通量的單細(xì)胞差異表達(dá)分析
品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 價(jià)格（元） 說明書 數(shù)量
Clontech 640199（終賣） ICELL8® cx 3’DE Chip 1 Chip 詢價(jià)
Clontech 640167 ICELL8 3'DE Reagent Kit 1 Rxn 詢價(jià)
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit - L 1 Pkg 詢價(jià)
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 詢價(jià)
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 詢價(jià)
高通量、高品質(zhì)、更經(jīng)濟(jì)的單細(xì)胞3’端轉(zhuǎn)錄組分析解決方案
· 高通量單細(xì)胞分析：同時(shí)生成上千單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)
· 樣品靈活性高：一次實(shí)驗(yàn)可同時(shí)對(duì)8個(gè)不同樣品進(jìn)行單細(xì)胞分析
· mRNA 3’端捕獲測(cè)序：mRNA 3’端捕獲測(cè)序差異表達(dá)分析所需reads數(shù)更少
· 減少樣品處理操作：自動(dòng)完成文庫(kù)構(gòu)建前的細(xì)胞分離、挑選及混樣，偏差更小
· 兼容illumina平臺(tái)：構(gòu)建的文庫(kù)支持illumina平臺(tái)測(cè)序
 
■ 產(chǎn)品說明
通過結(jié)合Takara Bio單細(xì)胞RNA-Seq文庫(kù)構(gòu)建的技術(shù)優(yōu)勢(shì)及ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188） 單細(xì)胞分選的優(yōu)良性能，ICELL8 3’DE Reagent Kit 實(shí)驗(yàn)流程能夠一次制備最多八個(gè)不同樣品的I llumina測(cè)序文庫(kù)，可高通量地分析單細(xì)胞基因表達(dá)差異。
樣品細(xì)胞經(jīng)過染色、稀釋，使用ICELL8 cx單細(xì)胞分選系統(tǒng)將其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip（Code No. 640199）中。微孔芯片表面排布5,184個(gè)納升微孔，并預(yù)先固相化了Barcodes。通過單細(xì)胞分選系統(tǒng)的成像功能和配套的CellSelect軟件，含有活單細(xì)胞的微孔將被挑選出來，并添加RT-PCR試劑，在芯片中完成cDNA合成與擴(kuò)增。從芯片中將DNA產(chǎn)物混合收集，使用基于轉(zhuǎn)座酶的方法富集mRNA 3’ 端來源的cDNA，隨后通過PCR擴(kuò)增整合入Illumina index序列。
通過每個(gè)微孔特異的Barcode序列，能從最終的文庫(kù)測(cè)序數(shù)據(jù)中回溯每個(gè)活的單細(xì)胞來源的數(shù)據(jù)，并可基于mRNA 3’ 端計(jì)數(shù) ，進(jìn)行差異基因表達(dá)分析。配合ICELL8 cx單細(xì)胞分選系統(tǒng)，ICELL8 3’DE Reagent Kit為高通量單細(xì)胞差異表達(dá)分析提供了高效、經(jīng)濟(jì)的解決方案，一次實(shí)驗(yàn)即可從上千個(gè)活的單細(xì)胞獲得高質(zhì)量3’ 端測(cè)序數(shù)據(jù)。
 
■ 產(chǎn)品組分
完整的工作流程需要下列Takara Bio產(chǎn)品。同時(shí)，請(qǐng)參考對(duì)應(yīng)的User Manual得到一份完整的試劑耗材清單：
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit（Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual：ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
圖1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
圖2 選取iPS細(xì)胞分化至心肌細(xì)胞過程中的四個(gè)時(shí)間點(diǎn)（Day1/3/9/21），用 ICELL8 Single-Cell System進(jìn)行單細(xì)胞高通量3’末端轉(zhuǎn)錄組分析，共獲得約1,000個(gè)活的單細(xì)胞，平均每個(gè)細(xì)胞超過120,000 reads，測(cè)得1,200個(gè)基因（最大為750,000 reads，測(cè)得4,500個(gè)基因）；tSNE分析結(jié)果可以看出不同分化階段的細(xì)胞存在明顯的基因表達(dá)差異。
 
圖3 細(xì)胞特異性基因表達(dá)變化 隨著分化的進(jìn)行，iPS細(xì)胞特異性基因的表達(dá)數(shù)量減少，而心肌細(xì)胞特異性基因的表達(dá)數(shù)量增加。
 
Technote：
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參考文獻(xiàn)
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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頁(yè)面更新：2021-02-02 11:43:14

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